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- PDB-4fq7: Crystal structure of the maleate isomerase Iso from Pseudomonas p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fq7
タイトルCrystal structure of the maleate isomerase Iso from Pseudomonas putida S16
要素Maleate cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / maleate isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


maleate isomerase / maleate isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Maleate isomerase / Maleate isomerase/Arylmalonate decarboxylase / Arylmalonate decarboxylase / Rossmann fold - #12500 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lu, Y. / Chen, D. / Zhang, Z. / Li, Q. / Wu, G. / Xu, P.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Structural and computational studies of the maleate isomerase from Pseudomonas putida S16 reveal a breathing motion wrapping the substrate inside.
著者: Chen, D. / Tang, H. / Lu, Y. / Zhang, Z. / Shen, K. / Lin, K. / Zhao, Y.L. / Wu, G. / Xu, P.
履歴
登録2012年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maleate cis-trans isomerase
B: Maleate cis-trans isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2092
ポリマ－61,2092
非ポリマー00
水21612
1
A: Maleate cis-trans isomerase
B: Maleate cis-trans isomerase

A: Maleate cis-trans isomerase
B: Maleate cis-trans isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,4174
ポリマ－122,4174
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area7970 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area33140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.469, 66.469, 413.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 10 - 250 / Label seq-ID: 31 - 271

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Maleate cis-trans isomerase


分子量: 30604.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: S16 / 遺伝子: PPS_4060 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F8G0M3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 % / Mosaicity: 0.776 °
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4M (NH4)2SO4, 120mM NaCl, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 43048 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.95-3.0610.80.43643000.9991100
3.06-3.1810.80.36343511.0011100
3.18-3.3210.80.24343500.9921100
3.32-3.510.80.16742871.0071100
3.5-3.7210.90.12342651.0041100
3.72-410.80.142480.994199.9
4-4.4110.70.083437011100
4.41-5.0410.50.06442830.998199.8
5.04-6.3510.70.0542800.997199.9
6.35-5010.60.0343141.006199.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.827 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 43.055 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3005 575 4.9 %RANDOM
Rwork0.2406 ---
obs0.2437 11851 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.55 Å2 / Biso mean: 56.6601 Å2 / Biso min: 23.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.97 Å20 Å20 Å2
2--2.97 Å20 Å2
3----5.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3720 0 0 12 3732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0193772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0371.9765124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.115494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.96822.958142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.96515654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5461536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212764
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1809 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.320.5
MEDIUM THERMAL3.182
LS精密化 シェル解像度: 2.998→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.469 38 -
Rwork0.327 783 -
all-821 -
obs--96.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0615-0.4409-0.01571.64470.06882.97250.0083-0.40210.01630.2464-0.01080.1159-0.2534-0.23370.00240.0620.01180.0230.060400.077124.9373-9.4639-16.3289
23.3297-0.88960.14541.9679-0.04733.1227-0.0528-0.37320.24350.34390.0575-0.2537-0.02850.5318-0.00480.06990.0183-0.01530.24170.07560.138252.13-27.114-16.2108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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