PDB-4fmh: Merkel Cell Polyomavirus VP1 in complex with Disialyllactose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fmh

タイトル

Merkel Cell Polyomavirus VP1 in complex with Disialyllactose

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / viral capsid protein / jelly roll / encapsidation / receptor binding / sialylated oligosaccharides

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Merkel cell polyomavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Neu, U. / Hengel, H. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Structures of Merkel Cell Polyomavirus VP1 Complexes Define a Sialic Acid Binding Site Required for Infection.
著者: Neu, U. / Hengel, H. / Blaum, B.S. / Schowalter, R.M. / Macejak, D. / Gilbert, M. / Wakarchuk, W.W. / Imamura, A. / Ando, H. / Kiso, M. / Arnberg, N. / Garcea, R.L. / Peters, T. / Buck, C.B. / Stehle, T.

履歴

登録	2012年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fmh.cif.gz	2.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fmh.ent.gz	1.8 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fmh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/4fmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/4fmh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fmgC 4fmiC 4fmjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fmi-2 4fmi-1 4fmj-3 1cn3-d 4fmj-4 6y5x-2 6y67-2 4por-2 4fmj-1 4fmi-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

C: VP1

D: VP1

E: VP1

F: VP1

G: VP1

H: VP1

I: VP1

J: VP1

K: VP1

L: VP1

M: VP1

N: VP1

O: VP1

P: VP1

Q: VP1

R: VP1

S: VP1

T: VP1

ヘテロ分子

648 kDa, 20 ポリマー
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1

A: VP1

B: VP1

C: VP1

D: VP1

E: VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 5 ポリマー
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2

F: VP1

G: VP1

H: VP1

I: VP1

J: VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

K: VP1

L: VP1

M: VP1

N: VP1

O: VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

P: VP1

Q: VP1

R: VP1

S: VP1

T: VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
162 kDa, 5 ポリマー
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5

A: VP1

B: VP1

C: VP1

D: VP1

E: VP1

K: VP1

L: VP1

M: VP1

N: VP1

O: VP1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
324 kDa, 10 ポリマー
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6

