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- PDB-4fly: Pyrococcus abyssi B family DNA polymerase bound to a dsDNA, in ed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fly
タイトルPyrococcus abyssi B family DNA polymerase bound to a dsDNA, in edition mode
要素
  • DNA polymerase 1
  • Primer strand
  • Template strand
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / DNA binding / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain ...DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gouge, J. / Delarue, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Molecular Recognition of Canonical and Deaminated Bases by P. abyssi Family B DNA Polymerase.
著者: Gouge, J. / Ralec, C. / Henneke, G. / Delarue, M.
履歴
登録2012年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / reflns / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: Template strand
P: Primer strand
A: DNA polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4746
ポリマ－98,2303
非ポリマー2443
水10,142563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area35600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.100, 114.340, 128.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#1: DNA鎖 Template strand


分子量: 4008.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 Primer strand


分子量: 2411.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 DNA polymerase 1 / Pab polymerase


分子量: 91809.938 Da / 分子数: 1 / Mutation: D215A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: polI, pol, PYRAB17200, PAB1128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CL77, DNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 3種, 566分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 7-12% PEG 20000, 100 mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.99187 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月9日
放射モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44 Å / Num. obs: 44918 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.32→2.42 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 6401 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FLW

4flw


解像度: 2.3→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9346 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9081 / SU R Cruickshank DPI: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2265 5.05 %RANDOM
Rwork0.1756 ---
obs0.1778 44868 97.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1742 Å20 Å20 Å2
2--4.2588 Å20 Å2
3----6.433 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.249 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5984 426 14 563 6987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016633HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.089074HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3100SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes132HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes914HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6633HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion863SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7692SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 169 5.26 %
Rwork0.1991 3044 -
all0.2025 3213 -
obs--97.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9298-0.8197-0.88871.36320.27230.9096-0.066-0.29490.2330.19190.1223-0.1319-0.0570.091-0.0562-0.09380.0113-0.0388-0.0794-0.0398-0.003122.956751.7109-8.8857
21.4044-1.00530.21261.54-0.05830.62570.0496-0.0234-0.1088-0.0544-0.0125-0.05660.09920.0085-0.0371-0.081-0.01520.0092-0.09670.00160.021434.928722.5102-24.073
32.35530.72911.01040.89221.04773.43430.0892-0.25080.10510.08580.0452-0.21860.4236-0.2423-0.1344-0.01490.0051-0.0514-0.06020.052-0.08258.42142.856-12.5044
40.6898-0.2422-0.14821.51760.19160.56080.09780.0774-0.0963-0.1448-0.13940.14660.0083-0.01430.0416-0.05360.0347-0.0233-0.08540.0066-0.0381-0.180433.9102-31.9561
51.21920.03671.34270.24860.32712.00530.0671-0.1509-0.00640.0378-0.0644-0.05450.1154-0.0252-0.0028-0.0781-0.0374-0.0152-0.08640.00410.012213.1424.2958-16.6088
60.9344-0.1636-1.00040.7108-0.25680.3458-0.00530.03420.0704-0.0044-0.0160.04730.00240.03850.0213-0.1186-0.05780.06560.0089-0.00530.15796.182716.72191.4171
701.1735-1.22310.21880.77380.215-0.021-0.0204-0.0053-0.090.0354-0.0459-0.0487-0.0209-0.0144-0.0095-0.0387-0.02-0.07550.04080.039917.92516.2975-9.9678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 133}A1 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2{A|134 - 356}A134 - 356
3X-RAY DIFFRACTION3{A|357 - 383}A357 - 383
4X-RAY DIFFRACTION4{A|392 - 570}A392 - 570
5X-RAY DIFFRACTION5{A|571 - 757}A571 - 757
6X-RAY DIFFRACTION6{P|1 - 4}P1 - 4
7X-RAY DIFFRACTION7{P|5 - 8}P5 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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