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- PDB-4fpr: Structure of a fungal protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fpr
タイトルStructure of a fungal protein
要素Avirulence Effector AvrLm4-7
キーワードPROTEIN BINDING / Alpha-beta protein / Avirulence protein
機能・相同性Alpha-Beta Plaits - #2910 / Avirulence Effector AvrLm4-7 / Avirulence Effector AvrLm4-7 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Avirulence Effector AvrLm4-7 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Leptosphaeria maculans (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Blondeau, K. / Blaise, F. / Graille, M. / Linglin, J. / Ollivier, B. / Labarde, A. / Doizy, A. / Daverdin, G. / Balesdent, M.H. / Rouxel, T. ...Blondeau, K. / Blaise, F. / Graille, M. / Linglin, J. / Ollivier, B. / Labarde, A. / Doizy, A. / Daverdin, G. / Balesdent, M.H. / Rouxel, T. / van Tilbeurgh, H. / Fudal, I.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the effector AvrLm4-7 of Leptosphaeria maculans reveals insights into its translocation into plant cells and recognition by resistance proteins.
著者: Blondeau, K. / Blaise, F. / Graille, M. / Kale, S.D. / Linglin, J. / Ollivier, B. / Labarde, A. / Lazar, N. / Daverdin, G. / Balesdent, M.H. / Choi, D.H. / Tyler, B.M. / Rouxel, T. / van Tilbeurgh, H. / Fudal, I.
履歴
登録2012年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22022年8月3日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Avirulence Effector AvrLm4-7
B: Avirulence Effector AvrLm4-7
C: Avirulence Effector AvrLm4-7
D: Avirulence Effector AvrLm4-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5204
ポリマ－59,5204
非ポリマー00
水4,684260
1
A: Avirulence Effector AvrLm4-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8801
ポリマ－14,8801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Avirulence Effector AvrLm4-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8801
ポリマ－14,8801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Avirulence Effector AvrLm4-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8801
ポリマ－14,8801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Avirulence Effector AvrLm4-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8801
ポリマ－14,8801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Avirulence Effector AvrLm4-7
B: Avirulence Effector AvrLm4-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7602
ポリマ－29,7602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14460 Å2
手法PISA
6


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25720 Å2
手法PISA
7
C: Avirulence Effector AvrLm4-7
D: Avirulence Effector AvrLm4-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7602
ポリマ－29,7602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.150, 61.150, 155.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 5:134 )
211chain C and (resseq 5:134 )
112chain B and (resseq 7:133 )
212chain D and (resseq 7:133 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Avirulence Effector AvrLm4-7


分子量: 14879.876 Da / 分子数: 4 / 変異: I80K, G120R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leptosphaeria maculans (菌類) / 株: JN3 / isolate v23.1.3 / race Av1-4-5-6-7-8 / 遺伝子: AvrLm4-7, LEMA_P086290.1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E5A6Z5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M Hepes pH7, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月4日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45 Å / Num. all: 43872 / Num. obs: 43302 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.402→33.189 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 1130 5.14 %
Rwork0.2085 --
obs0.2121 43266 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.918 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.6695 Å20 Å2-0 Å2
2--5.6695 Å20 Å2
3----11.339 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→33.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4076 0 0 260 4336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084239
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1325739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6971525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006742
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1044X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1044X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
21B1003X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1003X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4023-2.45450.39531180.30892602X-RAY DIFFRACTION98
2.4545-2.51160.35281400.27122535X-RAY DIFFRACTION100
2.5116-2.57440.35231500.26332624X-RAY DIFFRACTION100
2.5744-2.6440.32151220.25052618X-RAY DIFFRACTION99
2.644-2.72170.31171360.23382494X-RAY DIFFRACTION97
2.7217-2.80950.32091750.23072564X-RAY DIFFRACTION100
2.8095-2.90990.31641280.21322660X-RAY DIFFRACTION100
2.9099-3.02630.28381360.20312579X-RAY DIFFRACTION100
3.0263-3.1640.33281610.20212523X-RAY DIFFRACTION100
3.164-3.33060.27661700.22052610X-RAY DIFFRACTION100
3.3306-3.53910.31521410.18432491X-RAY DIFFRACTION97
3.5391-3.8120.25751400.18322544X-RAY DIFFRACTION97
3.812-4.19490.22611370.16422388X-RAY DIFFRACTION93
4.1949-4.80040.21971200.14392613X-RAY DIFFRACTION100
4.8004-6.0420.20421350.162593X-RAY DIFFRACTION100
6.042-33.19250.18371160.17932603X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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