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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fdh | ||||||
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タイトル | Structure of human aldosterone synthase, CYP11B2, in complex with fadrozole | ||||||
要素 | Cytochrome P450 11B2, mitochondrial | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / cytochrome P450 / CYP11B2 / Aldosterone synthase / monooxygenase / heme protein / mineralocorticoid / inhibitor / mitochondria / membrane / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / mineralocorticoid biosynthetic process / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process ...corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / mineralocorticoid biosynthetic process / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / Mineralocorticoid biosynthesis / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sodium ion homeostasis / sterol metabolic process / cellular response to potassium ion / C21-steroid hormone biosynthetic process / potassium ion homeostasis / renal water homeostasis / cellular response to peptide hormone stimulus / steroid hydroxylase activity / Endogenous sterols / cellular response to hormone stimulus / cholesterol metabolic process / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / heme binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å | ||||||
データ登録者 | Strushkevich, N. / Shen, L. / Tempel, W. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Usanov, S.A. / Park, H.-W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2013 タイトル: Structural insights into aldosterone synthase substrate specificity and targeted inhibition. 著者: Strushkevich, N. / Gilep, A.A. / Shen, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Usanov, S.A. / Park, H.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fdh.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fdh.ent.gz | 910.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fdh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/4fdh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/4fdh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55649.500 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Aldosterone synthase, CYP11B2 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a 参照: UniProt: P19099, steroid 11beta-monooxygenase, corticosterone 18-monooxygenase #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-0T3 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12% PEG 4000, 0.1M Tris, pH 8.5, 0.2M Lithium sulfate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.71→49.19 Å / Num. all: 188505 / Num. obs: 179030 / % possible obs: 98.99 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.5434 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.71→48.89 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
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原子変位パラメータ | Biso max: 125.94 Å2 / Biso mean: 66.9869 Å2 / Biso min: 28.44 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.71→48.89 Å
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