PDB-4fgi: Structure of the effector - immunity system Tse1 / Tsi1 from Pseu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fgi

タイトル

Structure of the effector - immunity system Tse1 / Tsi1 from Pseudomonas aeruginosa

要素

Tse1
Tsi1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / N1pC/P60 superfamily for Tse1 / type IV dipeptidyl peptidase for Tsi1 / effector immunity protein complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase / amidase activity / host cell membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Benz, J. / Sendlmeier, C. / Barends, T.R.M. / Meinhart, A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural Insights into the Effector - Immunity System Tse1/Tsi1 from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Benz, J. / Sendlmeier, C. / Barends, T.R. / Meinhart, A.

履歴

登録	2012年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月18日	Group: Database references
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fgi.cif.gz	456.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fgi.ent.gz	381.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fgi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fgi_validation.pdf.gz	478 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fgi_full_validation.pdf.gz	486.5 KB	表示
XML形式データ	4fgi_validation.xml.gz	44.2 KB	表示
CIF形式データ	4fgi_validation.cif.gz	57.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/4fgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/4fgi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fgdC 4fgeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fqb-2 4fqb-1 4fqb-3 3vpj-2 4fqb-4 1ooh-d 4eqa-1 5yis-d 4cp3-d 5n1z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tse1

B: Tsi1

C: Tse1

D: Tsi1

E: Tse1

F: Tsi1

G: Tse1

H: Tsi1

139 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Tse1

B: Tsi1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Tse1

D: Tsi1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Tse1

F: Tsi1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Tse1

H: Tsi1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.560, 97.560, 423.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
4	1	G
1	2	B
2	2	D
3	2	F
4	2	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	4 - 148	4 - 148
2	1	LEU	LEU	C	C	4 - 148	4 - 148
3	1	LEU	LEU	E	E	4 - 148	4 - 148
4	1	LEU	LEU	G	G	4 - 148	4 - 148
1	2	ALA	ALA	B	B	23 - 167	2 - 146
2	2	ALA	ALA	D	D	23 - 167	2 - 146
3	2	ALA	ALA	F	F	23 - 167	2 - 146
4	2	ALA	ALA	H	H	23 - 167	2 - 146

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Tse1 分子量: 17930.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA1844 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9I2Q1
#2: タンパク質	Tsi1 分子量: 16855.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA1845 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9I2Q0
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 250 mM ammonium sulfate, 18% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月13日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 35069 / Num. obs: 35044 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 3.2→3.4 Å / 冗長度: 14.7 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 6.48 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 3.2→49.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.904 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.877 / SU B: 47.993 / SU ML: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.443 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26309	1753	5 %	RANDOM
R_work	0.22397	-	-	-
obs	0.226	33289	100 %	-
all	-	35044	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.577 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8893	0	0	0	8893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	9089
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.97	1.942	12302
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.158	5	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.904	24.299	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.124	15	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.271	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	7076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	3590
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	6131
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.16	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.208	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.243	1.5	5883
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.332	2	9203
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.636	3	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.988	4.5	3099
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1085	medium positional	0.34	0.5
1	2	C	1085	medium positional	0.35	0.5
1	3	E	1085	medium positional	0.32	0.5
1	4	G	1085	medium positional	0.32	0.5
2	1	B	1118	medium positional	0.41	0.5
2	2	D	1118	medium positional	0.43	0.5
2	3	F	1118	medium positional	0.43	0.5
2	4	H	1118	medium positional	0.43	0.5
1	1	A	1085	medium thermal	0.12	2
1	2	C	1085	medium thermal	0.16	2
1	3	E	1085	medium thermal	0.14	2
1	4	G	1085	medium thermal	0.13	2
2	1	B	1118	medium thermal	0.2	2
2	2	D	1118	medium thermal	0.17	2
2	3	F	1118	medium thermal	0.16	2
2	4	H	1118	medium thermal	0.18	2

LS精密化シェル

解像度: 3.199→3.282 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	125	-
R_work	0.302	2370	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9417	-0.4171	-0.4679	4.3231	-1.3099	4.5893	0.0812	0.564	0.8292	-0.34	0.1338	0.4151	-0.6197	-0.6624	-0.2149	-0.271	0.0729	-0.0262	0.0528	0.2298	0.0505	86.165	109.1173	72.5435
2	5.1185	0.8167	0.6588	4.8553	-2.4034	3.2431	0.0913	-0.6222	-0.9076	-0.1341	-0.4987	-0.6768	0.552	0.386	0.4074	-0.3088	0.0441	0.1051	0.0383	0.3909	-0.1627	107.4812	57.8744	92.2421
3	4.6423	-1.727	0.4466	6.9	-0.4727	3.4753	0.1414	-0.1017	-0.194	-0.1366	0.3359	2.1705	0.0809	-0.858	-0.4773	-0.0887	-0.0647	0.0473	-0.1216	0.1958	0.6207	72.9501	79.9381	32.8854
4	3.8541	0.6986	0.296	4.4667	-0.1932	2.1273	-0.217	-0.1338	-1.1407	-0.7099	-0.1883	-1.4824	0.5631	0.4749	0.4053	0.3563	0.1158	0.5697	-0.281	0.1755	0.3679	126.2698	58.586	21.6871
5	2.2147	-0.0136	0.3387	3.7189	0.1678	3.5594	-0.1379	-0.2722	0.2586	0.2598	0.1759	0.2208	-0.1714	-0.2987	-0.038	-0.4401	0.0064	0.0466	0.0135	0.0264	-0.3353	85.4093	90.8217	92.4611
6	3.512	-1.0868	0.3816	4.7495	-0.4555	4.2647	-0.1164	0.111	-0.3407	-0.6417	0.1092	0.2634	0.4814	-0.3794	0.0072	-0.2997	-0.1028	-0.0565	-0.1253	0.063	-0.4352	89.4817	68.8686	75.2592
7	4.6196	-1.0833	-0.583	5.5515	-0.4877	3.8971	0.0934	-0.745	-0.3874	0.3902	-0.0247	0.7244	0.2333	-0.1764	-0.0687	0.0158	-0.0633	0.0949	-0.2938	0.1401	-0.3053	91.5147	62.2392	41.3607
8	3.2621	0.6392	0.2329	4.503	-1.349	3.4221	-0.0428	0.4608	-0.3608	-1.4922	0.0625	0.0139	0.2711	-0.1802	-0.0197	0.6424	-0.0657	0.0597	-0.377	-0.0639	-0.3243	100.238	57.8568	14.9156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	4 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	3 - 148
4	X-RAY DIFFRACTION	4	G	4 - 148
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	23 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	23 - 169
7	X-RAY DIFFRACTION	7	F	23 - 169
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	23 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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