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- PDB-4fa0: Crystal structure of human AdPLA to 2.65 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fa0
タイトルCrystal structure of human AdPLA to 2.65 A resolution
要素Group XVI phospholipase A1/A2
キーワードHYDROLASE / Phospholipase A2 / PLA2G16 / HRASLS3 / NlpC/P60 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane disassembly / regulation of adipose tissue development / ether lipid metabolic process / organelle disassembly / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS ...membrane disassembly / regulation of adipose tissue development / ether lipid metabolic process / organelle disassembly / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / phospholipase A1 activity / peroxisome organization / N-acyltransferase activity / phospholipase A2 activity / lens fiber cell differentiation / phospholipid biosynthetic process / phospholipase A2 / peroxisomal membrane / triglyceride metabolic process / acyltransferase activity / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to bacterium / mitochondrial membrane / peroxisome / nuclear envelope / lysosome / lysosomal membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / mitochondrion / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Lecithin retinol acyltransferase / LRAT domain / LRAT domain profile. / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipase A and acyltransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Addington, L. / Zhang, N. / Rao, J.L.U.M. / Moise, A.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure/Function relationships of adipose phospholipase A2 containing a cys-his-his catalytic triad.
著者: Pang, X.Y. / Cao, J. / Addington, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Zhang, N. / Rao, J.L. / Dennis, E.A. / Moise, A.R.
履歴
登録2012年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22012年11月14日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group XVI phospholipase A1/A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3101
ポリマ－15,3101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.991, 59.991, 74.006
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Group XVI phospholipase A1/A2 / Adipose-specific phospholipase A2 / AdPLA / H-rev 107 protein homolog / HRAS-like suppressor 1 / ...Adipose-specific phospholipase A2 / AdPLA / H-rev 107 protein homolog / HRAS-like suppressor 1 / HRAS-like suppressor 3 / HRSL3 / HREV107-1 / HREV107-3 / Renal carcinoma antigen NY-REN-65


分子量: 15310.376 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G16, HRASLS3, HREV107 / プラスミド: pTBMalE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P53816, phospholipase A1, phospholipase A2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 25% PEG 1500, 100mM MIB buffer, pH 5.0, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→51.954 Å / Num. all: 7196 / Num. obs: 7196 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 796 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å42.56 Å
Translation2.5 Å42.56 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2KYT

2kyt


解像度: 2.65→30.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8576 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8357 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.394 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ALTHOUGH THE DATA COULD BE PROCESSED TO 2.3A RESOLUTION, THERE WAS SEVERE ANISOTROPY IN THE A* AND B* DIRECTIONS AS DETERMINED FROM THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER. THIS RESULTED IN VERY ...詳細: ALTHOUGH THE DATA COULD BE PROCESSED TO 2.3A RESOLUTION, THERE WAS SEVERE ANISOTROPY IN THE A* AND B* DIRECTIONS AS DETERMINED FROM THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER. THIS RESULTED IN VERY POOR CORRELATION BETWEEN FO AND FC AND HIGH PHASE ERRORS IN THE HIGHER RESOLUTION SHELLS USING DATA TO 2.3A RESOLUTION IN REFINEMENT. THEREFORE, THE MODEL WAS REFINED USING DATA TRUNCATED TO 2.65A RESOLUTION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2471 227 4.79 %RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.2079 4743 99.94 %-
all-4743 --
原子変位パラメータBiso max: 131.63 Å2 / Biso mean: 68.842 Å2 / Biso min: 42.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.3886 Å20 Å20 Å2
2---20.3886 Å20 Å2
3---40.7772 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.371 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→30.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数802 0 0 0 802
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d359SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes20HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes119HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it825HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion103SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact888SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d825HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1125HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.96
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.96 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 67 5.08 %
Rwork0.2407 1252 -
all0.2406 1319 -
obs-1319 99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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