[日本語] English
万見
- PDB-4fnf: LT-IIB-B5 S74D mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fnf
タイトルLT-IIB-B5 S74D mutant
要素Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
キーワードTOXIN / B pentamer of LT-IIb
機能・相同性
機能・相同性情報


perturbation of signal transduction in another organism / host cell membrane / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #50 / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit superfamily / Type II heat-labile enterotoxin , B subunit (LT-IIB) / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Cody, V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure-activity correlations of variant forms of the B pentamer of Escherichia coli type II heat-labile enterotoxin LT-IIb with Toll-like receptor 2 binding.
著者: Cody, V. / Pace, J. / Nawar, H.F. / King-Lyons, N. / Liang, S. / Connell, T.D. / Hajishengallis, G.
履歴
登録2012年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
E: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
F: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
G: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
H: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
A: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
B: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
C: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
I: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
J: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,36120
ポリマ－106,77110
非ポリマー59010
水17,330962
1
D: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
E: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
F: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
G: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
H: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5638
ポリマ－53,3855
非ポリマー1773
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12480 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
2
A: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
B: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
C: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
I: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
J: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,79912
ポリマ－53,3855
非ポリマー4137
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12940 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.924, 70.648, 121.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
12E
22B
13F
23C
14G
24I
15H
25J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 98 / Label seq-ID: 1 - 98

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11DA
21AF
12EB
22BG
13FC
23CH
14GD
24II
15HE
25JJ

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質
Heat-labile enterotoxin IIB, B chain / LT-IIB


分子量: 10677.086 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP Residues 24-121 / 変異: S74D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: DH5aF'Kan / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: P43529
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化温度: 287 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8
詳細: 20% PEG400, 100 mM K2HPO4, 100 mM Na acetate, pH 5.0, microbatch under oil, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.6 Å / Num. all: 69593 / Num. obs: 99371 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Rsym value: 0.06 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QB5

1qb5


解像度: 1.75→30.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.469 / SU ML: 0.104 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 5226 5 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.237 99371 97 %-
all-99371 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.284 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7420 0 40 962 8422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0227865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3751.9510658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.06951016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.01824.683331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.764151333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5181553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2270.21202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0215965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5041.55098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.41528172
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.91132767
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.24.52486
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1D731MEDIUM POSITIONAL0.810.5
1D731MEDIUM THERMAL2.32
2E735MEDIUM POSITIONAL0.250.5
2E735MEDIUM THERMAL1.852
3F723MEDIUM POSITIONAL0.530.5
3F723MEDIUM THERMAL1.662
4G734MEDIUM POSITIONAL0.330.5
4G734MEDIUM THERMAL2.032
5H727MEDIUM POSITIONAL0.320.5
5H727MEDIUM THERMAL1.822
1D731MEDIUM POSITIONAL0.810.5
1D735MEDIUM POSITIONAL0.250.5
1D723MEDIUM POSITIONAL0.530.5
1D734MEDIUM POSITIONAL0.330.5
1D727MEDIUM POSITIONAL0.320.5
1D731MEDIUM THERMAL2.32
1D735MEDIUM THERMAL1.852
1D723MEDIUM THERMAL1.662
1D734MEDIUM THERMAL2.032
1D727MEDIUM THERMAL1.822
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.528 378 -
Rwork0.491 6720 -
obs--89.09 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る