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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fig | ||||||
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タイトル | Catalytic domain of human PAK4 | ||||||
![]() | Serine/threonine-protein kinase PAK 4 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Serine/Threonine-protein kinase PAK4 / Kinase domain / Protein kinase / ATP binding / Phosphorylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOU GTPase cycle ...dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / cellular response to organic cyclic compound / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / regulation of cell growth / adherens junction / positive regulation of angiogenesis / cell migration / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / cell cycle / phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Golgi apparatus / signal transduction / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ha, B.H. / Boggon, T.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Type II p21-activated kinases (PAKs) are regulated by an autoinhibitory pseudosubstrate. 著者: Ha, B.H. / Davis, M.J. / Chen, C. / Lou, H.J. / Gao, J. / Zhang, R. / Krauthammer, M. / Halaban, R. / Schlessinger, J. / Turk, B.E. / Boggon, T.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 251.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 204 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39123.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE CORRESPONDS TO ISOFORM 2 OF SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PAK 4, UNP ACCESSION CODE ...SEQUENCE CORRESPOND | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.25 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, 700 mM K/Na tartrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月30日 / 詳細: insertion device |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 84.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.317 / Rsym value: 0.317 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2CDZ 解像度: 3.01→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 29.656 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.478 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 87.967 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.01→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.008→3.086 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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