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万見
- PDB-4ffi: Crystal Structure of Levan Fructotransferase D54N mutant from Art... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ffi
タイトルCrystal Structure of Levan Fructotransferase D54N mutant from Arthrobacter ureafaciens in complex with levanbiose
要素Levan fructotransferase
キーワードTRANSFERASE / Glycoside Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


sucrose catabolic process / sucrose alpha-glucosidase activity / transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Exo-inulinase; domain 1 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A ...Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Exo-inulinase; domain 1 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
levanbiose / levantriose / Levan fructotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter ureafaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Soaking Data / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Park, J. / Rhee, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural and functional basis for substrate specificity and catalysis of levan fructotransferase.
著者: Park, J. / Kim, M.I. / Park, Y.D. / Shin, I. / Cha, J. / Kim, C.H. / Rhee, S.
履歴
登録2012年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22012年9月26日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Levan fructotransferase
B: Levan fructotransferase
C: Levan fructotransferase
D: Levan fructotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,13714
ポリマ－217,5514
非ポリマー3,58510
水15,259847
1
A: Levan fructotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0723
ポリマ－54,3881
非ポリマー6852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Levan fructotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2353
ポリマ－54,3881
非ポリマー8472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Levan fructotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4154
ポリマ－54,3881
非ポリマー1,0273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Levan fructotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4154
ポリマ－54,3881
非ポリマー1,0273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.511, 168.125, 263.379
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Levan fructotransferase


分子量: 54387.852 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 41-521 / 変異: D54N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter ureafaciens (バクテリア)
遺伝子: lftA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KJD0, EC: 4.2.2.16
#2: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose / levanbiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: levanbiose
記述子タイププログラム
DFrufb2-6DFrufb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[ha122h-2b_2-5]/1-1/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose / levantriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: levantriose
記述子タイププログラム
DFrufb2-6DFrufb2-6DFrufb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[ha122h-2b_2-5]/1-1-1/a6-b2_b6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH6.5, 1M Lithium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 151733 / Num. obs: 145787

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: Soaking Data / 解像度: 2.3→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 5946
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2511 14570 8.9 %
Rwork0.2147 --
obs-145787 89.4 %
溶媒の処理Bsol: 28.8657 Å2
原子変位パラメータBiso max: 64.1 Å2 / Biso mean: 22.6965 Å2 / Biso min: 4.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.766 Å20 Å20 Å2
2--2.597 Å20 Å2
3---1.169 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14937 0 241 847 16025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8562
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.582.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION6CBH_Stereo_20120501_2.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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