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万見
- PDB-4fgg: S. aureus dihydrofolate reductase co-crystallized with propyl-DAP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fgg
タイトルS. aureus dihydrofolate reductase co-crystallized with propyl-DAP isobutenyl-dihydrophthalazine inhibitor
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / dihydrofolate reductase / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0U5 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / PDB entry 3M08 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bourne, C.R. / Barrow, W.W.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2012
タイトル: Inhibition of Bacterial Dihydrofolate Reductase by 6-Alkyl-2,4-diaminopyrimidines.
著者: Nammalwar, B. / Bourne, C.R. / Bunce, R.A. / Wakeham, N. / Bourne, P.C. / Ramnarayan, K. / Mylvaganam, S. / Berlin, K.D. / Barrow, E.W. / Barrow, W.W.
履歴
登録2012年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22013年4月17日Group: Database references
改定 1.32013年11月20日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1194
ポリマ－18,7431
非ポリマー1,3763
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.012, 79.012, 107.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-414-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase / DHFR


分子量: 18742.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: DHFR, folA / プラスミド: pET-101D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P0A017, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-0U5 / (2E)-3-{5-[(2,4-diamino-6-propylpyrimidin-5-yl)methyl]-2,3-dimethoxyphenyl}-1-[(1S)-1-(2-methylprop-1-en-1-yl)phthalazin-2(1H)-yl]prop-2-en-1-one


分子量: 540.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H36N6O3
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15-20% PEG 6000, 0.15M NaOAc, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→70 Å / Num. obs: 9312 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 34.6 % / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 22.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.2_869) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: PDB entry 3M08 / 解像度: 2.3→68.426 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 928 9.97 %
Rwork0.1967 --
obs0.2016 9308 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.817 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2214 Å20 Å20 Å2
2---1.2214 Å2-0 Å2
3---2.4429 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→68.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1322 0 94 143 1559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2251983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.801583
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006240
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.42140.29121250.23661156X-RAY DIFFRACTION100
2.4214-2.57310.27471300.22611165X-RAY DIFFRACTION100
2.5731-2.77170.29371300.22111172X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-3.05070.26611310.19641186X-RAY DIFFRACTION100
3.0507-3.49210.25041320.19161178X-RAY DIFFRACTION100
3.4921-4.39960.19441340.17231218X-RAY DIFFRACTION99
4.3996-68.45670.22561460.18661305X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.0176 Å / Origin y: 26.3805 Å / Origin z: -2.0284 Å
111213212223313233
T0.0807 Å20.019 Å20.0236 Å2-0.0158 Å2-0.0074 Å2--0.0572 Å2
L1.9099 °20.8489 °2-0.533 °2-1.8829 °20.1975 °2--1.8413 °2
S0.0577 Å °-0.149 Å °0.1116 Å °0.1077 Å °0.0027 Å °-0.0047 Å °-0.196 Å °0.027 Å °-0.0446 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' and (resseq 0:162)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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