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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ffg | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Levan Fructotransferase from Arthrobacter ureafaciens in complex with DFA-IV | |||||||||
要素 | Levan fructotransferase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Glycoside Hydrolase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / transferase activity / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arthrobacter ureafaciens (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / Cocrystal / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Park, J. / Rhee, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structural and functional basis for substrate specificity and catalysis of levan fructotransferase. 著者: Park, J. / Kim, M.I. / Park, Y.D. / Shin, I. / Cha, J. / Kim, C.H. / Rhee, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ffg.cif.gz | 395.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ffg.ent.gz | 319.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ffg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ffg_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ffg_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4ffg_validation.xml.gz | 80.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ffg_validation.cif.gz | 110.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/4ffg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/4ffg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54388.836 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 41-521 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arthrobacter ureafaciens (バクテリア) 遺伝子: lftA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KJD0, EC: 4.2.2.16 #2: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose / levanbiose #3: 化合物 | ChemComp-0U8 / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.3 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES pH6.5, 1M Lithium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 150405 / Num. obs: 136640 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Cocrystal / 解像度: 2.3→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 13765
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溶媒の処理 | Bsol: 34.7322 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.84 Å2 / Biso mean: 26.219 Å2 / Biso min: 6.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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