PDB-4fb8: Crystal Structure of apo Acyl-CoA Carboxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fb8

タイトル

Crystal Structure of apo Acyl-CoA Carboxylase

要素

Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6

キーワード

LIGASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Crotonase fold / Acyl-CoA Carboxylase / PSI-2 / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH₂NCO-カルバモイル基を移すもの / acetyl-CoA carboxytransferase / fatty acid elongation, saturated fatty acid / propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / acetyl-CoA carboxylase activity / ligase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Sherekar, M. / Valluru, S. / Ehrenfeld, H. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014
タイトル: Structure, Activity, and Inhibition of the Carboxyltransferase beta-Subunit of Acetyl Coenzyme A Carboxylase (AccD6) from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Reddy, M.C. / Breda, A. / Bruning, J.B. / Sherekar, M. / Valluru, S. / Thurman, C. / Ehrenfeld, H. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2012年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月13日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fb8.cif.gz	304.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fb8.ent.gz	246 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fb8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/4fb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/4fb8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g2rC 1xnvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4g2r-d 6pk2-1 6tzv-3 6prw-1 6prw-3 6tzv-1 6prw-4 4beb-2 3fwn-d 6p7u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: TB-Rv2247

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6

B: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.284, 82.361, 157.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6 / PCCase / Propanoyl-CoA:carbon dioxide ligase 分子量: 50198.934 Da / 分子数: 2 / 断片: AccD6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: accD6, MT2307, MTCY427.28, Rv2247 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P63407, UniProt: P9WQH5*PLUS, propionyl-CoA carboxylase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6 / PCCase / Propanoyl-CoA:carbon dioxide ligase

分子量: 50198.934 Da / 分子数: 2 / 断片: AccD6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: accD6, MT2307, MTCY427.28, Rv2247 / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P63407, UniProt: P9WQH5*PLUS, propionyl-CoA carboxylase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.83 %
結晶化	温度: 289 K / pH: 7.5 詳細: 60% tacsimate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.91963
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月9日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91963 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: K,H,-L / Fraction: 0.479
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 21541 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.152 / R_sym value: 0.152 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.881 / % possible all: 90.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XNV

1xnv

解像度: 3→46.85 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.92 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	1096	5.31 %
R_work	0.233	-	-
obs	0.236	20652	93.5 %
all	-	20652	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.12 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.0925 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.6899 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-10.5296 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→46.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6215	0	0	5	6220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.253	8614
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.175	2192
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	998
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1142

