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- PDB-4g2r: Crystal Structure of the carboxyltransferase subunit of ACC (AccD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g2r
タイトルCrystal Structure of the carboxyltransferase subunit of ACC (AccD6) in complex with inhibitor haloxyfop from Mycobacterium tuberculosis
要素AccD6, Carboxyltransferase beta-subunit of Acyl-CoA Carboxylase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / crotonase super family / Carboxyltransferase / Transferase-herbicide complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの / acetyl-CoA carboxytransferase / fatty acid elongation, saturated fatty acid / propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / acetyl-CoA carboxylase activity / ligase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能
: / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...: / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H1L / Biotin-dependent acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase beta6 subunit / Biotin-dependent acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase beta6 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Thurman, C. / Sherekar, M. / Valluru, S. / Ehrenfeld, H. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014
タイトル: Structure, Activity, and Inhibition of the Carboxyltransferase beta-Subunit of Acetyl Coenzyme A Carboxylase (AccD6) from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Reddy, M.C. / Breda, A. / Bruning, J.B. / Sherekar, M. / Valluru, S. / Thurman, C. / Ehrenfeld, H. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2012年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AccD6, Carboxyltransferase beta-subunit of Acyl-CoA Carboxylase
B: AccD6, Carboxyltransferase beta-subunit of Acyl-CoA Carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8456
ポリマ－100,3982
非ポリマー1,4474
水12,448691
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8860 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area31610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.780, 126.240, 161.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 AccD6, Carboxyltransferase beta-subunit of Acyl-CoA Carboxylase / PCCase / Propanoyl-CoA:carbon dioxide ligase


分子量: 50198.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: accD6, MT2307, MTCY427.28, Rv2247 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P63407, UniProt: P9WQH5*PLUS, propionyl-CoA carboxylase
#2: 化合物
ChemComp-H1L / (2R)-2-(4-{[3-chloro-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]oxy}phenoxy)propanoic acid / HALOXYFOP INHIBITOR, R enantiomer / ハロキシホップ-R


分子量: 361.700 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11ClF3NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 3.5 M sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI(111) LIQUID N2 COOLED
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7 % / Av σ(I) over netI: 7.2 / 数: 384878 / Rsym value: 0.078 / D res high: 2.283 Å / D res low: 58.944 Å / Num. obs: 54953 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
7.2258.9499.910.040.047
5.17.2210010.0590.0596.5
4.175.110010.0530.0536.9
3.614.1710010.0580.0587
3.233.6110010.0720.0727.1
2.953.2310010.0950.0957.2
2.732.9510010.1430.1437.2
2.552.7310010.2370.2377.3
2.412.5510010.350.357.3
2.282.4199.910.5080.5086.3
反射解像度: 2.28→58.944 Å / Num. obs: 54953 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.28→2.41 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.508 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FB8

4fb8


解像度: 2.28→58.94 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.33 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 1996 3.63 %
Rwork0.164 --
obs0.165 54917 99.9 %
all-54917 -
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.81 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7144 Å20 Å2-0 Å2
2--7.2796 Å2-0 Å2
3----11.994 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→58.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6467 0 96 691 7254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.139235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5782441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831042
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051219
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.283-2.34010.32171470.26633709X-RAY DIFFRACTION100
2.3401-2.40340.33821450.25443759X-RAY DIFFRACTION100
2.4034-2.47410.2721360.22683732X-RAY DIFFRACTION100
2.4741-2.5540.28061320.19983747X-RAY DIFFRACTION100
2.554-2.64520.25571380.19783744X-RAY DIFFRACTION100
2.6452-2.75120.2381430.18773768X-RAY DIFFRACTION100
2.7512-2.87640.25441380.18633763X-RAY DIFFRACTION100
2.8764-3.0280.2391480.18333751X-RAY DIFFRACTION100
3.028-3.21770.20261360.17363765X-RAY DIFFRACTION100
3.2177-3.46610.21450.15773793X-RAY DIFFRACTION100
3.4661-3.81490.1651470.14583782X-RAY DIFFRACTION100
3.8149-4.36670.17361350.1293818X-RAY DIFFRACTION100
4.3667-5.5010.13841450.12143821X-RAY DIFFRACTION100
5.501-58.96380.17111610.1683969X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.0146 Å / Origin y: -22.9992 Å / Origin z: 40.3613 Å
111213212223313233
T0.1755 Å2-0.0144 Å2-0.009 Å2-0.173 Å2-0.0368 Å2--0.2275 Å2
L0.617 °20.1024 °2-0.2526 °2-0.5563 °2-0.4306 °2--1.0951 °2
S0.0082 Å °0.0502 Å °0.0583 Å °0.0625 Å °0.0136 Å °0.0595 Å °-0.068 Å °-0.0988 Å °-0.0185 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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