F: VP1

G: VP1

H: VP1

I: VP1

J: VP1

P: VP1

Q: VP1

R: VP1

S: VP1

T: VP1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
324 kDa, 10 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.270, 85.770, 248.710
Angle α, β, γ (deg.)	92.97, 100.48, 108.05
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	96 - 100	65 - 69
2	1	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	96 - 100	65 - 69
3	1	GLU	GLU	ALA	ALA	C	C	96 - 100	65 - 69
4	1	GLU	GLU	ALA	ALA	D	D	96 - 100	65 - 69
5	1	GLU	GLU	ALA	ALA	E	E	96 - 100	65 - 69
6	1	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	96 - 100	65 - 69
7	1	GLU	GLU	ALA	ALA	G	G	96 - 100	65 - 69
8	1	GLU	GLU	ALA	ALA	H	H	96 - 100	65 - 69
9	1	GLU	GLU	ALA	ALA	I	I	96 - 100	65 - 69
10	1	GLU	GLU	ALA	ALA	J	J	96 - 100	65 - 69
11	1	GLU	GLU	ALA	ALA	K	K	96 - 100	65 - 69
12	1	GLU	GLU	ALA	ALA	L	L	96 - 100	65 - 69
13	1	GLU	GLU	ALA	ALA	M	M	96 - 100	65 - 69
14	1	GLU	GLU	ALA	ALA	N	N	96 - 100	65 - 69
15	1	GLU	GLU	ALA	ALA	O	O	96 - 100	65 - 69
16	1	GLU	GLU	ALA	ALA	P	P	96 - 100	65 - 69
17	1	GLU	GLU	ALA	ALA	Q	Q	96 - 100	65 - 69
18	1	GLU	GLU	ALA	ALA	R	R	96 - 100	65 - 69
19	1	GLU	GLU	ALA	ALA	S	S	96 - 100	65 - 69
20	1	GLU	GLU	ALA	ALA	T	T	96 - 100	65 - 69
1	2	TRP	TRP	TYR	TYR	A	A	123 - 143	92 - 112
2	2	TRP	TRP	TYR	TYR	B	B	123 - 143	92 - 112
3	2	TRP	TRP	TYR	TYR	C	C	123 - 143	92 - 112
4	2	TRP	TRP	TYR	TYR	D	D	123 - 143	92 - 112
5	2	TRP	TRP	TYR	TYR	E	E	123 - 143	92 - 112
6	2	TRP	TRP	TYR	TYR	F	F	123 - 143	92 - 112
7	2	TRP	TRP	TYR	TYR	G	G	123 - 143	92 - 112
8	2	TRP	TRP	TYR	TYR	H	H	123 - 143	92 - 112
9	2	TRP	TRP	TYR	TYR	I	I	123 - 143	92 - 112
10	2	TRP	TRP	TYR	TYR	J	J	123 - 143	92 - 112
11	2	TRP	TRP	TYR	TYR	K	K	123 - 143	92 - 112
12	2	TRP	TRP	TYR	TYR	L	L	123 - 143	92 - 112
13	2	TRP	TRP	TYR	TYR	M	M	123 - 143	92 - 112
14	2	TRP	TRP	TYR	TYR	N	N	123 - 143	92 - 112
15	2	TRP	TRP	TYR	TYR	O	O	123 - 143	92 - 112
16	2	TRP	TRP	TYR	TYR	P	P	123 - 143	92 - 112
17	2	TRP	TRP	TYR	TYR	Q	Q	123 - 143	92 - 112
18	2	TRP	TRP	TYR	TYR	R	R	123 - 143	92 - 112
19	2	TRP	TRP	TYR	TYR	S	S	123 - 143	92 - 112
20	2	TRP	TRP	TYR	TYR	T	T	123 - 143	92 - 112
1	3	ALA	ALA	TYR	TYR	A	A	167 - 182	136 - 151
2	3	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	167 - 182	136 - 151
3	3	ALA	ALA	TYR	TYR	C	C	167 - 182	136 - 151
4	3	ALA	ALA	TYR	TYR	D	D	167 - 182	136 - 151
5	3	ALA	ALA	TYR	TYR	E	E	167 - 182	136 - 151
6	3	ALA	ALA	TYR	TYR	F	F	167 - 182	136 - 151
7	3	ALA	ALA	TYR	TYR	G	G	167 - 182	136 - 151
8	3	ALA	ALA	TYR	TYR	H	H	167 - 182	136 - 151
9	3	ALA	ALA	TYR	TYR	I	I	167 - 182	136 - 151
