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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fj5 | ||||||
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タイトル | RB69 DNA polymerase ternary complex with dATP/dT | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/DNA / dATP/dT / RB69pol / RB69 / quadruple / Transferase-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage RB69 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Xia, S. / Wang, J. / Konigsberg, W.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013 タイトル: DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase. 著者: Xia, S. / Wang, J. / Konigsberg, W.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fj5.cif.gz | 235.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fj5.ent.gz | 180.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fj5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/4fj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/4fj5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4fj7C 4fj8C 4fj9C 4fjgC 4fjhC 4fjiC 4fjjC 4fjkC 4fjlC 4fjmC 4fjnC 4fjxC 4fk0C 4fk2C 4fk4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 104448.867 Da / 分子数: 1 / 変異: D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ) 遺伝子: 43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TP
#2: DNA鎖 | 分子量: 5516.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 3982.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 3種, 760分子
#4: 化合物 | ChemComp-DTP / | ||
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#5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.52 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月15日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 74061 / Num. obs: 70263 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 3.2 / Observed criterion σ(I): 1.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→34.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.329 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
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