PDB-4fjv: Crystal Structure of Human Otubain2 and Ubiquitin Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fjv

タイトル

Crystal Structure of Human Otubain2 and Ubiquitin Complex

要素

Polyubiquitin-C
Ubiquitin thioesterase OTUB2

キーワード

HYDROLASE / Ubiquitin / otubain / NEDD8 / cleavage specificity / deubiquitylation / cysteine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of double-strand break repair / protein K11-linked deubiquitination / protein K48-linked deubiquitination / protein K63-linked deubiquitination / protein deubiquitination / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants ...negative regulation of double-strand break repair / protein K11-linked deubiquitination / protein K48-linked deubiquitination / protein K63-linked deubiquitination / protein deubiquitination / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / ubiquitin binding / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of signaling by CBL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Fanconi Anemia Pathway / Negative regulation of FGFR3 signaling / Hh mutants are degraded by ERAD / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Peroxisomal protein import / Degradation of AXIN / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Degradation of GLI1 by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Regulation of TNFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / Negative regulation of FGFR4 signaling / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Stabilization of p53 / EGFR downregulation / Negative regulation of NOTCH4 signaling
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.047 Å

データ登録者

Altun, M. / Walter, T.S. / Kramer, H.B. / Iphofer, A. / David, Y. / Komsany, A. / Ternette, N. / Nicholson, B. / Navon, A. / Stuart, D.I. ...

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: The human otubain2-ubiquitin structure provides insights into the cleavage specificity of poly-ubiquitin-linkages.
著者: Altun, M. / Walter, T.S. / Kramer, H.B. / Herr, P. / Iphofer, A. / Bostrom, J. / David, Y. / Komsany, A. / Ternette, N. / Navon, A. / Stuart, D.I. / Ren, J. / Kessler, B.M.

履歴

登録	2012年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fjv.cif.gz	280.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fjv.ent.gz	227.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fjv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fjv_validation.pdf.gz	466.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fjv_full_validation.pdf.gz	469.4 KB	表示
XML形式データ	4fjv_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	4fjv_validation.cif.gz	44.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/4fjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/4fjv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tffS 3n32S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5yrd-d 3nqk-d 5yra-d 5yr1-d 4uv6-1 4uv6-2 3s24-5 2d07-d 5yrc-d 3cml-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (68) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (66) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (6) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (5) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (8) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (3) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (4) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (3) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (68)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (66)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (6)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (5)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (8)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (3)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (4)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (3)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin thioesterase OTUB2

B: Polyubiquitin-C

C: Ubiquitin thioesterase OTUB2

D: Polyubiquitin-C

ヘテロ分子

75.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin thioesterase OTUB2

B: Polyubiquitin-C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ubiquitin thioesterase OTUB2

D: Polyubiquitin-C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Ubiquitin thioesterase OTUB2

B: Polyubiquitin-C

ヘテロ分子

C: Ubiquitin thioesterase OTUB2

D: Polyubiquitin-C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
75.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.063, 76.825, 198.847
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 4:231 ) and backbone
2	1	1	chain 'C' and (resseq 4:231 ) and backbone
1	1	2	chain 'B' and (resseq -5:75 ) and backbone
2	1	2	chain 'D' and (resseq -5:75 ) and backbone

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Ubiquitin thioesterase OTUB2 / Deubiquitinating enzyme OTUB2 / OTU domain-containing ubiquitin aldehyde-binding protein 2 / ...Deubiquitinating enzyme OTUB2 / OTU domain-containing ubiquitin aldehyde-binding protein 2 / Otubain-2 / Ubiquitin-specific-processing protease OTUB2 分子量: 27533.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OTUB2, C14orf137, OTB2, OTU2 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96DC9, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質	Polyubiquitin-C / Ubiquitin 分子量: 9799.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG48
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NEH / ETHANAMINE / エチルアミン分子量: 45.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇N
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15 % (w/v) Polyethylene Glycol 3350, 0.1 M Magnesium Formate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I04-1	1	0.9173
シンクロトロン	Diamond	I04-1	2	0.9173

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 2M	1	PIXEL	2011年5月12日
DECTRIS PILATUS 2M	2	PIXEL	2011年5月12日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.9173 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.047→50 Å / Num. obs: 52092 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 4955 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TFF and 3N32

