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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fj6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a glycoside hydrolase family 33, candidate sialidase (BDI_2946) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 1.90 A resolution | ||||||
![]() | glycoside hydrolase family 33, candidate sialidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / bacterial neuraminidase repeat / intramolecular trans-sialidase / a carbohydrate binding domain / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a glycoside hydrolase family 33, candidate sialidase (BDI_2946) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 1.90 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 838.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 703.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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詳細 | CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58842.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 8503 / 遺伝子: BDI_2946 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.16 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.2M lithium sulfate, 1.2M sodium dihydrogen phosphate, 0.8M di-potassium hydrogen phosphate, 0.1M Glycine pH 10.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月4日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→29.773 Å / Num. obs: 209534 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.77 Å2 / Rmerge F obs: 0.269 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 6.44 / Num. measured all: 741693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. PHOSPHATE IONS (PO4) AND GLYCEROL (GOL) MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYOPROTECTION SOLUTION ARE MODELED. 7. CHLORIDE (CL) IONS FROM PROTEIN BUFFER HAVE BEEN MODELED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.84 Å2 / Biso mean: 27.3971 Å2 / Biso min: 13.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.773 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 6506 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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