PDB-4fnf: LT-IIB-B5 S74D mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fnf

タイトル

LT-IIB-B5 S74D mutant

要素

Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

キーワード

TOXIN / B pentamer of LT-IIb

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell membrane / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Cody, V.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure-activity correlations of variant forms of the B pentamer of Escherichia coli type II heat-labile enterotoxin LT-IIb with Toll-like receptor 2 binding.
著者: Cody, V. / Pace, J. / Nawar, H.F. / King-Lyons, N. / Liang, S. / Connell, T.D. / Hajishengallis, G.

履歴

登録	2012年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fnf.cif.gz	216 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fnf.ent.gz	176.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fnf_validation.pdf.gz	517.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fnf_full_validation.pdf.gz	551.1 KB	表示
XML形式データ	4fnf_validation.xml.gz	53.8 KB	表示
CIF形式データ	4fnf_validation.cif.gz	75.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/4fnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/4fnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fo2C 4fp5C 1qb5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fo2-3 4fo2-1 4fo2-4 1qb5-d 4fo2-2 1qcb-d 5g3l-d 4fp5-d 2wv6-2 5new-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

D: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

E: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

F: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

G: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

H: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

A: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

B: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

C: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

I: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

J: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

ヘテロ分子

107 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

E: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

F: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

G: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

H: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

B: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

C: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

I: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

J: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.8 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.924, 70.648, 121.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.29, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	D
2	1	A
1	2	E
2	2	B
1	3	F
2	3	C
1	4	G
2	4	I
1	5	H
2	5	J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 98 / Label seq-ID: 1 - 98

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	D	A
2	1	A	F
1	2	E	B
2	2	B	G
1	3	F	C
2	3	C	H
1	4	G	D
2	4	I	I
1	5	H	E
2	5	J	J

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	Heat-labile enterotoxin IIB, B chain / LT-IIB 分子量: 10677.086 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP Residues 24-121 / 変異: S74D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: DH5aF'Kan / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: P43529
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8 詳細: 20% PEG400, 100 mM K2HPO4, 100 mM Na acetate, pH 5.0, microbatch under oil, temperature 287K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月21日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→45.6 Å / Num. all: 69593 / Num. obs: 99371 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 29.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / R_sym value: 0.06 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0088	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QB5

1qb5

解像度: 1.75→30.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.469 / SU ML: 0.104 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.283	5226	5 %	RANDOM
R_work	0.234	-	-	-
obs	0.237	99371	97 %	-
all	-	99371	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.284 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7420	0	40	962	8422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	7865
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.375	1.95	10658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.069	5	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.018	24.683	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.764	15	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.518	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.227	0.2	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	5965
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.504	1.5	5098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.415	2	8172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.911	3	2767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.2	4.5	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	D	731	MEDIUM POSITIONAL	0.81	0.5
1	D	731	MEDIUM THERMAL	2.3	2
2	E	735	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
2	E	735	MEDIUM THERMAL	1.85	2
3	F	723	MEDIUM POSITIONAL	0.53	0.5
3	F	723	MEDIUM THERMAL	1.66	2
4	G	734	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
4	G	734	MEDIUM THERMAL	2.03	2
5	H	727	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
5	H	727	MEDIUM THERMAL	1.82	2
1	D	731	MEDIUM POSITIONAL	0.81	0.5
1	D	735	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
1	D	723	MEDIUM POSITIONAL	0.53	0.5
1	D	734	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
1	D	727	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
1	D	731	MEDIUM THERMAL	2.3	2
1	D	735	MEDIUM THERMAL	1.85	2
1	D	723	MEDIUM THERMAL	1.66	2
1	D	734	MEDIUM THERMAL	2.03	2
1	D	727	MEDIUM THERMAL	1.82	2

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.528	378	-
R_work	0.491	6720	-
obs	-	-	89.09 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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