10	3	ALA	ALA	TYR	TYR	J	J	167 - 182	136 - 151
11	3	ALA	ALA	TYR	TYR	K	K	167 - 182	136 - 151
12	3	ALA	ALA	TYR	TYR	L	L	167 - 182	136 - 151
13	3	ALA	ALA	TYR	TYR	M	M	167 - 182	136 - 151
14	3	ALA	ALA	TYR	TYR	N	N	167 - 182	136 - 151
15	3	ALA	ALA	TYR	TYR	O	O	167 - 182	136 - 151
16	3	ALA	ALA	TYR	TYR	P	P	167 - 182	136 - 151
17	3	ALA	ALA	TYR	TYR	Q	Q	167 - 182	136 - 151
18	3	ALA	ALA	TYR	TYR	R	R	167 - 182	136 - 151
19	3	ALA	ALA	TYR	TYR	S	S	167 - 182	136 - 151
20	3	ALA	ALA	TYR	TYR	T	T	167 - 182	136 - 151
1	4	PRO	PRO	SER	SER	A	A	227 - 236	196 - 205
2	4	PRO	PRO	SER	SER	B	B	227 - 236	196 - 205
3	4	PRO	PRO	SER	SER	C	C	227 - 236	196 - 205
4	4	PRO	PRO	SER	SER	D	D	227 - 236	196 - 205
5	4	PRO	PRO	SER	SER	E	E	227 - 236	196 - 205
6	4	PRO	PRO	SER	SER	F	F	227 - 236	196 - 205
7	4	PRO	PRO	SER	SER	G	G	227 - 236	196 - 205
8	4	PRO	PRO	SER	SER	H	H	227 - 236	196 - 205
9	4	PRO	PRO	SER	SER	I	I	227 - 236	196 - 205
10	4	PRO	PRO	SER	SER	J	J	227 - 236	196 - 205
11	4	PRO	PRO	SER	SER	K	K	227 - 236	196 - 205
12	4	PRO	PRO	SER	SER	L	L	227 - 236	196 - 205
13	4	PRO	PRO	SER	SER	M	M	227 - 236	196 - 205
14	4	PRO	PRO	SER	SER	N	N	227 - 236	196 - 205
15	4	PRO	PRO	SER	SER	O	O	227 - 236	196 - 205
16	4	PRO	PRO	SER	SER	P	P	227 - 236	196 - 205
17	4	PRO	PRO	SER	SER	Q	Q	227 - 236	196 - 205
18	4	PRO	PRO	SER	SER	R	R	227 - 236	196 - 205
19	4	PRO	PRO	SER	SER	S	S	227 - 236	196 - 205
20	4	PRO	PRO	SER	SER	T	T	227 - 236	196 - 205
1	5	GLY	GLY	PRO	PRO	A	A	272 - 275	241 - 244
2	5	GLY	GLY	PRO	PRO	B	B	272 - 275	241 - 244
3	5	GLY	GLY	PRO	PRO	C	C	272 - 275	241 - 244
4	5	GLY	GLY	PRO	PRO	D	D	272 - 275	241 - 244
5	5	GLY	GLY	PRO	PRO	E	E	272 - 275	241 - 244
6	5	GLY	GLY	PRO	PRO	F	F	272 - 275	241 - 244
7	5	GLY	GLY	PRO	PRO	G	G	272 - 275	241 - 244
8	5	GLY	GLY	PRO	PRO	H	H	272 - 275	241 - 244
9	5	GLY	GLY	PRO	PRO	I	I	272 - 275	241 - 244
10	5	GLY	GLY	PRO	PRO	J	J	272 - 275	241 - 244
11	5	GLY	GLY	PRO	PRO	K	K	272 - 275	241 - 244
12	5	GLY	GLY	PRO	PRO	L	L	272 - 275	241 - 244
13	5	GLY	GLY	PRO	PRO	M	M	272 - 275	241 - 244
14	5	GLY	GLY	PRO	PRO	N	N	272 - 275	241 - 244
15	5	GLY	GLY	PRO	PRO	O	O	272 - 275	241 - 244
16	5	GLY	GLY	PRO	PRO	P	P	272 - 275	241 - 244
17	5	GLY	GLY	PRO	PRO	Q	Q	272 - 275	241 - 244
18	5	GLY	GLY	PRO	PRO	R	R	272 - 275	241 - 244
19	5	GLY	GLY	PRO	PRO	S	S	272 - 275	241 - 244
20	5	GLY	GLY	PRO	PRO	T	T	272 - 275	241 - 244
1	6	ILE	ILE	PHE	PHE	A	A	284 - 294	253 - 263
2	6	ILE	ILE	PHE	PHE	B	B	284 - 294	253 - 263
3	6	ILE	ILE	PHE	PHE	C	C	284 - 294	253 - 263
4	6	ILE	ILE	PHE	PHE	D	D	284 - 294	253 - 263
