PDB-4fqu: Glutathionyl-Hydroquinone Reductase PcpF of Sphingobium chlorophe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fqu

タイトル

Glutathionyl-Hydroquinone Reductase PcpF of Sphingobium chlorophenolicum

要素

Putative glutathione transferase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Glutathionyl-Hydroquinone Reductases / TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathionyl-hydroquinone reductase / glutathione transferase activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium chlorophenolicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Green, A.R. / Hayes, R.P. / Xun, L. / Kang, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural understanding of the glutathione-dependent reduction mechanism of glutathionyl-hydroquinone reductases.
著者: Green, A.R. / Hayes, R.P. / Xun, L. / Kang, C.

履歴

登録	2012年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月13日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月1日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fqu.cif.gz	476.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fqu.ent.gz	396.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/4fqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/4fqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g0iC 4g0kC 4g0lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yeg-2 3r3e-d 5iob-3 7jtr-3 7jtr-1 5iob-2 4drf-1 6g76-d 4nsx-d 4g0l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative glutathione transferase

B: Putative glutathione transferase

C: Putative glutathione transferase

D: Putative glutathione transferase

E: Putative glutathione transferase

F: Putative glutathione transferase

G: Putative glutathione transferase

H: Putative glutathione transferase

283 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative glutathione transferase

B: Putative glutathione transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative glutathione transferase

D: Putative glutathione transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Putative glutathione transferase

F: Putative glutathione transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Putative glutathione transferase

H: Putative glutathione transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	242.845, 242.845, 242.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	Putative glutathione transferase 分子量: 35422.887 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium chlorophenolicum (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KN33
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.79 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate, 10% v/v 1,4-dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月6日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射	モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→49.6 Å / Num. all: 243097 / Num. obs: 162729 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 3.0001→3.0493 Å / % possible all: 72

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→49.571 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 25.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2559	2888	1.77 %	RANDOM
R_work	0.2021	-	-	-
obs	0.203	162729	87.9 %	-
all	-	243097	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 27.111 Å² / k_sol: 0.319 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→49.571 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19674	0	0	55	19729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	20225
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.86	27544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.489	7325
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.114	2904
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3613

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0001-3.0493	0.36	112	0.3215	6249	X-RAY DIFFRACTION	72
3.0493-3.1019	0.3734	114	0.3036	6371	X-RAY DIFFRACTION	74
3.1019-3.1583	0.3629	120	0.2963	6695	X-RAY DIFFRACTION	77
3.1583-3.219	0.3714	120	0.2831	6823	X-RAY DIFFRACTION	79
3.219-3.2847	0.3376	129	0.2615	6969	X-RAY DIFFRACTION	80
3.2847-3.3561	0.2619	138	0.2409	7050	X-RAY DIFFRACTION	82
3.3561-3.4342	0.2724	111	0.2316	7339	X-RAY DIFFRACTION	84
3.4342-3.52	0.3213	131	0.2274	7499	X-RAY DIFFRACTION	86
3.52-3.6152	0.298	135	0.2062	7587	X-RAY DIFFRACTION	87
3.6152-3.7215	0.227	140	0.1906	7525	X-RAY DIFFRACTION	87
3.7215-3.8416	0.2486	141	0.1858	7655	X-RAY DIFFRACTION	89
3.8416-3.9789	0.2081	135	0.1795	7899	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9789-4.1381	0.2256	153	0.1649	8013	X-RAY DIFFRACTION	92
4.1381-4.3263	0.2371	145	0.1606	7928	X-RAY DIFFRACTION	92
4.3263-4.5543	0.1996	145	0.1484	8187	X-RAY DIFFRACTION	94
4.5543-4.8394	0.2087	146	0.1597	8210	X-RAY DIFFRACTION	95
4.8394-5.2127	0.2433	153	0.1582	8202	X-RAY DIFFRACTION	95
5.2127-5.7365	0.2328	150	0.1584	8284	X-RAY DIFFRACTION	95
5.7365-6.565	0.2369	151	0.1736	8348	X-RAY DIFFRACTION	96
6.565-8.265	0.1873	160	0.1616	8461	X-RAY DIFFRACTION	98
8.265-49.5773	0.2484	159	0.1833	8547	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)