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- PDB-4fcw: Crystal structure of the C-terminal domain of ClpB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fcw
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of ClpB
要素Chaperone protein ClpB
キーワードCHAPERONE / AAA domain
機能・相同性
機能・相同性情報


response to heat / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / : / Clp, repeat (R) domain ...Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / : / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, N-terminal domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chaperone protein ClpB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Biter, A.B. / Lee, S. / Sung, N. / Tsai, F.T.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for intersubunit signaling in a protein disaggregating machine.
著者: Biter, A.B. / Lee, S. / Sung, N. / Tsai, F.T.
履歴
登録2012年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein ClpB
C: Chaperone protein ClpB
F: Chaperone protein ClpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1276
ポリマ－106,8453
非ポリマー1,2823
水41423
1
A: Chaperone protein ClpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0422
ポリマ－35,6151
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Chaperone protein ClpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0422
ポリマ－35,6151
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
F: Chaperone protein ClpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0422
ポリマ－35,6151
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.238, 129.238, 122.972
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31F
12A
22C
32F
13A
23C
33F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A545 - 635
2116C545 - 635
3116F545 - 635
1126A651 - 756
2126C651 - 756
3126F651 - 756
1136A757 - 852
2136C757 - 852
3136F757 - 852

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Chaperone protein ClpB


分子量: 35615.008 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP resisdues 544-852 / 変異: E668A, I683M, L706M, L770M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: clpB, TTHA1487 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL CodonPlus / 参照: UniProt: Q9RA63
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化温度: 294 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: sodium citrate, isopropanol, pH 5.5, hanging drop, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.334
11-H-K, K, -L20.666
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 48173