5	6	ILE	ILE	PHE	PHE	E	E	284 - 294	253 - 263
6	6	ILE	ILE	PHE	PHE	F	F	284 - 294	253 - 263
7	6	ILE	ILE	PHE	PHE	G	G	284 - 294	253 - 263
8	6	ILE	ILE	PHE	PHE	H	H	284 - 294	253 - 263
9	6	ILE	ILE	PHE	PHE	I	I	284 - 294	253 - 263
10	6	ILE	ILE	PHE	PHE	J	J	284 - 294	253 - 263
11	6	ILE	ILE	PHE	PHE	K	K	284 - 294	253 - 263
12	6	ILE	ILE	PHE	PHE	L	L	284 - 294	253 - 263
13	6	ILE	ILE	PHE	PHE	M	M	284 - 294	253 - 263
14	6	ILE	ILE	PHE	PHE	N	N	284 - 294	253 - 263
15	6	ILE	ILE	PHE	PHE	O	O	284 - 294	253 - 263
16	6	ILE	ILE	PHE	PHE	P	P	284 - 294	253 - 263
17	6	ILE	ILE	PHE	PHE	Q	Q	284 - 294	253 - 263
18	6	ILE	ILE	PHE	PHE	R	R	284 - 294	253 - 263
19	6	ILE	ILE	PHE	PHE	S	S	284 - 294	253 - 263
20	6	ILE	ILE	PHE	PHE	T	T	284 - 294	253 - 263
1	7	HIS	HIS	ARG	ARG	A	A	303 - 307	272 - 276
2	7	HIS	HIS	ARG	ARG	B	B	303 - 307	272 - 276
3	7	HIS	HIS	ARG	ARG	C	C	303 - 307	272 - 276
4	7	HIS	HIS	ARG	ARG	D	D	303 - 307	272 - 276
5	7	HIS	HIS	ARG	ARG	E	E	303 - 307	272 - 276
6	7	HIS	HIS	ARG	ARG	F	F	303 - 307	272 - 276
7	7	HIS	HIS	ARG	ARG	G	G	303 - 307	272 - 276
8	7	HIS	HIS	ARG	ARG	H	H	303 - 307	272 - 276
9	7	HIS	HIS	ARG	ARG	I	I	303 - 307	272 - 276
10	7	HIS	HIS	ARG	ARG	J	J	303 - 307	272 - 276
11	7	HIS	HIS	ARG	ARG	K	K	303 - 307	272 - 276
12	7	HIS	HIS	ARG	ARG	L	L	303 - 307	272 - 276
13	7	HIS	HIS	ARG	ARG	M	M	303 - 307	272 - 276
14	7	HIS	HIS	ARG	ARG	N	N	303 - 307	272 - 276
15	7	HIS	HIS	ARG	ARG	O	O	303 - 307	272 - 276
16	7	HIS	HIS	ARG	ARG	P	P	303 - 307	272 - 276
17	7	HIS	HIS	ARG	ARG	Q	Q	303 - 307	272 - 276
18	7	HIS	HIS	ARG	ARG	R	R	303 - 307	272 - 276
19	7	HIS	HIS	ARG	ARG	S	S	303 - 307	272 - 276
20	7	HIS	HIS	ARG	ARG	T	T	303 - 307	272 - 276
1	8	VAL	VAL	ARG	ARG	A	A	311 - 316	280 - 285
2	8	VAL	VAL	ARG	ARG	B	B	311 - 316	280 - 285
3	8	VAL	VAL	ARG	ARG	C	C	311 - 316	280 - 285
4	8	VAL	VAL	ARG	ARG	D	D	311 - 316	280 - 285
5	8	VAL	VAL	ARG	ARG	E	E	311 - 316	280 - 285
6	8	VAL	VAL	ARG	ARG	F	F	311 - 316	280 - 285
7	8	VAL	VAL	ARG	ARG	G	G	311 - 316	280 - 285
8	8	VAL	VAL	ARG	ARG	H	H	311 - 316	280 - 285
9	8	VAL	VAL	ARG	ARG	I	I	311 - 316	280 - 285
10	8	VAL	VAL	ARG	ARG	J	J	311 - 316	280 - 285
11	8	VAL	VAL	ARG	ARG	K	K	311 - 316	280 - 285
12	8	VAL	VAL	ARG	ARG	L	L	311 - 316	280 - 285
13	8	VAL	VAL	ARG	ARG	M	M	311 - 316	280 - 285
14	8	VAL	VAL	ARG	ARG	N	N	311 - 316	280 - 285
15	8	VAL	VAL	ARG	ARG	O	O	311 - 316	280 - 285
16	8	VAL	VAL	ARG	ARG	P	P	311 - 316	280 - 285
17	8	VAL	VAL	ARG	ARG	Q	Q	311 - 316	280 - 285
18	8	VAL	VAL	ARG	ARG	R	R	311 - 316	280 - 285
19	8	VAL	VAL	ARG	ARG	S	S	311 - 316	280 - 285
20	8	VAL	VAL	ARG	ARG	T	T	311 - 316	280 - 285

