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- PDB-4fdj: The molecular basis of mucopolysaccharidosis IV A, complex with GalNAc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fdj
タイトルThe molecular basis of mucopolysaccharidosis IV A, complex with GalNAc
要素N-acetylgalactosamine-6-sulfatase
キーワードHYDROLASE / glycoprotein / enzyme replacement therapy / sulfatase / carbohydrate-binding protein / formylglycine / N-linked glycosylation / lysosomal enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylgalactosamine-6-sulfatase / N-acetylgalactosamine-6-sulfatase activity / MPS IV - Morquio syndrome A / N-acetylgalactosamine-4-sulfatase activity / Keratan sulfate degradation / arylsulfatase activity / sulfuric ester hydrolase activity / lysosomal lumen / azurophil granule lumen / Neutrophil degranulation ...N-acetylgalactosamine-6-sulfatase / N-acetylgalactosamine-6-sulfatase activity / MPS IV - Morquio syndrome A / N-acetylgalactosamine-4-sulfatase activity / Keratan sulfate degradation / arylsulfatase activity / sulfuric ester hydrolase activity / lysosomal lumen / azurophil granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-acetylgalactosamine-6-sulfatase / C-terminal region of aryl-sulfatase / Arylsulfatase, C-terminal domain - #10 / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Arylsulfatase, C-terminal domain / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A ...N-acetylgalactosamine-6-sulfatase / C-terminal region of aryl-sulfatase / Arylsulfatase, C-terminal domain - #10 / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Arylsulfatase, C-terminal domain / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetylgalactosamine-6-sulfatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Rivera-Colon, Y. / Garman, S.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The Structure of Human GALNS Reveals the Molecular Basis for Mucopolysaccharidosis IV A.
著者: Rivera-Colon, Y. / Schutsky, E.K. / Kita, A.Z. / Garman, S.C.
履歴
登録2012年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references
改定 1.22012年10月31日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase
B: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,01010
ポリマ－112,6032
非ポリマー1,4078
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.706, 155.835, 61.801
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A30 - 375
2111B30 - 375
1211A376 - 380
2211B376 - 380
1311A381 - 466
2311B381 - 466
1412A467 - 471
2412B467 - 471
1511A472 - 520
2511B472 - 520
1611A604 - 1001
2611B604 - 1001

-
要素

#1: タンパク質 N-acetylgalactosamine-6-sulfatase / GALNS / Chondroitinsulfatase / Chondroitinase / Galactose-6-sulfate sulfatase / N- ...GALNS / Chondroitinsulfatase / Chondroitinase / Galactose-6-sulfate sulfatase / N-acetylgalactosamine-6-sulfate sulfatase / GalNAc6S sulfatase


分子量: 56301.426 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-522 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Selected with blastocidin / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GALNS / プラスミド: pIB/V5-His-TOPO TA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HI-FIVE / 参照: UniProt: P34059, N-acetylgalactosamine-6-sulfatase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10-15% PEG6000, 0.1 M citric acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月23日 / 詳細: toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 24690 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 39.07 Å2 / Rsym value: 0.143 / Χ2: 1.202 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Num. unique all: 1055 / Χ2: 0.806 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4FDI

4fdi


解像度: 2.81→45.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 39.286 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.427 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2509 1269 5.1 %FROM PDB ENTRY 4FDI
Rwork0.2066 ---
obs0.2089 24664 95.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.7 Å2 / Biso mean: 39.9954 Å2 / Biso min: 10.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å2-0.21 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→45.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7787 0 88 205 8080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0228132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1571.96111097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5235983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06823.717382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45151220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7341548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0226382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.43964922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.48387926
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.50893210
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.58183171
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
3878TIGHT POSITIONAL0.020.05
19MEDIUM POSITIONAL0.020.5
3878TIGHT THERMAL0.050.5
19MEDIUM THERMAL0.032
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.879 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 71 -
Rwork0.31 1377 -
all-1448 -
obs--76.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61380.22720.06452.0860.11890.6478-0.0247-0.1368-0.140.18940.01270.41320.1072-0.01440.0120.13150.0120.03960.19120.0060.12283.959-0.16215.403
22.2396-0.3305-1.07523.37980.05630.7254-0.010.2542-0.0446-0.54990.0288-0.47540.1481-0.1083-0.01880.2492-0.06640.01920.2611-0.05620.129422.7734.089-2.618
38.2169-0.40870.93230.4772-0.60161.68140.34760.9874-0.0315-0.0287-0.00440.46740.1595-0.263-0.34320.2971-0.0499-0.02020.2461-0.0280.5751-8.048-13.145-1.607
41.71150.3559-0.01921.8734-0.38620.4534-0.003-0.1320.14380.2264-0.0514-0.3758-0.03480.01050.05440.17420.0017-0.05580.2099-0.0190.115426.18138.06816.259
52.59980.15480.6093.9454-1.21291.9028-0.02550.27480.1094-0.67030.06850.8254-0.10780.0514-0.0430.2297-0.054-0.15140.20320.02930.2367.42534.573-2.109
65.1564-1.57280.47452.1963-2.30942.8293-0.09080.80680.3056-0.1348-0.3095-0.45020.16680.26150.40040.2449-0.0581-0.05840.2547-0.0010.637738.28551.554-0.213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 379
2X-RAY DIFFRACTION2A380 - 480
3X-RAY DIFFRACTION3A481 - 520
4X-RAY DIFFRACTION4B29 - 379
5X-RAY DIFFRACTION5B380 - 480
6X-RAY DIFFRACTION6B481 - 520

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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