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→44.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 31.557 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2915 2120 4.4 %RANDOM
Rwork0.2524 ---
obs0.2541 48173 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.85 Å2 / Biso mean: 19.8005 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.15 Å20 Å20 Å2
2--6.15 Å20 Å2
3----12.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→44.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7368 0 81 23 7472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2832.00210235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1125918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.42722.652362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.305151386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0081596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2381.54593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.50927415
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.42732982
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.9914.52820
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.86337575
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A718LOOSE POSITIONAL0.575
12C718LOOSE POSITIONAL0.515
13F718LOOSE POSITIONAL0.485
11A718LOOSE THERMAL2.6910
12C718LOOSE THERMAL2.5910
13F718LOOSE THERMAL2.110
21A880LOOSE POSITIONAL0.95
22C880LOOSE POSITIONAL0.935
23F880LOOSE POSITIONAL1.095
21A880LOOSE THERMAL2.6710
22C880LOOSE THERMAL2.3710
23F880LOOSE THERMAL1.6810
31A760LOOSE POSITIONAL0.65
32C760LOOSE POSITIONAL0.465
33F760LOOSE POSITIONAL0.735
31A760LOOSE THERMAL2.2110
32C760LOOSE THERMAL2.6410
33F760LOOSE THERMAL2.5410
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.412 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 161 -
Rwork0.258 3278 -
all-3439 -
obs--96.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
114.0083-13.8762-8.724612.19313.18945.5927-0.2858-0.62230.84380.38640.3671-0.88160.01820.8175-0.08140.38640.02490.13110.12590.05660.7842-27.33832.243450.5156
23.91221.0491-0.20632.01850.19512.2221-0.07610.1099-0.0793-0.2321-0.064-0.13840.22880.06980.14010.387-0.00140.07260.27470.03360.546-40.02159.401144.6993
33.0119-0.30370.15573.61470.3154.77770.1095-0.16260.55380.0791-0.14810.2458-0.5248-0.32650.03870.3529-0.02940.06030.2633-0.0210.5951-46.594826.17852.7896
4-0.2362-0.1598-0.0243-0.66760.134-0.2072-0.02430.0152-0.216-0.04170.1-0.01-0.03970.1376-0.07570.9525-0.04040.04130.8964-0.10661.0982-50.06813.186925.6041
53.24341.8231-1.32786.8879-1.59321.9419-0.10120.35560.0444-0.98150.01280.0870.0572-0.09030.08850.4234-0.014-0.01240.33690.00110.4224-49.345911.978338.2361
63.62320.9067-0.51535.0103-1.16124.8508-0.2044-0.00240.0005-0.0029-0.05440.24450.1667-0.03380.25870.19-0.02860.07560.3077-0.13230.6123-63.366-8.54752.6216
713.0869-8.09864.75567.6687-1.44312.94550.3616-0.8969-0.8847-0.88310.28071.41421.5088-0.099-0.64240.5842-0.1727-0.03630.5693-0.21240.7657-68.5956-19.684550.3952
817.028-9.43910.56021.518-1.1022-3.2968-1.6692-0.06141.60891.76790.63520.2694-0.7320.35171.0341.94170.51390.60191.56560.43711.5256-15.445354.280831.5274
91.4955-0.4399-0.53622.57990.24942.6575-0.0541-0.10760.00740.0087-0.057-0.01990.10080.22260.11110.490.10880.01810.38850.0860.6395-33.076344.094226.4902
1027.93769.5353-25.53790.6471-6.960717.9435-0.05731.82690.3256-0.01020.4506-0.04410.3174-1.3599-0.39340.82320.08910.22591.00140.04270.7547-57.358146.796244.2808
113.3134-1.0974-0.82843.8904-0.02282.894-0.1231-0.10770.03410.05760.05330.38080.137-0.09420.06980.41130.11690.04430.33270.1110.628-43.689948.568729.941
122.17810.7422-2.15330.2073-0.46440.5210.465-0.14280.2338-0.0476-0.1949-0.2886-0.32410.1553-0.27010.93920.00140.12650.78750.08960.9775-35.183438.54844.7179
131.4527-1.40930.27564.1002-1.68221.03760.13850.1751-0.1516-0.4239-0.3036-0.03150.15970.11420.16510.40690.08920.09240.27290.04660.536-28.616323.949426.2977
1423.4943-1.49251.03356.96411.14989.67820.88890.3673-0.84380.3021-0.2211-0.41680.2171.2731-0.66780.58610.21420.23540.25070.09220.6864-17.50916.091728.8951
151.68320.5970.13181.0714-0.20441.8472-0.0736-0.0448-0.0317-0.09390.0340.0706-0.01070.16490.03970.38820.04030.0450.44960.0330.62249.7498-31.975234.3414
16-1.55543.0025-3.4522-5.5287-1.91995.12950.5637-0.7213-0.02160.1174-0.1204-0.0114-1.3061.5169-0.44341.4257-0.1467-0.18280.926-0.13990.9545-3.0779-12.490515.8465
174.3920.55720.12792.3326-0.47172.2839-0.01630.13030.29880.11450.08430.2239-0.0852-0.0412-0.0680.29440.04750.02970.34580.05490.59160.7101-24.2131.2112
182.34141.3152-0.2402-0.30020.1212-0.63050.2556-0.8018-0.18730.2864-0.1897-0.12250.1230.0004-0.06591.05-0.0225-0.11420.9990.0740.87513.0124-26.279556.3785
194.93660.1288-1.66161.6328-0.27122.5545-0.1243-0.77850.00110.29260.07650.0203-0.04920.17780.04770.33740.01830.00650.44280.0240.47713.9563-26.089443.6327
204.86410.6569-1.44681.8781-0.0623.96640.0146-0.33960.05210.0212-0.163-0.0860.21860.18510.14840.3381-0.0419-0.05660.41730.11020.612238.8122-24.028829.3517
2113.3953-4.9696-1.913115.36043.046710.4096-0.2278-0.4579-0.28460.13280.6085-0.29680.63961.0432-0.38070.2053-0.0396-0.08320.68640.21690.52650.0254-26.063931.8101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A542 - 548
2X-RAY DIFFRACTION2A549 - 615
3X-RAY DIFFRACTION3A616 - 715
4X-RAY DIFFRACTION4A716 - 735
5X-RAY DIFFRACTION5A736 - 769
6X-RAY DIFFRACTION5A770
7X-RAY DIFFRACTION6A771 - 837
8X-RAY DIFFRACTION7A838 - 852
9X-RAY DIFFRACTION8C542 - 546
10X-RAY DIFFRACTION9C547 - 637
11X-RAY DIFFRACTION10C638 - 648
12X-RAY DIFFRACTION11C649 - 715
13X-RAY DIFFRACTION12C716 - 734
14X-RAY DIFFRACTION13C735 - 835
15X-RAY DIFFRACTION14C836 - 852
16X-RAY DIFFRACTION15F542 - 638
17X-RAY DIFFRACTION16F639 - 649
18X-RAY DIFFRACTION17F650 - 715
19X-RAY DIFFRACTION18F716 - 734
20X-RAY DIFFRACTION19F735 - 769
21X-RAY DIFFRACTION19F770
22X-RAY DIFFRACTION20F771 - 835
23X-RAY DIFFRACTION21F836 - 852

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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