+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fp7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | 2.2A resolution structure of Proteasome Assembly Chaperone Hsm3 | ||||||
Components | DNA mismatch repair protein HSM3 | ||||||
Keywords | CHAPERONE / Hsm3 / Proteasome | ||||||
Function / homology | Function and homology information proteasome regulatory particle assembly / mismatch repair / protein folding chaperone / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / molecular replacement / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Lovell, S. / Battaile, K.P. / Singh, R. / Zolkiewski, M. / Roelofs, J. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: 2.2A resolution structure of Proteasome Assembly Chaperone Hsm3 Authors: Singh, R. / Lovell, S. / Zolkiewski, M. / Battaile, K.P. / Roelofs, J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fp7.cif.gz | 187.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4fp7.ent.gz | 149.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fp7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4fp7_validation.pdf.gz | 431.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4fp7_full_validation.pdf.gz | 436.1 KB | Display | |
Data in XML | 4fp7_validation.xml.gz | 31.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4fp7_validation.cif.gz | 46.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/4fp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/4fp7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | The asymmetric unit contains two biological units |
-Components
#1: Protein | Mass: 56685.719 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: HSM3, YBR272C, YBR1740 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: P38348 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.63 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 Details: 20% PEG 4000, 100 mM Hepes, 150 mM ammonium sulfate, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 12, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→129.93 Å / Num. all: 53064 / Num. obs: 53064 / % possible obs: 98.56 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.75 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 15.0771 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→44.391 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.19 / Phase error: 24.51 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.07 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.07 Å2 / Biso mean: 37.0421 Å2 / Biso min: 9.8 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→44.391 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|