#1: タンパク質

VP1

分子量: 31927.154 Da / 分子数: 20 / 断片: UNP residues 37-319 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Merkel cell polyomavirus (ウイルス)
株: W162 / 遺伝子: VP1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0JPK1

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 4560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.5 % 解説: THE CRYSTAL SUFFERED FROM RADIATION DAMAGE DURING DATA COLLECTION.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 6% w/v PEG3350, 0.3 M magnesium chloride, soaked in 20 mM disialyllactose, cryoprotection: 25% w/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月7日
放射	モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 558787 / Num. obs: 529047 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 9.52
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
RemDAq		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 5.203 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE BINDING SITES IN CHAINS E AND S CONTAIN ONLY VERY WEAK ELECTRON DENSITY FEATURES FOR THE LIGAND. RESIDUES 71 AND 72 ADOPT MULTIPLE CONFORMATIONS IN THE STRUCTURE.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19575	5310	1 %	RANDOM
R_work	0.16564	-	-	-
obs	0.16595	523737	94.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.148 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.66 Å²	0.28 Å²	-0.05 Å²
2-	-	0.31 Å²	-0.15 Å²
3-	-	-	-0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	42808	0	580	4560	47948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	45469
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.108	1.983	62120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.923	5	5709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.519	25.113	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.676	15	7467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.296	15	164
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	6998
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	34363
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.019	3	28130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.855	5	46049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.755	7	17339
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.27	9	16055
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	312	medium positional	0.05	0.5
2	B	312	medium positional	0.05	0.5
3	C	312	medium positional	0.09	0.5
4	D	312	medium positional	0.05	0.5
5	E	312	medium positional	0.06	0.5
6	F	312	medium positional	0.08	0.5
7	G	312	medium positional	0.05	0.5
8	H	312	medium positional	0.05	0.5
9	I	312	medium positional	0.07	0.5
10	J	312	medium positional	0.05	0.5
11	K	312	medium positional	0.06	0.5
12	L	312	medium positional	0.05	0.5
13	M	312	medium positional	0.06	0.5
14	N	312	medium positional	0.07	0.5
15	O	312	medium positional	0.06	0.5
16	P	312	medium positional	0.05	0.5
17	Q	312	medium positional	0.05	0.5
18	R	312	medium positional	0.06	0.5
19	S	312	medium positional	0.05	0.5
20	T	312	medium positional	0.04	0.5
1	A	283	loose positional	0.08	5
2	B	283	loose positional	0.09	5
3	C	283	loose positional	0.12	5
4	D	283	loose positional	0.09	5
5	E	283	loose positional	0.09	5
6	F	283	loose positional	0.12	5
7	G	283	loose positional	0.08	5
8	H	283	loose positional	0.08	5
9	I	283	loose positional	0.1	5
10	J	283	loose positional	0.08	5
11	K	283	loose positional	0.08	5
12	L	283	loose positional	0.08	5
13	M	283	loose positional	0.09	5
14	N	283	loose positional	0.1	5
15	O	283	loose positional	0.09	5
16	P	283	loose positional	0.09	5
17	Q	283	loose positional	0.08	5
18	R	283	loose positional	0.1	5
19	S	283	loose positional	0.07	5
20	T	283	loose positional	0.07	5
1	A	312	medium thermal	0.5	2
2	B	312	medium thermal	0.46	2
3	C	312	medium thermal	0.51	2
4	D	312	medium thermal	0.54	2
5	E	312	medium thermal	0.53	2
6	F	312	medium thermal	0.87	2
7	G	312	medium thermal	0.52	2
8	H	312	medium thermal	0.42	2
9	I	312	medium thermal	0.53	2
10	J	312	medium thermal	0.79	2
11	K	312	medium thermal	0.57	2
12	L	312	medium thermal	0.52	2
13	M	312	medium thermal	0.71	2
14	N	312	medium thermal	0.55	2
15	O	312	medium thermal	0.68	2
16	P	312	medium thermal	0.69	2
17	Q	312	medium thermal	0.53	2
18	R	312	medium thermal	0.77	2
19	S	312	medium thermal	0.63	2
20	T	312	medium thermal	0.48	2
1	A	283	loose thermal	0.56	10
2	B	283	loose thermal	0.53	10
3	C	283	loose thermal	0.55	10
4	D	283	loose thermal	0.59	10
5	E	283	loose thermal	0.59	10
6	F	283	loose thermal	0.75	10
7	G	283	loose thermal	0.57	10
8	H	283	loose thermal	0.52	10
9	I	283	loose thermal	0.58	10
10	J	283	loose thermal	0.68	10
11	K	283	loose thermal	0.56	10
12	L	283	loose thermal	0.62	10
13	M	283	loose thermal	0.65	10
14	N	283	loose thermal	0.56	10
15	O	283	loose thermal	0.67	10
16	P	283	loose thermal	0.71	10
17	Q	283	loose thermal	0.63	10
18	R	283	loose thermal	0.67	10
19	S	283	loose thermal	0.66	10
20	T	283	loose thermal	0.54	10

