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- PDB-4fge: Structure of the effector protein Tse1 from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fge
タイトルStructure of the effector protein Tse1 from Pseudomonas aeruginosa
要素Tse1
キーワードHYDROLASE / N1pC/P60 superfamily / peptidoglycan hydrolase / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase / amidase activity / host cell membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Peptidoglycan amidase Tse1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Benz, J. / Sendlmeier, C. / Barends, T.R.M. / Meinhart, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural Insights into the Effector - Immunity System Tse1/Tsi1 from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Benz, J. / Sendlmeier, C. / Barends, T.R. / Meinhart, A.
履歴
登録2012年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月18日Group: Database references
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tse1
B: Tse1
C: Tse1
D: Tse1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,37911
ポリマ－70,9724
非ポリマー4077
水5,945330
1
A: Tse1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8724
ポリマ－17,7431
非ポリマー1293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tse1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8933
ポリマ－17,7431
非ポリマー1502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tse1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7792
ポリマ－17,7431
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tse1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8352
ポリマ－17,7431
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Tse1
C: Tse1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6516
ポリマ－35,4862
非ポリマー1644
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
B: Tse1
D: Tse1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7285
ポリマ－35,4862
非ポリマー2423
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.240, 100.380, 62.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Tse1


分子量: 17743.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA1844 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9I2Q1
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM KSCN, 1% (v/v) MPD, and 20% (w/v) PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月2日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 64182 / Num. obs: 63172 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 3.13 / Num. unique all: 9887 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→47.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.075 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20269 3158 5 %RANDOM
Rwork0.17512 ---
all0.17648 64182 --
obs0.17648 60001 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.008 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.67 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4437 0 21 330 4788
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224638
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9951.9446302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1145624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.5424.136191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42715749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4261528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.22122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.23215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1120.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4521.52982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82624739
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37231656
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2184.51547
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 230 -
Rwork0.253 4387 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1316-0.3984-0.75232.3085-0.24683.40120.03410.2960.4535-0.1030.04540.0491-0.3402-0.1023-0.0795-0.18510.0111-0.0032-0.14810.0266-0.100628.56578.05557.7846
23.98530.5941-0.55485.0192-1.02734.37090.1186-0.0285-0.1268-0.0559-0.05490.09680.06750.0661-0.0637-0.1089-0.02530.0201-0.19360.0157-0.1306-6.2487-28.449716.9321
33.7856-0.025-0.28382.71840.00373.0802-0.1584-0.2348-0.12810.27330.0261-0.05920.1805-0.00470.1324-0.1896-0.001-0.0049-0.1566-0.0123-0.1816.5071-4.379626.0948
44.0174-0.4136-0.75134.86240.19964.6440.07430.2928-0.1319-0.43-0.02090.02790.17780.031-0.0534-0.06570.00980.0078-0.08870.0179-0.196-7.2518-9.1727-11.6372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 150
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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