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- PDB-4fcx: S.pombe Mre11 apoenzym -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fcx
タイトルS.pombe Mre11 apoenzym
要素DNA repair protein rad32
キーワードHYDROLASE / DNA double-strand break repair / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Processing of DNA double-strand break ends / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Mre11 complex / chromosome, telomeric repeat region / meiotic DNA double-strand break formation ...Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Processing of DNA double-strand break ends / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Mre11 complex / chromosome, telomeric repeat region / meiotic DNA double-strand break formation / DNA end binding / Y-form DNA binding / double-strand break repair involved in meiotic recombination / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA double-strand break processing / nuclease activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / reciprocal meiotic recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / telomere maintenance / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / site of double-strand break / manganese ion binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Mre11, capping domain / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Translation Initiation Factor IF3 / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 ...Mre11, capping domain / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Translation Initiation Factor IF3 / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Double-strand break repair protein rad32
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schiller, C.B. / Lammens, K. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of Mre11-Nbs1 complex yields insights into ataxia-telangiectasia-like disease mutations and DNA damage signaling.
著者: Schiller, C.B. / Lammens, K. / Guerini, I. / Coordes, B. / Feldmann, H. / Schlauderer, F. / Mockel, C. / Schele, A. / Strasser, K. / Jackson, S.P. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2012年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA repair protein rad32
A: DNA repair protein rad32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5436
ポリマ－91,3232
非ポリマー2204
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area33570 Å2
手法PISA
2
A: DNA repair protein rad32
ヘテロ分子

B: DNA repair protein rad32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5436
ポリマ－91,3232
非ポリマー2204
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area35040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.408, 82.262, 164.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein rad32


分子量: 45661.492 Da / 分子数: 2 / 断片: Mre11 amino acids 15-413 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: rad32, SPAC13C5.07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09683
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20mM HEPES 300mM NaCl, 0.1mM EDTA, 1mM MnCl2, 2mM beta-mercaptoethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射モノクロメーター: Si monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46 Å / Num. all: 21467 / Num. obs: 21028 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→21.842 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.84 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2858 1978 9.45 %
Rwork0.2269 --
obs0.2324 20939 98.12 %
all-21467 -
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.986 Å2 / ksol: 0.295 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.1152 Å20 Å2-0 Å2
2--17.7494 Å2-0 Å2
3----22.6449 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→21.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5896 0 4 0 5900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.218177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6962239
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051061
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0005-3.07530.45651160.34661322X-RAY DIFFRACTION95
3.0753-3.15820.39291640.3091320X-RAY DIFFRACTION99
3.1582-3.25090.34391220.28771345X-RAY DIFFRACTION99
3.2509-3.35540.31731460.27691355X-RAY DIFFRACTION99
3.3554-3.47490.35721430.25641360X-RAY DIFFRACTION99
3.4749-3.61340.33651440.24151339X-RAY DIFFRACTION99
3.6134-3.77710.28971380.22661335X-RAY DIFFRACTION99
3.7771-3.97510.2331300.22041372X-RAY DIFFRACTION99
3.9751-4.22250.28261480.2021357X-RAY DIFFRACTION98
4.2225-4.54580.26111470.1871326X-RAY DIFFRACTION98
4.5458-4.99830.25551380.19071362X-RAY DIFFRACTION98
4.9983-5.71020.27281490.20441372X-RAY DIFFRACTION98
5.7102-7.15210.31831460.24671383X-RAY DIFFRACTION98
7.1521-21.84290.23551470.21771413X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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