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	395	-
R_work	0.26	36818	-
obs	-	-	89.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.269	-4.3016	4.3309	5.5642	-2.9661	7.2878	0.1422	0.5141	0.2984	-0.3094	-0.3521	-0.1634	-0.1498	0.3686	0.21	0.1542	-0.0706	0.0191	0.1057	0.0254	0.0671	11.875	28.266	-25.583
2	0.3555	-0.0191	0.0403	0.4675	-0.0109	0.5343	-0.0033	-0.0081	0.0798	-0.0165	-0.0288	-0.0254	-0.1093	0.1133	0.0321	0.0295	-0.0321	-0.0051	0.0722	-0.0022	0.0535	13.278	20.419	2.065
3	1.6019	-0.3226	1.5893	3.203	-2.3592	5.7785	0.0565	0.1634	-0.0422	-0.39	-0.101	-0.1845	0.518	0.3669	0.0446	0.0853	0.0314	0.0634	0.1314	-0.0119	0.1103	23.496	-10.503	-20.242
4	0.5317	0.0835	0.0621	0.5388	0.0091	0.4052	-0.0271	0.0371	0.0157	-0.0817	0.0173	-0.0761	-0.0037	0.1472	0.0097	0.0203	0.0141	0.0181	0.1034	0.004	0.0599	23.108	-4.266	-7.832
5	6.0754	0.539	-3.6766	3.4614	-1.6402	12.025	-0.0409	0.6459	0.0979	-0.1675	0.1455	0.0951	0.0521	-0.8518	-0.1045	0.1309	0.0104	-0.0384	0.1175	-0.0347	0.0891	-10.368	-22.005	-31.583
6	0.3667	0.0103	0.0107	0.3402	0.0254	0.6042	-0.0024	0.0135	-0.0857	-0.0409	-0.0072	-0.0405	0.1531	0.0411	0.0095	0.0579	0.0179	0.0141	0.0366	0.0065	0.0657	1.246	-24.559	-6.171
7	1.815	1.2309	0.3827	4.6087	5.1671	15.213	-0.0849	0.0334	0.1251	-0.5568	-0.2058	0.274	-0.9011	-0.6015	0.2906	0.1146	0.0441	-0.0635	0.1912	0.0079	0.171	-34.657	-1.345	-19.64
8	0.3472	0.0189	0.0104	0.4183	0.0515	0.5575	-0.0056	-0.0075	-0.0353	-0.0176	-0.0288	0.0598	0.0477	-0.0927	0.0344	0.0072	-0.0077	0.0077	0.0475	-0.007	0.0426	-21.841	-10.261	4.414
9	7.3295	0.7469	5.8165	1.8966	0.5271	7.6513	-0.382	0.4394	0.2992	-0.1902	0.0738	0.0007	-0.424	0.1984	0.3082	0.201	0.0239	-0.0159	0.137	0.0219	0.1818	-20.477	29.703	-14.854
10	0.4745	0.0615	0.0463	0.4296	0.011	0.5408	-0.0224	-0.0308	0.0666	0.01	-0.015	0.0696	-0.0746	-0.0462	0.0374	0.0216	0.0074	-0.0018	0.0309	-0.0238	0.0469	-14.698	17.26	9.134
11	8.8126	1.9497	4.468	3.493	2.7514	10.1773	-0.5455	0.5411	0.174	-0.2007	0.3809	0.0364	-0.7171	-0.0804	0.1646	0.2343	0.0517	-0.0442	0.1313	0.0304	0.0895	14.57	5.162	-139.075
12	0.5181	-0.0047	0.1446	0.4487	-0.0347	0.5716	-0.0589	-0.0424	0.0651	0.0553	0.015	0.0822	-0.1558	-0.1133	0.0438	0.0783	0.0465	-0.0022	0.0391	-0.0162	0.0344	21.195	-5.012	-113.097
13	2.0529	-0.8442	1.8187	1.1523	-1.0095	4.0859	-0.0604	0.2141	0.2003	-0.0285	-0.1365	-0.1319	-0.0704	0.4285	0.197	0.1002	-0.0635	-0.0009	0.081	0.02	0.1146	56.628	-1.111	-129.795
14	0.3792	-0.0486	0.1136	0.4742	-0.0322	0.679	-0.0401	0.0285	0.0878	0.0166	-0.0117	-0.0203	-0.163	0.0411	0.0518	0.0903	-0.0181	-0.0232	0.0509	-0.0022	0.0495	47.796	-2.334	-120.691
