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Yorodumi- PDB-3oz7: Crystal Structure of 3-Phosphopglycerate Kinase of Plasmodium fal... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3oz7 | ||||||
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Title | Crystal Structure of 3-Phosphopglycerate Kinase of Plasmodium falciparum | ||||||
Components | Phosphoglycerate kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Phosphoglycerate kinase / ATP Binding / Glycolysis / Malaria parasite | ||||||
Function / homology | Function and homology information Gluconeogenesis / Glycolysis / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / calmodulin binding / phosphorylation / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Smith, C.D. / Chattopadhyay, D. / Pal, B. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2011 Title: Crystal structure of Plasmodium falciparum phosphoglycerate kinase: Evidence for anion binding in the basic patch. Authors: Smith, C.D. / Chattopadhyay, D. / Pal, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3oz7.cif.gz | 318 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3oz7.ent.gz | 263.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3oz7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3oz7_validation.pdf.gz | 449.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3oz7_full_validation.pdf.gz | 460.5 KB | Display | |
Data in XML | 3oz7_validation.xml.gz | 29 KB | Display | |
Data in CIF | 3oz7_validation.cif.gz | 39.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/3oz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/3oz7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3ozaC 1ltkS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45643.461 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Strain: 3D7 / Gene: PGK, PFI1105w / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P27362, phosphoglycerate kinase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.58 Å3/Da / Density % sol: 65.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.25 Details: Ammonium Sulfate, Hepes Buffer, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jun 17, 2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SILICON / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 35575 / % possible obs: 94.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1LTK Resolution: 2.7→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 24.863 / SU ML: 0.239 / SU R Cruickshank DPI: 0.5757 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.576 / ESU R Free: 0.334 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.584 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→19.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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