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- PDB-4fgs: Crystal structure of a probable dehydrogenase protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fgs
タイトルCrystal structure of a probable dehydrogenase protein
要素Probable dehydrogenase protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / PSI-Biology / NYSGRC / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium / three layer / short chain dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / PKS_KR / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable dehydrogenase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium etli (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Eswaramoorthy, S. / Rice, S. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. ...Eswaramoorthy, S. / Rice, S. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a probable dehydrogenase protein
著者: Eswaramoorthy, S. / Rice, S. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2012年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable dehydrogenase protein
B: Probable dehydrogenase protein
C: Probable dehydrogenase protein
D: Probable dehydrogenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,9676
ポリマ－114,7754
非ポリマー1922
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12930 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area32090 Å2
手法PISA
2
A: Probable dehydrogenase protein
D: Probable dehydrogenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5804
ポリマ－57,3872
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
3
A: Probable dehydrogenase protein
B: Probable dehydrogenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4843
ポリマ－57,3872
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
4
B: Probable dehydrogenase protein
C: Probable dehydrogenase protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3872
ポリマ－57,3872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
5
C: Probable dehydrogenase protein
D: Probable dehydrogenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4843
ポリマ－57,3872
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.550, 119.425, 75.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Probable dehydrogenase protein


分子量: 28693.748 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 株: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: RHE_CH00797 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q2KC28
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 99823 / Num. obs: 99823 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.77→1.82 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Num. unique all: 7759 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 1.959 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22594 4976 5 %RANDOM
Rwork0.20329 ---
all0.20441 94637 --
obs0.20441 94637 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å20 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3---1.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6798 0 10 295 7103
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0431.9719312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0355927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.68523.481270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.029151104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8981560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5191.54589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99527249
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.55832293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6134.52063
LS精密化 シェル解像度: 1.759→1.805 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 326 -
Rwork0.26 6257 -
obs-6257 88.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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