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- PDB-4flb: CID of human RPRD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4flb
タイトルCID of human RPRD2
要素Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / structural genomics consortium / sgc
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 3'-end processing / transcription preinitiation complex / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PRASEODYMIUM ION / Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Ni, Z. / Xu, C. / Tempel, W. / El Bakkouri, M. / Loppnau, P. / Guo, X. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. ...Ni, Z. / Xu, C. / Tempel, W. / El Bakkouri, M. / Loppnau, P. / Guo, X. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Greenblatt, J.F. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: RPRD1A and RPRD1B are human RNA polymerase II C-terminal domain scaffolds for Ser5 dephosphorylation.
著者: Ni, Z. / Xu, C. / Guo, X. / Hunter, G.O. / Kuznetsova, O.V. / Tempel, W. / Marcon, E. / Zhong, G. / Guo, H. / Kuo, W.H. / Li, J. / Young, P. / Olsen, J.B. / Wan, C. / Loppnau, P. / El ...著者: Ni, Z. / Xu, C. / Guo, X. / Hunter, G.O. / Kuznetsova, O.V. / Tempel, W. / Marcon, E. / Zhong, G. / Guo, H. / Kuo, W.H. / Li, J. / Young, P. / Olsen, J.B. / Wan, C. / Loppnau, P. / El Bakkouri, M. / Senisterra, G.A. / He, H. / Huang, H. / Sidhu, S.S. / Emili, A. / Murphy, S. / Mosley, A.L. / Arrowsmith, C.H. / Min, J. / Greenblatt, J.F.
履歴
登録2012年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Structure summary
改定 1.22014年7月30日Group: Database references
改定 1.32014年8月20日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,23110
ポリマ－16,7571
非ポリマー4749
水1,29772
1
A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 2
ヘテロ分子

A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,46220
ポリマ－33,5142
非ポリマー94818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_466y-1,x+1,-z+11
Buried area3610 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area12040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.339, 40.339, 145.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT HAS NOT BEEN DETERMINED

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要素

#1: タンパク質 Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 2


分子量: 16757.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPRD2, KIAA0460, HSPC099 / プラスミド: pET15 MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 / 参照: UniProt: Q5VT52
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG-3350, 0.2M ammounium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, praseodymium(III) acetate, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28.54 Å / Num. obs: 11740 / % possible obs: 98.86 % / 冗長度: 12.46 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 25.0113
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.8-1.912.730.75207321628197.08
1.9-2.0113.040.45204801570198.27
2.01-2.1513.090.24191311461198.63
2.15-2.3312.990.18180911393199.1
2.33-2.5512.840.14166621298199.31
2.55-2.8512.510.11149751197199.65
2.85-3.2912.310.07129521052199.74
3.29-4.0311.630.0510966943199.97
4.03-5.710.860.038083744199.96
5.7-28.529.340.034239454198.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.20データスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC5.7.0027精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.802→28.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.191 / WRfactor Rwork: 0.158 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.291 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. SAD PHASING WAS PERFORMED USING MERGED INTENSITIES FROM HKL3000 WITH THE "AUTO CORRECTIONS" OPTION FOR SCALEPACK. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. SAD PHASING WAS PERFORMED USING MERGED INTENSITIES FROM HKL3000 WITH THE "AUTO CORRECTIONS" OPTION FOR SCALEPACK. BUCCANEER AND ARP/WARP WERE USED FOR MODEL TRACING. COOT AND THE MOLPROBITY SERVER WERE ALSO USED DURING REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2162 552 4.714 %RANDOM
Rwork0.1746 ---
obs0.177 11711 98.387 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 54.08 Å2 / Biso mean: 20.391 Å2 / Biso min: 9.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.149 Å20 Å20 Å2
2--0.149 Å20 Å2
3----0.298 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.802→28.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1057 0 17 72 1146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191153
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4411.9421571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87532525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5695143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81923.33357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90315213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6981510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02280
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.802-1.8490.3440.23177585595.789
1.849-1.8990.287310.22277382597.455
1.899-1.9540.201430.20273579997.372
1.954-2.0140.233330.18375280297.88
2.014-2.080.254420.1669675497.878
2.08-2.1520.189320.1669073897.832
2.152-2.2330.171380.16766771698.464
2.233-2.3240.184360.16764268898.547
2.324-2.4260.215400.16762467298.81
2.426-2.5440.382250.16960864198.752
2.544-2.680.241230.16259061799.352
2.68-2.8420.154210.17655157699.306
2.842-3.0360.206270.17452755599.82
3.036-3.2760.242220.16848951499.416
3.276-3.5850.198260.16645448199.792
3.585-4.0010.188210.148423444100
4.001-4.6060.154150.14338440099.75
4.606-5.6080.247140.20933334899.713
5.608-7.7960.285110.22626828099.643
7.796-300.2280.21117718997.884
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.6917 Å / Origin y: 32.1058 Å / Origin z: 62.9805 Å
111213212223313233
T0.0125 Å2-0.0003 Å20.0062 Å2-0.0348 Å2-0.0091 Å2--0.0064 Å2
L2.4117 °20.506 °20.2027 °2-3.0092 °20.3768 °2--1.5838 °2
S-0.0278 Å °0.1153 Å °-0.0536 Å °-0.1104 Å °0.0448 Å °-0.0278 Å °-0.0003 Å °0.0225 Å °-0.017 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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