[日本語] English
万見
- PDB-4f9l: Crystal Structure of the Human BTN3A1 Ectodomain in Complex with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f9l
タイトルCrystal Structure of the Human BTN3A1 Ectodomain in Complex with the 20.1 Single Chain Antibody
要素
  • 20.1 anti-BTN3A1 antibody fragment
  • Butyrophilin subfamily 3 member A1
キーワードIMMUNE SYSTEM / B7 superfamily / Butyrophilin / CD277
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / activated T cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of cytokine production / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Butyrophilin subfamily 3 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1404 Å
データ登録者Palakodeti, A. / Sandstrom, A. / Sundaresan, L. / Harly, C. / Nedellec, S. / Olive, D. / Scotet, E. / Bonneville, M. / Adams, E.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The molecular basis for modulation of human V(gamma)9V(delta)2 T cell responses by CD277/Butyrophilin-3 (BTN3A)-specific antibodies
著者: Palakodeti, A. / Sandstrom, A. / Sundaresan, L. / Harly, C. / Nedellec, S. / Olive, D. / Scotet, E. / Bonneville, M. / Adams, E.J.
履歴
登録2012年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Butyrophilin subfamily 3 member A1
D: 20.1 anti-BTN3A1 antibody fragment
C: 20.1 anti-BTN3A1 antibody fragment
B: Butyrophilin subfamily 3 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3506
ポリマ－101,9074
非ポリマー4422
水00
1
A: Butyrophilin subfamily 3 member A1
B: Butyrophilin subfamily 3 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7244
ポリマ－47,2812
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area20810 Å2
手法PISA
2
D: 20.1 anti-BTN3A1 antibody fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3131
ポリマ－27,3131
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 20.1 anti-BTN3A1 antibody fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3131
ポリマ－27,3131
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.136, 165.136, 53.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12D
22C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PHEPHEGLYGLYchain 'A' and (resseq 2:127 or resseq 133:183 or resseq 187:195 or resseq 199:208 )AA2 - 1275 - 130
121ILEILEGLYGLYchain 'A' and (resseq 2:127 or resseq 133:183 or resseq 187:195 or resseq 199:208 )AA133 - 183136 - 186
131GLUGLUSERSERchain 'A' and (resseq 2:127 or resseq 133:183 or resseq 187:195 or resseq 199:208 )AA187 - 195190 - 198
141GLYGLYILEILEchain 'A' and (resseq 2:127 or resseq 133:183 or resseq 187:195 or resseq 199:208 )AA199 - 208202 - 211
211PHEPHEGLYGLYchain 'B' and (resseq 2:127 or resseq 133:183 or resseq 187:195 or resseq 199:208 )BD2 - 1275 - 130
221ILEILEGLYGLYchain 'B' and (resseq 2:127 or resseq 133:183 or resseq 187:195 or resseq 199:208 )BD133 - 183136 - 186
231GLUGLUSERSERchain 'B' and (resseq 2:127 or resseq 133:183 or resseq 187:195 or resseq 199:208 )BD187 - 195190 - 198
241GLYGLYILEILEchain 'B' and (resseq 2:127 or resseq 133:183 or resseq 187:195 or resseq 199:208 )BD199 - 208202 - 211
112ASPASPASPASPchain 'D' and (resseq 1:105 )DB1 - 1051 - 105
212ASPASPASPASPchain 'C' and (resseq 1:105 )CC1 - 1051 - 105

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Butyrophilin subfamily 3 member A1


分子量: 23640.660 Da / 分子数: 2 / 断片: Ectodomain (UNP Residues 30-246) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTF5, BTN3A1 / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia Ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O00481
#2: 抗体 20.1 anti-BTN3A1 antibody fragment


分子量: 27312.916 Da / 分子数: 2
断片: domains of the heavy and light chains of the 20.1 antibody
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: IgG / プラスミド: pAK300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 33D3
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.15M Potassium Fluoride, 14% PEG 3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→50 Å / Num. all: 25881 / Num. obs: 25881 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 75.17 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3.14-3.2199.1
3.2-3.26199.9
3.26-3.331100
3.33-3.391100
3.39-3.471100
3.47-3.551100
3.55-3.641100
3.64-3.731100
3.73-3.841100
3.84-3.971100
3.97-4.111100
4.11-4.271100
4.27-4.471100
4.47-4.71100
4.7-51100
5-5.381100
5.38-5.931100
5.93-6.781100
6.78-8.54199.9
8.54-50199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F80, 1IGT

4f80

1igt


解像度: 3.1404→45.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7634 / SU ML: 0.74 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3026 1326 5.13 %
Rwork0.2538 --
obs0.2564 25831 99.72 %
all-25881 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.127 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 233.2 Å2 / Biso mean: 85.6031 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.7611 Å2-0 Å20 Å2
2---4.7611 Å2-0 Å2
3---9.5221 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1404→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6570 0 28 0 6598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076811
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2199269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751049
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051193
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7832367
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1424X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
12B1424X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
21D802X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.081
22C802X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.081
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1404-3.26610.38331370.3432672280999
3.2661-3.41470.37631330.314727112844100
3.4147-3.59470.31921410.289627222863100
3.5947-3.81980.34941370.270426752812100
3.8198-4.11460.30061550.265927252880100
4.1146-4.52830.27291410.223327152856100
4.5283-5.18280.25861520.212327162868100
5.1828-6.52670.29761610.253327382899100
6.5267-45.80530.29941690.24122831300099

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る