PDB-4fgp: Legionella pneumophila LapG (EGTA-treated)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fgp

タイトル

Legionella pneumophila LapG (EGTA-treated)

要素

Periplasmic protein

キーワード

HYDROLASE / DUF920 / protease / calcium binding

機能・相同性

Transglutaminase-like cysteine peptidase, predicted / Bacterial transglutaminase-like cysteine proteinase BTLCP / C8orf32 fold - #30 / C8orf32 fold / Roll / metal ion binding / Alpha Beta / Periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Chatterjee, D. / Boyd, C.D. / O'Toole, G.A. / Sondermann, H.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of a conserved, calcium-dependent periplasmic protease from Legionella pneumophila.
著者: Chatterjee, D. / Boyd, C.D. / O'Toole, G.A. / Sondermann, H.

履歴

登録	2012年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fgp.cif.gz	166.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fgp.ent.gz	132.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fgp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fgp_validation.pdf.gz	427.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fgp_full_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示
XML形式データ	4fgp_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	4fgp_validation.cif.gz	30.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/4fgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/4fgp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fgoC 4fgqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3txy-d 6jfg-d 5fud-1 5l9q-2 5lcc-2 5l9q-1 5lcc-1 4xzd-2 3u7l-d 1ftn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Periplasmic protein

B: Periplasmic protein

43.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Periplasmic protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Periplasmic protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.835, 43.718, 100.679
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.08, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Periplasmic protein 分子量: 21590.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg0828 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZXA4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.14 M Ammonium Tartrate dibasic, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9771 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月4日
放射	モノクロメーター: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9771 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→50 Å / Num. all: 47687 / Num. obs: 45446 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.73→1.79 Å / % possible all: 69.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→47.766 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2067	1999	4.4 %	random
R_work	0.1767	-	-	-
all	0.178	45446	-	-
obs	0.178	45427	94.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.869 Å² / k_sol: 0.376 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.1934 Å²	-0 Å²	8.0285 Å²
2-	-	-6.561 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.6324 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→47.766 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2931	0	0	458	3389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3051
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.067	4151
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.016	1143
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	465
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	529

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7299-1.7732	0.3066	90	0.2632	1951	X-RAY DIFFRACTION	60
1.7732-1.8212	0.2753	115	0.2475	2524	X-RAY DIFFRACTION	78
1.8212-1.8747	0.2879	132	0.2228	2867	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8747-1.9353	0.2593	145	0.2015	3135	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9353-2.0044	0.193	150	0.1903	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0044-2.0847	0.2231	150	0.1834	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0847-2.1796	0.2093	150	0.1746	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1796-2.2945	0.1786	151	0.1651	3294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2945-2.4382	0.234	152	0.177	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4382-2.6265	0.2031	150	0.1728	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6265-2.8907	0.1974	152	0.1794	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8907-3.3089	0.216	152	0.174	3308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3089-4.1685	0.1923	152	0.1549	3314	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1685-47.784	0.1805	158	0.171	3422	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0819	-0.051	-0.0225	0.0883	-0.0142	0.1533	0.1193	0.0116	0.165	0.1066	-0.1198	0.183	-0.0208	-0.206	-0.0002	0.1423	-0.0036	0.0122	0.1862	-0.0077	0.1995	-10.8443	16.8159	37.4568
2	0.4176	0.0304	-0.2709	0.0223	-0.121	0.1927	-0.0249	0.0964	-0.0335	-0.0724	0.0031	-0.0393	0.053	-0.0289	0	0.1711	-0.0007	0.0231	0.1239	-0.0108	0.132	7.0052	17.4445	31.6399
3	0.0024	0.0035	-0.0009	0.0042	-0.0036	0.0037	-0.0326	-0.0294	0.0223	0.0384	-0.0343	0.0584	-0.0757	-0.0598	0.0001	0.5175	0.0493	0.0965	0.2275	0.0009	0.4487	17.501	32.3084	24.154
4	0.0263	-0.0354	0.0071	0.0313	-0.0203	0.0322	-0.1168	0.2071	0.4011	-0.2304	-0.1549	-0.0523	-0.31	0.0819	-0.0003	0.2249	0.0325	-0.0689	0.298	0.0083	0.2416	-0.8274	23.7277	19.5528
5	0.2005	0.0067	-0.0522	0.3992	-0.1987	0.236	-0.0273	0.3638	-0.1216	-0.497	-0.0502	0.0265	0.2635	-0.1126	-0.0794	0.1387	-0.0106	-0.1387	0.2342	0.0252	0.1016	18.6552	7.4074	-11.9932
6	0.1016	0.0691	0.1009	0.1545	-0.0492	0.1279	-0.0069	-0.0053	0.0586	0.3678	-0.0279	0.0327	-0.0389	-0.1476	-0.0001	0.205	0.0167	0.0203	0.1628	-0.0036	0.1469	22.6026	12.9505	3.7282
7	0.1101	0.0722	-0.1739	0.0314	-0.1156	0.285	-0.0122	-0.0286	0.0061	0.0821	0.0008	0.0565	0.0442	-0.0661	-0	0.1197	0.0018	-0.0024	0.1364	-0.0065	0.1415	22.3952	3.8353	8.0957
8	0.061	0.0886	0.0823	0.4713	0.3941	0.3645	0.1287	-0.2832	-0.3315	0.4308	0.0076	0.2584	0.4038	-0.1027	-0.0126	0.1634	-0.0453	-0.0289	0.3579	-0.0003	0.2714	10.289	-1.6284	8.7864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 56:97)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 98:217)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 218:226)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 227:244)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 56:94)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 95:121)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 122:218)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 219:244)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)