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- PDB-4fqb: crystal structure of toxic effector Tse1 in complex with immune p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fqb
タイトルcrystal structure of toxic effector Tse1 in complex with immune protein Tsi1
要素
  • immune protein Tsi1
  • toxic effector Tse1
キーワードTOXIN/IMMUNE SYSTEM / beta sheet / toxic effector with immune protein / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase / amidase activity / host cell membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #650 / : / : / Immune protein Tsi1 / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Lipocalin / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel ...Lipocalin - #650 / : / : / Immune protein Tsi1 / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Lipocalin / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immune protein Tsi1 / Peptidoglycan amidase Tse1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Wang, T. / Li, L. / Zhang, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: structural basis of Tse1 in complex with Tsi1
著者: Li, L. / Zhang, W. / Wang, T.
履歴
登録2012年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: toxic effector Tse1
B: immune protein Tsi1
C: toxic effector Tse1
D: immune protein Tsi1
E: toxic effector Tse1
F: immune protein Tsi1
G: toxic effector Tse1
H: immune protein Tsi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,3518
ポリマ－142,3518
非ポリマー00
水1,29772
1
A: toxic effector Tse1
B: immune protein Tsi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5882
ポリマ－35,5882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
2
C: toxic effector Tse1
D: immune protein Tsi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5882
ポリマ－35,5882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
3
E: toxic effector Tse1
F: immune protein Tsi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5882
ポリマ－35,5882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
4
G: toxic effector Tse1
H: immune protein Tsi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5882
ポリマ－35,5882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.710, 97.710, 293.301
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.823381, -0.104279, 0.557825), (-0.110474, -0.934712, -0.3378), (0.556631, -0.339764, 0.758104)10.11087, 17.12139, 0.86033
3given(0.767203, -0.306086, -0.563658), (-0.238761, -0.951919, 0.191945), (-0.595309, -0.012682, -0.803397)-31.10011, -56.83527, -64.38976
4given(-0.937735, 0.34685, 0.018658), (0.336986, 0.895413, 0.290991), (0.084223, 0.27916, -0.956544)-43.09138, 12.96126, -39.46775
詳細1:1 in complex with Tsi1

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要素

#1: タンパク質
toxic effector Tse1


分子量: 17529.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA1844 / プラスミド: pET29b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I2Q1
#2: タンパク質
immune protein Tsi1


分子量: 18057.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA1845 / プラスミド: pET29b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q9I2Q0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 100mM Sodium Citrate, 20% V/V 2-propanol, 20% W/V PEG4000,1mM DTT, 3% V/V Ethylene Glycol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.009 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→30 Å / Num. all: 43259 / Num. obs: 43188 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.69→2.84 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6623 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SSRF-scriptデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4FQA

4fqa


解像度: 2.69→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 26.308 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.774 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24546 2201 5.1 %RANDOM
Rwork0.20118 ---
obs0.20337 40994 93.59 %-
all-43188 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 83.574 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å20.78 Å20 Å2
2--1.56 Å20 Å2
3----2.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8932 0 0 72 9004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0199169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.811.94212415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.52551174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.73324.326430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.174151467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.621564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.759 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.457 134 -
Rwork0.373 2899 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8868-0.9865-1.84767.46542.66046.597-0.0870.60190.0979-0.64820.2541-1.5374-0.13680.447-0.16710.4024-0.35580.08380.42090.02920.3992.237-17.067-33.548
24.55280.8755-1.46926.265-0.66326.40610.0121-0.20980.28730.36450.0326-0.0334-0.1959-0.2898-0.04470.3931-0.2794-0.10040.26620.05890.0442-12.674-7.244-12.978
35.8639-1.21210.6517.2683-1.05883.80230.01630.30980.20310.23810.12041.67120.0269-0.878-0.13680.397-0.25470.17110.43860.05060.7551-8.83844.309-19.086
46.23011.50171.10793.8213-0.16864.72090.12560.1577-0.33540.08660.0103-0.01330.07940.2416-0.13590.4071-0.23320.09170.163-0.05030.102313.86930.204-14.746
514.59223.84732.08638.53322.13845.5325-0.1070.0699-0.46540.2936-0.0855-1.33760.24390.74590.19250.412-0.2728-0.01220.42130.00920.5262-2.367-48.618-35.807
610.1623-1.4248-0.0994.862-0.40325.4121-0.0060.3113-0.0255-0.0222-0.17970.00560.0851-0.16320.18570.3674-0.25190.08720.24-0.11280.0724-28.342-53.135-41.816
77.12172.4275-4.03267.4567-0.8697.01230.06-0.33940.62260.86810.01841.4206-0.3111-0.6462-0.07840.6507-0.05180.28120.47430.07550.6637-51.983-9.374-13.472
86.26160.666-0.94054.3057-0.436.83020.01210.12070.67810.452-0.00540.256-0.62710.0144-0.00680.2913-0.1104-0.05790.24680.14050.1643-33.184-0.391-30.615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 169
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 149
4X-RAY DIFFRACTION4D23 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 149
6X-RAY DIFFRACTION6F23 - 169
7X-RAY DIFFRACTION7G4 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8H23 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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