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- PDB-4fj1: Crystal Structure of the ternary complex between a fungal 17beta-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fj1
タイトルCrystal Structure of the ternary complex between a fungal 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase (Holo form) and genistein
要素17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
キーワードoxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Short chain Dehydrogenase/Reductase / Rossmann Fold / Oxidoreductase / NADP(H) / oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GENISTEIN / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cochliobolus lunatus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cassetta, A. / Lamba, D. / Krastanova, I.
引用ジャーナル: J. Steroid Biochem. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for inhibition of 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenases by phytoestrogens: The case of fungal 17 beta-HSDcl.
著者: Cassetta, A. / Stojan, J. / Krastanova, I. / Kristan, K. / Brunskole Svegelj, M. / Lamba, D. / Rizner, T.L.
履歴
登録2012年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Structure summary
改定 1.22017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
B: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
C: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
D: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,19822
ポリマ－115,7464
非ポリマー4,45218
水5,981332
1
A: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
B: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,02110
ポリマ－57,8732
非ポリマー2,1488
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
2
C: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
D: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,17712
ポリマ－57,8732
非ポリマー2,30410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23900 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area31700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.370, 113.890, 69.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEAA12 - 26912 - 269
21ILEILEBB12 - 26912 - 269
12PROPROAA13 - 26913 - 269
22PROPROCC13 - 26913 - 269
13THRTHRAA10 - 27010 - 270
23THRTHRDD10 - 27010 - 270
14PROPROBB13 - 26913 - 269
24PROPROCC13 - 26913 - 269
15ILEILEBB12 - 26912 - 269
25ILEILEDD12 - 26912 - 269
16PROPROCC13 - 26913 - 269
26PROPRODD13 - 26913 - 269

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
詳細Two functionally active dimers are present in the asymmetric unit: Dimer 1: chains A:B Dimer 2: chains C:D

-
要素

#1: タンパク質
17beta-hydroxysteroid dehydrogenase


分子量: 28936.545 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cochliobolus lunatus (菌類) / 株: m118 / 遺伝子: 17HSDcl / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O93874, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GEN / GENISTEIN / 5,7-DIHYDROXY-3-(4-HYDROXYPHENYL)-4H-1-BENZOPYRAN-4-ONE / 4',5,7-TRIHYDROXYISOFLAVONE / PRUNETOL / GENISTEOL / ゲニステイン[フラボノイド]


分子量: 270.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% (W/v) PEG 2000 MME, 0.1M KCNS, 5 mM NADP Crystals soaked for 24 hours in: 30% (W/v) PEG 2000 MME, 0.1M KCNS, 1 mM NADP, 5% (V/V) DMSO, 2 mM genistein , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月16日 / 詳細: Platinum coated cylindrical mirror
放射モノクロメーター: Si (1 1 1) duble crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 40171 / Num. obs: 40171 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.51
反射 シェル解像度: 2.3→2.45 Å / 冗長度: 2.52 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 4.84 / Num. unique all: 6811 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XRD1beamline softwareデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QWI

3qwi


解像度: 2.3→46.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 13.834 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.526 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19881 2009 5 %RANDOM
Rwork0.15903 ---
all0.16102 38162 --
obs0.16102 38162 95.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å20 Å2-1.81 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3----1.14 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.242 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7838 0 280 332 8450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0198280
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3911.97211240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.193313144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.96651035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.90823.699346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.435151290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.1411548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021734
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A88740.08
12B88740.08
21A88780.09
22C88780.09
31A90090.07
32D90090.07
41B89510.07
42C89510.07
51B90060.06
52D90060.06
61C89420.07
62D89420.07
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 137 -
Rwork0.204 2622 -
obs-2622 91.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3094-0.07310.64381.1388-0.29241.96540.028-0.1701-0.21090.04350.01770.00960.2432-0.1768-0.04560.0637-0.0460.01770.06110.01360.0998-13.2273-16.526821.0579
21.24980.32650.18650.7777-0.3441.2793-0.0365-0.00430.1488-0.13140.00780.1172-0.0883-0.20410.02880.05860.0164-0.03270.0504-0.01480.0855-14.24574.101-2.5573
31.54810.5016-0.01720.9536-0.15241.6695-0.0163-0.19360.10320.1650.00230.0655-0.0735-0.0990.01390.04390.0150.01070.0555-0.02630.02076.78162.984233.6159
40.8047-0.01510.25210.9908-0.25211.4652-0.00740.07390.0327-0.1561-0.0219-0.1570.04690.10970.02930.04610.0040.02160.0209-0.00690.069815.06039.23923.9776
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 270
2X-RAY DIFFRACTION1A301
3X-RAY DIFFRACTION1A302
4X-RAY DIFFRACTION1A303
5X-RAY DIFFRACTION1D305
6X-RAY DIFFRACTION2B12 - 270
7X-RAY DIFFRACTION2B301
8X-RAY DIFFRACTION2B302
9X-RAY DIFFRACTION2B303
10X-RAY DIFFRACTION3C13 - 270
11X-RAY DIFFRACTION3C301
12X-RAY DIFFRACTION3C302 - 303
13X-RAY DIFFRACTION3C304
14X-RAY DIFFRACTION4D10 - 270
15X-RAY DIFFRACTION4D301
16X-RAY DIFFRACTION4D302
17X-RAY DIFFRACTION4D303
18X-RAY DIFFRACTION4B304
19X-RAY DIFFRACTION4D304
20X-RAY DIFFRACTION4A304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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