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- PDB-4fdu: Crystal Structure of a Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fdu
タイトルCrystal Structure of a Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase
要素Putative multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1
キーワードHYDROLASE / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / Multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.293 Å
データ登録者Li, A.W.H. / Hemmings, A.M.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: A Bacterial Homolog of a Eukaryotic Inositol Phosphate Signaling Enzyme Mediates Cross-kingdom Dialog in the Mammalian Gut.
著者: Stentz, R. / Osborne, S. / Horn, N. / Li, A.W. / Hautefort, I. / Bongaerts, R. / Rouyer, M. / Bailey, P. / Shears, S.B. / Hemmings, A.M. / Brearley, C.A. / Carding, S.R.
履歴
登録2012年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1
B: Putative multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,9147
ポリマ－98,4072
非ポリマー1,5075
水2,468137
1
A: Putative multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9263
ポリマ－49,2031
非ポリマー7232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9884
ポリマ－49,2031
非ポリマー7853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.160, 117.300, 75.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1


分子量: 49203.426 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-425 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_4744 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q89YI8
#2: 化合物 ChemComp-IHS / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / myo-イノシト-ルヘキサスルファ-ト


分子量: 660.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O24S6
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 0.2M Ammonium acetate pH5.0 18% PEG 3350 Protein conc.=1mg/ml, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月11日
放射モノクロメーター: Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→39.1 Å / Num. all: 38461 / Num. obs: 38461 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2928→2.3747 Å / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.293→37.942 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2307 1810 5.03 %RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.1712 35979 --
obs0.1712 35979 92.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0219 Å20 Å2-4.8826 Å2
2--15.3553 Å2-0 Å2
3----5.8022 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.293→37.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6468 0 84 137 6689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1369232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6332582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078999
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051159
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.293-2.37470.34641610.23163022X-RAY DIFFRACTION82
2.3747-2.46980.30331420.22973150X-RAY DIFFRACTION85
2.4698-2.58220.31541780.21593189X-RAY DIFFRACTION87
2.5822-2.71830.31881720.20453349X-RAY DIFFRACTION91
2.7183-2.88850.30971930.19533415X-RAY DIFFRACTION93
2.8885-3.11150.25521880.1753504X-RAY DIFFRACTION95
3.1115-3.42440.23591780.17273591X-RAY DIFFRACTION97
3.4244-3.91950.22831860.16293638X-RAY DIFFRACTION99
3.9195-4.93640.17991990.12513660X-RAY DIFFRACTION99
4.9364-37.94740.18042130.15963651X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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