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0148-3.1736	0.3929	101	0.2166	2037	X-RAY DIFFRACTION	66
3.1736-3.3723	0.3099	143	0.2114	2780	X-RAY DIFFRACTION	92
3.3723-3.6325	0.302	165	0.2178	2835	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6325-3.9976	0.299	150	0.2115	2880	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9976-4.575	0.2692	172	0.1974	2936	X-RAY DIFFRACTION	94
4.575-5.7602	0.2624	149	0.2453	2984	X-RAY DIFFRACTION	95
5.7602-35.8658	0.3635	161	0.2882	3105	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0005	-0.0001	0.0002	0.0012	-0.0015	0.0008	0.0042	-0.0099	0.0017	-0.0054	0.0007	-0.0014	-0.0002	-0.0032	0.0062	0.0962	-0.0211	0.036	0.1267	0.0379	0.1187	22.663	-23.1766	3.6778
2	0.018	-0.0109	-0.0112	0.0129	-0.0021	0.019	0.0252	-0.0132	0.0075	0.0137	0.017	0.0203	-0.0185	-0.0154	0.0735	-0.045	0.0055	0.0808	-0.0198	0.0132	0.0586	29.8991	-15.076	-3.9607
3	0.0208	-0.0147	-0.0035	0.0144	0.0082	0.0115	0.0023	-0.0135	-0.0017	0.0011	0.0077	0.0013	0.0003	-0.0071	0.012	-0.0014	-0.0142	0.0553	0.025	0.0732	0.1563	13.9705	-14.8984	-9.7063
4	0.0022	-0.0006	0.0011	-0.0005	0	-0.0003	-0.014	0.0004	0.0002	-0.0116	0.0107	0.0124	0.0054	-0.004	-0.0008	0.094	-0.0483	0.0374	0.1127	0.0194	0.1611	11.1413	-35.8605	-30.3207
5	0.0058	0.0033	-0.0017	0.0014	0.0002	0.0026	0.0101	-0.0002	0.0069	-0.0043	0.0039	0.0168	0.0051	-0.0097	0.0119	-0.0033	-0.0155	-0.0317	0.0663	0.0113	0.084	5.6845	-21.0633	-30.2908
6	0.0095	0.0082	-0.0015	0.0083	-0.0052	0.0037	0.0049	0.0141	0.0078	-0.0031	0.0096	0.0254	0.0078	-0.0285	0.018	-0.0966	0.0344	-0.012	-0.0523	0.0389	0.1241	18.5588	-14.9141	-29.0345
7	0.0035	-0	0.0057	0.001	-0.0016	0.0084	0.0041	0.0119	0.0053	0.0035	-0.0007	-0.0059	-0.0025	-0.017	0.0021	0.0062	0.0177	-0.0347	0.0181	0.0156	0.0718	19.1734	-19.3799	-38.6837
8	0.0024	0.002	0.0018	0.0014	-0.003	0.0029	-0.0014	0.0165	0.0037	0.0044	-0.0074	0.0061	0.0059	-0.0195	-0.0159	0.0992	-0.0142	-0.0569	0.0472	0.0242	0.113	14.9036	-14.1957	-49.5841
9	-0	-0.0005	0.0007	0.0008	0.0016	0.0017	0.003	0.0029	0.0047	0.0023	0.0001	0.0048	-0.0047	0.0046	-0	0.583	-0.0105	-0.0321	0.5599	-0.0051	0.5376	6.3085	-10.3071	-56.3318
10	0.0169	-0.0037	0.0285	0.0004	-0.0024	0.05	0.01	0.0167	0.0116	-0.019	0.0271	0.0279	0.0133	-0.0304	0.0432	0.0347	-0.0567	0.0487	0.001	0.0283	0.0692	20.0684	-30.096	-37.4905
11	-0.0014	0.006	0.0009	0.0367	0.014	0.0113	0.0229	0.0336	-0.0116	-0.0501	0.0195	-0.01	-0.0333	-0.0044	0.0773	0.0518	-0.0316	0.0338	-0.2035	0.0134	0.0412	38.5799	-6.423	-47.1465
12	-0.003	-0.0038	0.0045	0.044	-0.0265	0.015	-0.0045	-0.015	0.0246	0.0198	-0.022	-0.0009	-0.0332	0.0191	-0.0576	0.0335	-0.0018	0.034	-0.1312	0.0171	0.1108	41.486	8.0801	-29.3749
13	0.0756	-0.0171	-0.0174	0.0315	0.0064	0.0141	-0.0259	0.0089	0.0115	-0.0057	-0.0031	-0.0214	-0.0016	-0.0062	-0.0661	0.0097	-0.0324	0.0397	-0.0518	0.0077	0.1152	38.7572	3.3027	-20.2992
14	0.0363	-0.0375	0.0075	0.0412	-0.0087	0.0575	0.0197	-0.0106	0.0193	0.0145	0.04	-0.0086	-0.0287	-0.0044	0.0859	-0.0263	0.0522	0.0155	-0.0324	-0.0434	0.1089	37.0706	0.8043	-9.5221
15	0.0007	0.001	-0.0012	0.0012	-0.0012	0.0017	0.0076	0.0078	0.0057	-0.0036	0.0105	0.0017	0.0055	0.0088	0	0.1395	-0.0155	0.0541	0.1306	-0.0254	0.136	25.1623	13.3366	12.3382
16	0.0029	-0.0005	-0.0048	-0.0006	0.0026	0.0105	0.02	-0.0089	0.0035	0.0014	0.0029	-0.0126	-0.0186	0.0109	0.0107	0.0477	-0.032	0.027	0.0774	-0	0.113	51.2499	1.3771	-6.2082

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 14:69)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 70:147)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 148:213)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 214:233)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 234:262)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 263:350)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 351:373)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 374:408)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 409:436)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 437:470)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 16:145)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 146:268)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 269:312)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 313:399)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 400:428)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 429:465)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)