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万見
- PDB-4f8z: Carboxypeptidase T with Boc-Leu -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f8z
タイトルCarboxypeptidase T with Boc-Leu
要素Carboxypeptidase T
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase T / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase T / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(tert-butoxycarbonyl)-L-leucine / Carboxypeptidase T
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Timofeev, V.I. / Kuznetsov, S.A. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P.
引用ジャーナル: Biochemistry Mosc. / 年: 2013
タイトル: Three-dimensional structure of carboxypeptidase T from Thermoactinomyces vulgaris in complex with N-BOC-L-leucine.
著者: Timofeev, V.I. / Kuznetsov, S.A. / Akparov, V.K.h. / Chestukhina, G.G. / Kuranova, I.P.
履歴
登録2012年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,41332
ポリマ－36,6411
非ポリマー2,77131
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.914, 157.914, 104.068
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-595-

HOH

21A-597-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carboxypeptidase T


分子量: 36641.277 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 99-421 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア)
遺伝子: cpt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29068, carboxypeptidase T

-
非ポリマー , 6種, 450分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BL2 / N-(tert-butoxycarbonyl)-L-leucine / N-(tert-ブトキシカルボニル)-L-ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 231.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H21NO4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化pH: 6
詳細: COUNTER-DIFFUSION. protein solution: 250 mM NaCl, 1 mM CaCl2, 10 mM Mes/NaOH, pH 6.0. precipitant solution: 1.4 M (NH4)2SO4, 5% MPD, 50 mM, Mes/NaOH, pH 6.0, 2.4 M Boc-L-Leu

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月13日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→30 Å / Num. all: 286940 / Num. obs: 286940 / % possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.38→14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.076 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1519 7780 5 %RANDOM
Rwork0.13922 ---
obs0.13986 146524 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.185 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2581 0 168 419 3168
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1941.9723943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.384332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1695352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.71324.437142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.88515434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0221514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212245
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.97532927
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.8195122
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.25153178
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.415 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 526 -
Rwork0.253 10026 -
obs--98.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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