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- PDB-4fio: Crystal Structure of Methenyltetrahydromethanopterin Cyclohydrola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fio
タイトルCrystal Structure of Methenyltetrahydromethanopterin Cyclohydrolase from Methanobrevibacter ruminantium
要素Methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase
キーワードHYDROLASE / methanogenesis / hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase / methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methenyltetrahydromethanopterin Cyclohydrolase; Chain A, domain 1 / Methenyltetrahydromethanopterin Cyclohydrolase; Chain A, domain 1 / Methenyltetrahydromethanopterin Cyclohydrolase; Chain A, domain 2 / Methenyltetrahydromethanopterin Cyclohydrolase; Chain A, domain 2 / Methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase / Cyclohydrolase (MCH) / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL ACETATE / ISOPROPYL ALCOHOL / Methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanobrevibacter ruminantium (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Carbone, V. / Schofield, L.R. / Beattie, A.K. / Sutherland-Smith, A.J. / Ronimus, R.S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: The crystal structure of methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase from Methanobrevibacter ruminantium.
著者: Carbone, V. / Schofield, L.R. / Beattie, A.K. / Sutherland-Smith, A.J. / Ronimus, R.S.
履歴
登録2012年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase
B: Methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase
C: Methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5828
ポリマ－113,2263
非ポリマー3565
水19,2941071
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9520 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area32080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.370, 74.855, 74.816
Angle α, β, γ (deg.)120.06, 100.01, 98.28
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.849807, 0.447625, 0.278318), (-0.03978, -0.472052, 0.880673), (0.525591, -0.759473, -0.383347)-0.07427, -37.32638, 20.03291
3given(0.842348, -0.051761, 0.536443), (0.453916, -0.468457, -0.757963), (0.290534, 0.881969, -0.371109)12.11939, -36.55814, -21.27586

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要素

#1: タンパク質 Methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase / Methenyl-H4MPT cyclohydrolase


分子量: 37741.852 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanobrevibacter ruminantium (古細菌)
株: ATCC 35063 / DSM 1093 / JCM 13430 / M1 / 遺伝子: mch, mru_1619 / プラスミド: pET151D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: D3E4S5, methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-EEE / ETHYL ACETATE / 酢酸エチル


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1071 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, 30% (w/v) PEG 4000 and 3% (v/v) isopropanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953691
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日
放射モノクロメーター: SI VORTEX-ES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953691 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→19.88 Å / Num. obs: 184543 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.37→1.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.606 / % possible all: 79.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QLM

1qlm


解像度: 1.37→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.612 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.011 / ESU R Free: 0.012 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 9299 5 %RANDOM
Rwork0.13 ---
obs0.132 175155 93.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.07 Å20.72 Å2-1.55 Å2
2---0.44 Å24.45 Å2
3----1.63 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.144 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7144 0 24 1071 8239
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.027577
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2971.98710330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9451037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40726.312301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.995151295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.144159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.21202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0215698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.44137577
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.255262
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.75758223
LS精密化 シェル解像度: 1.37→1.4 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 507 -
Rwork0.236 9303 -
obs--67.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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