15	2.6275	0.1207	0.5118	8.4328	-6.4007	10.125	-0.164	0.2574	-0.0063	-0.8017	0.0869	-0.0245	0.6817	0.2015	0.0772	0.1428	-0.0081	0.0514	0.1497	-0.0145	0.047	54.112	-29.932	-155.497
16	0.5578	0.0777	0.095	0.5713	-0.0722	0.5865	-0.0284	0.0604	0.0034	-0.0474	0.0105	-0.0824	0.0332	0.1687	0.018	0.0502	0.0208	0.0097	0.0901	-0.0016	0.0646	59.289	-28.687	-127.95
17	3.8787	0.6878	-2.1701	2.2269	-1.7279	12.5418	-0.1549	0.4869	-0.0005	-0.2092	0.1523	0.0351	0.6032	-0.6796	0.0025	0.1539	-0.0245	-0.0224	0.0855	-0.0229	0.0583	25.297	-47.976	-149.136
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20	0.4689	0.0245	0.0608	0.5336	0.026	0.6644	-0.0134	-0.0484	-0.0493	0.0209	0.0031	0.0894	0.0555	-0.1851	0.0104	0.0303	-0.0017	0.026	0.0701	0.01	0.0397	13.818	-32.906	-115.491
21	4.8051	1.8121	5.1736	5.366	4.1035	12.2114	0.2776	-0.4273	-0.224	0.5141	-0.1079	-0.207	0.4454	-0.6447	-0.1697	0.1899	-0.0035	0.0351	0.1855	0.0204	0.1141	-37.115	19.532	-30.941
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26	0.3402	0.0271	0.0426	0.4399	-0.062	0.5655	0.0162	0.0004	-0.0613	-0.0357	-0.0213	-0.0279	0.1101	0.0341	0.0052	0.0722	0.0091	0.0063	0.0199	-0.0099	0.0474	-10.539	-6.122	-74.006
27	2.9618	-2.9954	2.4421	8.174	-4.5119	5.3653	-0.1647	-0.1185	0.0882	0.5825	0.063	-0.2264	-0.3825	0.1555	0.1018	0.1128	-0.0402	-0.0002	0.1945	-0.014	0.1557	15.797	17.683	-47.737
28	0.462	-0.1098	0.0755	0.4429	-0.029	0.734	-0.0062	0.0078	-0.0042	-0.0507	-0.0029	-0.1108	-0.061	0.1198	0.0092	0.0671	-0.0275	0.0258	0.0526	0.0005	0.0728	5.334	18.513	-72.45
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33	1.59	0.4148	-0.0286	3.1804	-2.3329	9.5164	0.1744	-0.3064	0.0028	0.3173	-0.3253	-0.1929	0.0426	0.9391	0.151	0.2095	0.0152	-0.0535	0.1694	0.0244	0.1606	38.64	-40.669	-169.811
34	0.4299	0.064	0.0423	0.4616	-0.0213	0.5402	0.0254	0.0092	-0.0913	-0.0026	-0.0154	-0.0095	0.112	0.0236	-0.0101	0.0392	0.005	-0.007	0.0533	-0.0077	0.0585	24.974	-35.091	-194.719
35	2.6235	-1.9159	2.4639	5.6819	-4.584	5.0994	-0.1044	-0.1602	0.1061	0.4889	-0.0238	-0.1189	-0.4669	0.1622	0.1282	0.1548	-0.0199	-0.0134	0.2216	-0.012	0.1549	51.541	-9.605	-169.894
36	0.4136	-0.0387	0.0589	0.3869	-0.0764	0.6317	0.0004	0.0268	-0.0065	-0.0104	-0.0112	-0.0852	0.0051	0.1113	0.0109	0.0179	-0.014	0.0122	0.0793	0.0068	0.0684	41.127	-10.931	-194.583
37	10.7659	-2.3507	6.2852	3.7402	-2.1862	7.588	-0.2422	-0.6048	0.0702	0.2853	0.0977	-0.0448	-0.3731	-0.2739	0.1444	0.2151	-0.0292	0.0098	0.134	-0.0458	0.1039	27.408	11.98	-158.652
