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万見
- PDB-4fiy: Crystal Structure of GlfT2 Complexed with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fiy
タイトルCrystal Structure of GlfT2 Complexed with UDP
要素UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
キーワードTRANSFERASE / Galactofuranosyltransferase / CAZY GT-2 family / Glycosyltransferase / Carbohydrate binding / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


galactofuranosylgalactofuranosylrhamnosyl-N-acetylglucosaminyl-diphospho-decaprenol beta-1,5/1,6-galactofuranosyltransferase / lipopolysaccharide-1,6-galactosyltransferase activity / lipopolysaccharide-1,5-galactosyltransferase activity / UDP-D-galactose metabolic process / cell wall macromolecule biosynthetic process / cell wall polysaccharide biosynthetic process / UDP-galactosyltransferase activity / mycolate cell wall layer assembly / capsule polysaccharide biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process ...galactofuranosylgalactofuranosylrhamnosyl-N-acetylglucosaminyl-diphospho-decaprenol beta-1,5/1,6-galactofuranosyltransferase / lipopolysaccharide-1,6-galactosyltransferase activity / lipopolysaccharide-1,5-galactosyltransferase activity / UDP-D-galactose metabolic process / cell wall macromolecule biosynthetic process / cell wall polysaccharide biosynthetic process / UDP-galactosyltransferase activity / mycolate cell wall layer assembly / capsule polysaccharide biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / glycosyltransferase activity / cell wall organization / transferase activity / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A - #60 / Galactofuranosyltransferase GlfT2, N-terminal / Galactofuranosyltransferase-2, C-terminal / Galactofuranosyltransferase 2 N-terminal / Galactofuranosyltransferase-2, domain 3 / Glycosyltransferase like family 2 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Galactofuranosyltransferase GlfT2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wheatley, R.W. / Zheng, R.B. / Lowary, T.L. / Ng, K.K.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Tetrameric Structure of the GlfT2 Galactofuranosyltransferase Reveals a Scaffold for the Assembly of Mycobacterial Arabinogalactan.
著者: Wheatley, R.W. / Zheng, R.B. / Richards, M.R. / Lowary, T.L. / Ng, K.K.
履歴
登録2012年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22012年10月17日Group: Derived calculations
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
B: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,5527
ポリマ－147,5422
非ポリマー1,0105
水25214
1
A: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子

A: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子

A: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子

A: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,28816
ポリマ－295,0834
非ポリマー2,20512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_645-y+3/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_565y+1/2,-x+3/2,z1
2
B: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子

B: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子

B: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子

B: UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,92012
ポリマ－295,0834
非ポリマー1,8368
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.398, 150.398, 147.378
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2 / GalTr / Beta-D-(1-5)galactofuranosyltransferase / Beta-D-(1-6)galactofuranosyltransferase / UDP- ...GalTr / Beta-D-(1-5)galactofuranosyltransferase / Beta-D-(1-6)galactofuranosyltransferase / UDP-Galf:alpha-3-L-rhamnosyl-alpha-D-GlcNAc-pyrophosphate polyprenol / UDP-galactofuranosyl transferase


分子量: 73770.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: glfT2, Rv3808c, RV38308c / プラスミド: pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: O53585, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 7% PEG 4000, 100 mM sodium acetate, 5 mM TCEP, 10% (w/v) glycerol, 0.2% Triton X-100, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.922 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. all: 35241 / Num. obs: 31773 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 120 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3076 / Rsym value: 0.01 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FIX

4fix


解像度: 3.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 43.507 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.531 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Anisotropic contribution derived from TLS domain model was added using TLSANL analysis
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28711 1564 5.1 %RANDOM
Rwork0.2071 ---
all0.211 31299 --
obs0.211 31299 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.386 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.93 Å20 Å20 Å2
2---1.93 Å20 Å2
3---3.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9956 0 58 14 10028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210283
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1291.95214023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.70451254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.61822.75480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.868151630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7091596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.23926290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3552.510162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0523.53993
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0874.53861
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 102 -
Rwork0.336 1821 -
obs-1821 85.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86030.42180.57691.20870.2541.3086-0.0864-0.05490.01220.0480.08570.16640.0002-0.15170.00070.2203-0.0154-0.01810.24660.02940.2036128.87260.48963.422
21.9426-0.25350.24421.38330.71921.59950.09990.0837-0.5020.01760.07120.17190.2516-0.0366-0.17110.2286-0.055-0.09230.1539-0.0120.2811133.46639.79651.108
35.5192-0.2976-0.5131.14030.24711.80490.25540.5944-0.7373-0.3271-0.17840.35340.26880.0151-0.07690.44180.0637-0.18620.3321-0.2710.3613141.55129.90131.952
43.2238-0.1692-0.52412.1280.82224.56790.11620.80480.1092-0.4641-0.1401-0.0188-0.3232-0.12580.02390.41560.1432-0.02190.4653-0.11040.1334158.83241.56125.058
51.06350.4652-0.42980.8003-0.5881.2297-0.03410.0775-0.0056-0.13240.0268-0.0487-0.03060.23850.00730.2355-0.0260.00990.26550.01160.137995.75115.95345.28
61.90460.08410.0371.6494-0.33491.38970.01760.13620.2723-0.16460.03240.0528-0.35450.0514-0.050.3631-0.08570.00870.17240.08150.148489.94136.41433.113
76.01591.32910.4891.635-0.58882.6724-0.07130.81450.4065-0.34550.0594-0.1381-0.520.02480.0120.6918-0.0499-0.00990.40480.31230.275281.26545.88914.009
85.61.8114-0.02782.1534-1.18022.4292-0.28761.352-0.3517-0.57260.47720.2006-0.039-0.1335-0.18960.6426-0.0079-0.1140.75620.05510.137864.70433.4046.974
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2A158 - 405
3X-RAY DIFFRACTION3A406 - 492
4X-RAY DIFFRACTION3A580 - 628
5X-RAY DIFFRACTION4A493 - 579
6X-RAY DIFFRACTION5B1 - 157
7X-RAY DIFFRACTION6B158 - 405
8X-RAY DIFFRACTION7B406 - 492
9X-RAY DIFFRACTION7B580 - 628
10X-RAY DIFFRACTION8B493 - 579

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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