1tff

3n32

解像度: 2.047→49.712 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2672	2641	5.08 %	RANDOM
R_work	0.2057	-	-	-
obs	0.2088	52002	97.65 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.348 Å² / k_sol: 0.316 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.9217 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.726 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.8043 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.047→49.712 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5086	0	42	560	5688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5224
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	7030
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.912	1952
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	783
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	905

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	912	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	912	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
2	1	B	324	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	D	324	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0465-2.0837	0.4131	83	0.3823	1768	X-RAY DIFFRACTION	66
2.0837-2.1238	0.3905	132	0.3453	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1238-2.1671	0.3815	139	0.3225	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1671-2.2143	0.356	141	0.2985	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2143-2.2658	0.3732	130	0.2866	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2658-2.3224	0.2877	128	0.2513	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3224-2.3852	0.3374	158	0.2394	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3852-2.4554	0.3066	152	0.2352	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4554-2.5347	0.306	148	0.2334	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5347-2.6253	0.2995	143	0.2318	2567	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6253-2.7304	0.2985	151	0.2146	2584	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7304-2.8546	0.3019	137	0.2075	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8546-3.0051	0.2451	136	0.1883	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0051-3.1933	0.2657	136	0.1875	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1933-3.4398	0.252	157	0.1908	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4398-3.7859	0.2363	125	0.1728	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7859-4.3335	0.2257	119	0.1564	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3335-5.4586	0.2022	166	0.1407	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4586-49.7264	0.1843	160	0.164	2813	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8218	0.9103	0.1967	2.9048	-0.1622	3.3359	0.1175	-0.2071	0.0742	0.2884	-0.0841	-0.1886	-0.1799	0.3192	-0.0511	0.1523	-0.0639	-0.0088	0.5517	0.0384	0.1016	9.0327	8.6999	39.4444
2	2.5209	1.7724	0.1882	2.1363	-0.1036	4.8194	0.0357	0.0761	0.2372	-0.0123	0.0164	0.2373	-0.3257	-0.6224	-0.1567	0.1668	0.0447	0.0432	0.6832	0.0516	0.1795	-10.3455	10.8566	29.446
3	0.5683	0.0771	-0.5918	0.1368	-0.2785	0.9222	-0.0497	-0.0767	-0.0483	0.0435	0.0393	0.0491	0.0925	0.0077	0.0531	0.108	-0.0527	0.045	0.4702	0.0951	0.0675	8.1799	2.6981	28.9175
4	5.0337	5.1145	-5.2364	6.2393	-5.8606	5.8108	-0.4045	-0.0408	-0.1995	-0.3744	0.3239	0.0185	0.5457	-0.1845	0.1245	0.2465	0.1437	0.0225	0.5593	0.1185	0.1647	21.9401	-9.0993	21.7321
5	0.6425	0.0271	-0.0001	0.0434	-0.0106	0.396	-0.0412	-0.0465	-0.0275	-0.0083	-0.0235	-0.0529	0.043	0.2678	0.0003	0.0791	0.0146	0.0717	0.6792	0.0901	0.0269	21.4985	2.4131	22.5967