38	0.4469	0.0356	0.0515	0.347	-0.0407	0.4679	-0.0053	-0.0153	0.0829	0.0189	-0.0008	-0.0354	-0.113	0.0216	0.0062	0.0375	-0.0096	0.0047	0.0272	0.0103	0.0578	23.265	11.048	-187.079
39	5.5025	1.9564	5.0769	4.8928	4.3385	11.0104	0.2805	-0.3554	-0.214	0.5224	-0.1402	-0.1349	0.4418	-0.5497	-0.1404	0.137	-0.0021	0.055	0.1358	0.0271	0.0788	-1.271	-6.048	-153.457
40	0.4147	-0.0093	0.0171	0.4403	0.014	0.3989	0.0146	-0.0241	0.0753	0.0473	-0.0167	0.0413	-0.0678	-0.1096	0.0021	0.0242	0.01	0.0102	0.0634	0.0087	0.0598	-2.893	0.115	-181.384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	40 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	57 - 319
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	40 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	74 - 319
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	40 - 56
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	57 - 319
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	40 - 56
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	57 - 320
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	40 - 57
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	58 - 320
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	40 - 56
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	57 - 319
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	41 - 78
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	79 - 319
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	40 - 56
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	57 - 319
17	X-RAY DIFFRACTION	17	I	40 - 57
18	X-RAY DIFFRACTION	18	I	58 - 319
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	41 - 56
20	X-RAY DIFFRACTION	20	J	57 - 319
21	X-RAY DIFFRACTION	21	K	40 - 56
22	X-RAY DIFFRACTION	22	K	57 - 319
23	X-RAY DIFFRACTION	23	L	39 - 56
24	X-RAY DIFFRACTION	24	L	57 - 319
25	X-RAY DIFFRACTION	25	M	40 - 57
26	X-RAY DIFFRACTION	26	M	58 - 320
27	X-RAY DIFFRACTION	27	N	40 - 57
28	X-RAY DIFFRACTION	28	N	58 - 320
29	X-RAY DIFFRACTION	29	O	40 - 57
30	X-RAY DIFFRACTION	30	O	58 - 320
31	X-RAY DIFFRACTION	31	P	40 - 78
32	X-RAY DIFFRACTION	32	P	79 - 319
33	X-RAY DIFFRACTION	33	Q	41 - 56
34	X-RAY DIFFRACTION	34	Q	57 - 319
35	X-RAY DIFFRACTION	35	R	40 - 57
36	X-RAY DIFFRACTION	36	R	58 - 320
37	X-RAY DIFFRACTION	37	S	40 - 56
38	X-RAY DIFFRACTION	38	S	57 - 319
39	X-RAY DIFFRACTION	39	T	40 - 56
40	X-RAY DIFFRACTION	40	T	57 - 319

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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