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- PDB-4fey: An X-ray Structure of a Putative Phosphogylcerate Kinase with Bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fey
タイトルAn X-ray Structure of a Putative Phosphogylcerate Kinase with Bound ADP from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
要素Phosphoglycerate kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate kinase, N-terminal domain / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phosphoglycerate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: An X-ray Structure of a Putative Phosphogylcerate Kinase with Bound ADP from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
履歴
登録2012年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoglycerate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6852
ポリマ－42,2581
非ポリマー4271
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.616, 66.616, 206.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglycerate kinase


分子量: 42257.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: FTT_1367c, pgk / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 gold magic / 参照: UniProt: Q5NF76, phosphoglycerate kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEG3350, 50mM ADA pH7,ADP 1mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日 / 詳細: Be Lenses
放射モノクロメーター: Single Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 19816 / Num. obs: 19816 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 68.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 32.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.727 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique all: 984 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4EHJ

4ehj


解像度: 2.3→27.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9618 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9407 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2485 1013 5.12 %RANDOM
Rwork0.1932 ---
all0.1959 ---
obs0.1959 19788 --
原子変位パラメータBiso mean: 82.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0612 Å20 Å20 Å2
2---1.0612 Å20 Å2
3---2.1224 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.496 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2948 0 27 117 3092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013032HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.14103HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1429SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes76HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes429HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3003HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion416SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3476SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3356 152 5.27 %
Rwork0.255 2734 -
all0.2591 2886 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.33094.39396.271911.4653.2271.4615-0.0909-0.0310.7692-0.1242-0.0673-0.3039-0.4726-0.08980.1582-0.2186-0.45590.2236-0.1499-0.45350.60524.386189.2292-35.4951
23.2224-2.4557-1.84346.98170.77962.87670.20410.62811.143-1.54650.3988-0.364-0.8012-0.17-0.60290.0889-0.31320.2788-0.31710.1279-0.187813.125482.5935-48.314
305.75730.51754.8323-1.36683.73920.13170.3514-0.4093-0.35420.17660.4297-0.0053-0.2937-0.30830.283-0.38890.17750.1006-0.0348-0.38118.955563.1696-50.4746
46.30781.3952-3.50532.90170.59784.7542-0.01531.39031.0832-1.17860.2992-0.4868-0.4386-0.0872-0.28390.1712-0.31980.25670.13270.1679-0.13616.711676.6005-53.6919
52.2946-1.59291.65370.04960.69832.6319-0.01090.1496-0.1629-0.11730.0748-0.42450.37020.38-0.0639-0.1226-0.08280.13760.0188-0.2001-0.0422.770665.1128-39.6819
67.0082-3.5899-3.25442.52721.6863.4397-0.0385-0.37111.24-0.28550.5441-0.9285-0.43920.6774-0.5055-0.1402-0.24290.0746-0.0574-0.18040.11117.826479.2392-36.0791
73.164-2.3453-0.4975.31610.50092.9093-0.5717-0.69070.06190.70170.47470.2407-0.0135-0.19760.097-0.07530.1192-0.00330.0228-0.0692-0.2802-7.998378.7079-18.7336
83.6793-1.4270.71082.732-1.61561.3234-0.1464-0.8669-0.31571.28450.1257-0.0351-0.4985-0.22030.02070.32410.16720.13340.25970.0724-0.2948-9.015971.8544-11.8986
95.25240.23390.10195.76271.07082.388-0.418-0.13420.7144-0.230.19210.8826-0.4387-0.51550.2259-0.15320.0875-0.1461-0.1187-0.0407-0.1327-13.586684.7656-26.8941
1000.51264.93200.488700.0499-0.53180.1832-0.02180.2377-0.651-0.20.0244-0.2876-0.1891-0.0865-0.0090.084-0.29250.194121.492578.5103-28.0729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 12}A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2{A|13 - 61}A13 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3{A|62 - 71}A62 - 71
4X-RAY DIFFRACTION4{A|72 - 118}A72 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5{A|119 - 128}A119 - 128
6X-RAY DIFFRACTION6{A|129 - 176}A129 - 176
7X-RAY DIFFRACTION7{A|177 - 234}A177 - 234
8X-RAY DIFFRACTION8{A|235 - 251}A235 - 251
9X-RAY DIFFRACTION9{A|252 - 378}A252 - 378
10X-RAY DIFFRACTION10{A|379 - 392}A379 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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