6	6.3679	6.4549	2.142	6.8301	1.397	2.8178	-0.1396	0.6553	0.562	-0.5243	0.1199	0.2639	-0.2803	-0.6039	0.0064	0.2449	-0.0568	0.0702	0.5109	0.0639	0.1997	17.0764	13.2974	5.4646
7	0.9724	0.6414	-0.4322	0.9597	-0.2578	1.117	0.0416	-0.1224	-0.0211	-0.0166	-0.0437	-0.0263	-0.0542	-0.0295	0.0104	0.1181	-0.0328	0.0359	0.3824	0.0198	0.091	13.421	6.4132	15.583
8	1.4564	-0.6258	-0.2556	0.8451	0.4111	1.0322	0.0003	0.1352	0.0074	-0.0267	-0.0433	0.1208	0.0016	-0.2672	-0.0882	0.0568	-0.0028	-0.0013	0.5335	0.0899	0.0818	-0.4334	2.8716	21.2484
9	4.0122	3.6552	2.1731	7.1013	2.6986	8.8778	-0.6443	-1.0325	0.4738	0.3624	0.2181	0.2879	-1.3213	-1.5143	0.4315	0.3278	0.044	-0.1142	0.5699	-0.1226	0.2536	-12.6	5.6452	-20.0313
10	6.7041	-0.3377	5.3294	4.1201	-1.5136	5.5181	0.4327	0.4312	-0.5312	-0.3672	-0.0198	0.2049	0.8133	0.2711	-0.4453	0.2629	0.0823	-0.1082	0.4235	-0.0139	0.1752	-0.0903	1.284	-6.1323
11	1.8566	-0.5083	1.8612	1.8765	-1.1507	2.103	0.1564	0.2334	-0.1696	-0.4586	0.0515	0.4442	0.185	-0.2753	-0.2232	0.1651	0.0445	-0.1069	0.2828	-0.055	0.105	-3.3364	3.3405	-4.4706
12	6.4256	1.2121	1.6473	2.7711	-0.1751	3.1373	-0.1106	-0.4238	-0.003	-0.0576	0.0473	0.4	-0.1007	-0.5537	-0.0091	0.1068	0.0672	-0.0676	0.4686	0.0514	0.1708	-5.1926	7.4957	3.2953
13	3.1326	0.3754	1.3898	0.3332	0.0085	3.5432	-0.2516	-0.439	0.3401	0.304	0.0739	-0.1055	-0.4814	-0.1592	0.1664	0.2695	0.0674	-0.1052	0.4011	0.0093	0.1346	1.4879	15.2771	-3.7527
14	1.8333	-2.4163	-0.7316	3.9349	1.7114	2.5038	0.1199	0.6765	-0.0459	-1.0249	-0.139	0.459	0.1304	0.2614	0.0211	0.3663	0.1167	-0.0737	0.4285	0.0282	0.1511	0.8426	9.8982	-12.0812
15	1.5581	1.06	1.5702	4.1275	4.6652	8.4285	0.1496	-0.0062	0.3035	-0.3053	0.1071	-0.0353	-0.71	0.0997	-0.2144	0.1766	-0.0155	0.0315	0.2852	-0.0654	0.1066	4.119	8.305	6.3205
16	3.8109	-0.3393	0.7961	4.1174	-0.1386	4.9753	0.0496	-0.6589	0.4254	0.4386	-0.0772	-0.325	-0.3201	0.3273	0.0411	0.198	-0.0581	-0.0102	0.2553	-0.0405	0.146	9.5875	47.0496	56.9845
17	1.4005	0.3359	0.067	1.696	1.0153	3.5191	-0.0134	0.0759	0.0714	-0.0723	-0.1609	0.2174	-0.2479	-0.4558	0.0798	0.0594	0.0707	0.0371	0.295	-0.1031	0.075	-9.1033	49.3372	47.4919
18	1.6254	-0.4072	-0.1329	0.2924	-0.2733	1.3276	0.0032	-0.1755	0.0003	-0.0053	-0.0384	-0.0397	-0.0663	-0.1806	0.0314	0.0909	-0.0073	0.0229	0.1136	-0.0279	0.0806	9.4643	41.2618	46.843
19	5.689	2.7615	-5.9038	4.0134	-4.6879	8.0189	-0.4145	0.1966	-0.325	-0.3415	0.1863	-0.2302	0.5321	-0.2234	0.2356	0.1253	-0.016	0.0921	0.3656	-0.0241	0.2183	23.2745	29.4938	39.438
20	0.5022	0.0903	-0.2536	0.2334	-0.0719	0.634	0.019	-0.0128	0.0987	-0.0449	-0.1202	-0.1858	0.0344	0.1967	-0.028	-0.0217	-0.0153	0.0924	0.4564	0.0334	0.0783	22.7078	41.0661	40.4186
21	6.044	5.4289	0.8696	5.7324	1.7428	3.0138	-0.1607	0.8632	0.9726	-0.6999	0.09	0.2536	-1.0505	-0.0754	0.077	0.4471	0.007	0.1064	0.3308	0.182	0.3796	18.1849	52.0777	23.4323
22	0.6144	0.3398	0.2023	0.9468	-0.1654	0.4467	-0.0199	0.0267	0.2059	0.0106	-0.0347	-0.0275	-0.088	0.064	0.0223	0.1684	-0.0693	0.1185	0.0122	0.027	0.1687	14.5779	45.1002	33.5131
23	5.7413	-3.0291	0.4053	2.6485	-0.0601	1.8406	0.103	0.2861	0.2876	-0.1096	-0.1705	0.0162	-0.1452	-0.3931	0.0587	0.1189	-0.0028	0.0478	0.2713	-0.0089	0.071	-2.448	44.2067	37.0247
24	0.9975	-0.2596	0.179	1.8459	0.8147	2.1759	-0.0171	0.0118	0.014	-0.0717	-0.0218	0.1153	0.0727	-0.0248	-0.043	0.1111	-0.0238	0.0466	-0.0697	-0.0473	0.1719	2.5009	39.9912	40.4236
25	5.7636	-0.0555	-4.5082	2.6396	1.7083	4.5765	0.2608	0.3451	0.305	-0.0389	-0.1543	0.1859	-0.3245	-0.4409	-0.1173	0.3013	0.0291	0.1665	0.6599	0.0878	0.3607	-14.5683	44.7305	-2.0094
