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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fox | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Crystal Structure of Mtb ThyA in complex with dUMP and Raltitrexed | ||||||
要素 | Thymidylate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / thymidylate synthase | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報dUMP catabolic process / thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTTP biosynthetic process / dTMP biosynthetic process / methylation / response to antibiotic / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | ![]() | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C. / Harshbarger, W. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Publishedタイトル: Crystal structure of binary and ternary complexes of thymidylate synthase (ThyA) from Mycobacterium tuberculosis: Insights into the selectivity and mode of inhibition 著者: Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C. / Harshbarger, W. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 4fox.cif.gz | 850.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb4fox.ent.gz | 711.4 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 4fox.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4fox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4fox | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 29884.830 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: MT2834, MTV002.29c, Rv2764c, thyA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P67044, UniProt: P9WFR9*PLUS, thymidylate synthase #2: 化合物 | ChemComp-D16 / #3: 化合物 | ChemComp-UMP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M imidazole 6.4, 5mM spermine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.91924 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 0.91924 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | 冗長度: 4.05 % / 数: 420756 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Χ2: 1 / D res high: 2.3 Å / D res low: 69.22 Å / Num. obs: 102988 / % possible obs: 97.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Diffraction reflection shell | ID: 1
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| 反射 | 解像度: 2.3→69.22 Å / Num. all: 102988 / Num. obs: 102988 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.05 % / Biso Wilson estimate: 48.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 7.6 / Scaling rejects: 3156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
| 位相決定 | 手法: 分子置換 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: 3QJ7 解像度: 2.3→45.0089 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7946 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: mlhl
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| 溶媒の処理 | Bsol: 49.64 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso max: 178.13 Å2 / Biso mean: 57.2676 Å2 / Biso min: 20 Å2
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.0089 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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ムービー
コントローラー
万見について





X線回折
引用













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