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万見
- PDB-4fpw: Crystal Structure of CalU16 from Micromonospora echinospora. Nort... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fpw
タイトルCrystal Structure of CalU16 from Micromonospora echinospora. Northeast Structural Genomics Consortium Target MiR12.
要素CalU16
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / CalU16
機能・相同性Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / CalU16
機能・相同性情報
生物種Micromonospora echinospora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Lew, S. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Phillips Jr., G.N. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. ...Seetharaman, J. / Lew, S. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Phillips Jr., G.N. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure-Guided Functional Characterization of Enediyne Self-Sacrifice Resistance Proteins, CalU16 and CalU19.
著者: Elshahawi, S.I. / Ramelot, T.A. / Seetharaman, J. / Chen, J. / Singh, S. / Yang, Y. / Pederson, K. / Kharel, M.K. / Xiao, R. / Lew, S. / Yennamalli, R.M. / Miller, M.D. / Wang, F. / Tong, L. ...著者: Elshahawi, S.I. / Ramelot, T.A. / Seetharaman, J. / Chen, J. / Singh, S. / Yang, Y. / Pederson, K. / Kharel, M.K. / Xiao, R. / Lew, S. / Yennamalli, R.M. / Miller, M.D. / Wang, F. / Tong, L. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Bingman, C.A. / Zhu, H. / Phillips, G.N. / Thorson, J.S.
履歴
登録2012年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CalU16
B: CalU16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4712
ポリマ－40,4712
非ポリマー00
水2,306128
1
A: CalU16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2361
ポリマ－20,2361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CalU16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2361
ポリマ－20,2361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.852, 51.852, 305.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A5 - 180
2010B5 - 180

-
要素

#1: タンパク質 CalU16


分子量: 20235.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア)
遺伝子: calU16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KNE9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7
詳細: 2.9 M Sodium malonate pH 7, Microbatch under oil, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X4A10.979
NSLS X6A2
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 4r1CCD2012年4月12日
2
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.499
11K, H, -L20.501
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 21977 / Num. obs: 21977 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.225 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→44.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 18.134 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28163 794 5 %RANDOM
Rwork0.24063 ---
obs0.24263 15160 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-33.44 Å20 Å20 Å2
2--33.44 Å20 Å2
3----66.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2497 0 0 128 2625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192546
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.9683442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81235481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2265314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.43823.281128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.75415408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8681530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02584
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 149 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.24 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 44 -
Rwork0.325 1128 -
obs--99.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.70380.4318-0.05151.0925-0.5011.60990.1934-0.136-0.03990.0011-0.1357-0.05160.0624-0.0267-0.05770.20180.0683-0.01050.0626-0.02570.232226.0578-13.5533-4.3343
20.7127-0.1763-0.48281.9968-0.54591.95430.0022-0.181-0.0513-0.34430.0802-0.0364-0.11860.0467-0.08240.1001-0.00010.0030.2975-0.01730.289124.872-15.331728.1748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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