26	4.784	-1.7818	5.0468	3.3476	-2.6078	5.9738	0.3947	0.6232	-0.2649	-0.465	-0.0785	0.1231	0.8034	0.6365	-0.3171	0.3249	0.1204	-0.0477	0.6797	0.0823	0.1941	0.0814	40.3367	11.7322
27	2.8781	-1.7102	3.0073	4.743	-2.2399	3.1974	0.225	0.0408	-0.2332	-0.6732	0.1621	0.4543	0.1607	-0.2467	-0.3965	0.3354	0.1353	-0.0231	0.8044	0.0111	0.1756	-2.9988	42.1635	13.7723
28	7.5078	2.5067	1.4343	3.0237	-0.4852	6.9063	-0.0382	0.0188	0.2847	-0.1809	-0.0479	0.3674	-0.1996	-0.2613	0.0763	0.1929	0.1077	-0.0429	0.6073	0.0761	0.2909	-4.5884	46.2838	21.6544
29	9.3557	-3.6173	0.0393	2.5436	1.7012	5.7985	0.0535	0.1242	0.8983	-0.2645	0.0986	-0.4339	-0.737	0.2249	-0.1519	0.4121	0.0808	0.099	0.9709	0.2961	0.5454	1.4742	54.2712	14.1371
30	2.3954	-1.2015	-1.49	5.0867	6.1805	8.219	0.0195	0.8102	0.1294	-1.5322	0.0283	0.4112	-0.3536	0.2026	-0.0398	0.5502	0.0862	-0.0874	0.9874	0.1632	0.3177	0.6918	48.8346	5.9514
31	0.5071	0.8407	0.9545	1.4578	1.7215	2.7904	0.2217	0.2443	0.2345	-0.2368	0.176	-0.0813	-0.4597	0.0088	-0.4131	0.1978	0.0287	0.1256	0.5254	0.0939	0.2354	4.9195	47.27	24.3148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:14 )	A	2 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 15:37 )	A	15 - 37
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 38:67 )	A	38 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 68:87 )	A	68 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 88:153 )	A	88 - 153
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 154:167 )	A	154 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 168:187 )	A	168 - 187
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 188:232 )	A	188 - 232
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID -5:0 )	B	-5 - 0
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 1:7 )	B	1 - 7
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 8:22 )	B	8 - 22
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 23:44 )	B	23 - 44
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 45:56 )	B	45 - 56
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 57:65 )	B	57 - 65
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 66:75 )	B	66 - 75
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 3:14 )	C	3 - 14
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 15:37 )	C	15 - 37
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 38:67 )	C	38 - 67
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 68:87 )	C	68 - 87
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 88:153 )	C	88 - 153
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN C AND RESID 154:167 )	C	154 - 167
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN C AND RESID 168:187 )	C	168 - 187
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN C AND RESID 188:203 )	C	188 - 203
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN C AND RESID 204:232 )	C	204 - 232
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID -6:0 )	D	-6 - 0
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 1:7 )	D	1 - 7
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN D AND RESID 8:22 )	D	8 - 22
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN D AND RESID 23:44 )	D	23 - 44
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN D AND RESID 45:56 )	D	45 - 56
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN D AND RESID 57:65 )	D	57 - 65
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN D AND RESID 66:75 )	D	66 - 75

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)