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- PDB-4f9e: Cyclic di-GMP Sensing via the Innate Immune Signaling Protein STING -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f9e
タイトルCyclic di-GMP Sensing via the Innate Immune Signaling Protein STING
要素Transmembrane protein 173
キーワードPROTEIN BINDING / STING / ERIS / MITA / Stimulator of interferon genes protein / innate immunity 5helix and 5 beta strand
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway ...STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / cellular response to exogenous dsRNA / cellular response to organic cyclic compound / protein complex oligomerization / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / activation of innate immune response / antiviral innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of interferon-beta production / autophagosome / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / secretory granule membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cytoplasmic vesicle membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / peroxisome / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Kabaleeswaran, V. / Wu, H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Cyclic di-GMP Sensing via the Innate Immune Signaling Protein STING.
著者: Yin, Q. / Tian, Y. / Kabaleeswaran, V. / Jiang, X. / Tu, D. / Eck, M.J. / Chen, Z.J. / Wu, H.
履歴
登録2012年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Other
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane protein 173


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8481
ポリマ－29,8481
非ポリマー00
水37821
1
A: Transmembrane protein 173

A: Transmembrane protein 173


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6972
ポリマ－59,6972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area1470 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.400, 61.400, 118.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane protein 173 / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Stimulator of interferon genes protein / hSTING


分子量: 29848.463 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Domain (unp residues 139-379) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM173, ERIS, MITA, STING / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.15 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 14.1 % / Av σ(I) over netI: 13.8 / 数: 90342 / Rsym value: 0.042 / D res high: 2.75 Å / D res low: 35.043 Å / Num. obs: 6389 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
12.335.0495.610.0180.01810.4
8.712.399.110.020.0211.8
7.18.710010.0230.02312.8
6.157.110010.0270.02713.4
5.56.1510010.0310.03113.4
5.025.510010.0280.02814.3
4.655.0210010.0270.02713.7
4.354.6510010.0310.03114.5
4.14.3510010.0330.03313.7
3.894.199.710.0360.03614.2
3.713.8910010.0430.04314.6
3.553.7199.810.0560.05613.5
3.413.5510010.0710.07114.6
3.293.4110010.0890.08914.1
3.183.2910010.1320.13214
3.073.1810010.150.1514.7
2.983.0710010.2070.20715
2.92.9810010.2720.27214.6
2.822.910010.3560.35614.6
2.752.8210010.5210.52115
反射解像度: 2.75→35.001 Å / Num. all: 6371 / Num. obs: 6371 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.2 % / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.75-2.828.60.4561.739324580.456100
2.82-2.98.30.3062.536804410.306100
2.9-2.988.40.2463.136104290.246100
2.98-3.078.70.1824.236904250.182100
3.07-3.188.50.1335.734584070.133100
3.18-3.2980.1116.931473930.111100
3.29-3.418.20.0789.832383960.078100
3.41-3.558.50.06311.929983540.063100
3.55-3.717.80.05213.928633650.05299.8
3.71-3.898.40.03917.828583400.039100
3.89-4.18.20.03221.927133300.03299.7
4.1-4.357.90.0322.824583130.03100
4.35-4.658.40.0282324542920.028100
4.65-5.027.90.02426.721852780.024100
5.02-5.58.20.02623.621692640.026100
5.5-6.157.80.02919.218492380.029100
6.15-7.17.70.0252415942080.025100
7.1-8.77.40.02126.314331930.02199.9
8.7-12.36.80.01733.310441540.01799.1
12.3-35.00160.01541.3558930.01596

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→35.001 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.79 / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.36 / σ(I): 2 / 位相誤差: 26.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 298 4.69 %RANDOM
Rwork0.2117 ---
obs0.2138 6371 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.573 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 116.34 Å2 / Biso mean: 68.0824 Å2 / Biso min: 36.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9937 Å20 Å2-0 Å2
2--2.9937 Å2-0 Å2
3----5.9875 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→35.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1376 0 0 21 1397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2021903
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.869518
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7501-3.02670.45151360.314826652801
3.0267-3.46430.27041240.245126832807
3.4643-4.36340.28111320.188126832815
4.3634-35.00380.20811340.197326692803

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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