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万見
- PDB-4f8n: X-ray structure of PsaA from Yersinia pestis, in complex with gal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f8n
タイトルX-ray structure of PsaA from Yersinia pestis, in complex with galactose and phosphate choline
要素pH 6 antigen
キーワードCELL ADHESION / Antigens / Bacterial Proteins / Fimbriae / Molecular Sequence Data / Protein Folding / Ig-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #3590 / : / : / Ph 6 antigen / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANIDINE / beta-D-galactopyranose / PHOSPHOCHOLINE / pH 6 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Bao, R. / Esser, L. / Xia, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the specific recognition of dual receptors by the homopolymeric pH 6 antigen (Psa) fimbriae of Yersinia pestis.
著者: Bao, R. / Nair, M.K. / Tang, W.K. / Esser, L. / Sadhukhan, A. / Holland, R.L. / Xia, D. / Schifferli, D.M.
履歴
登録2012年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pH 6 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7085
ポリマ－16,2491
非ポリマー4594
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.154, 54.922, 103.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

GAI

21A-315-

HOH

31A-342-

HOH

41A-364-

HOH

51A-366-

HOH

61A-387-

HOH

71A-388-

HOH

81A-392-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 pH 6 antigen / Adhesin / Antigen 4


分子量: 16249.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: psaA, y2882, YPO1303, YP_1289 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31522
#5: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 98分子

#2: 化合物 ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#3: 化合物 ChemComp-PC / PHOSPHOCHOLINE / [りん酸水素2-(トリメチルアミニオ)エチル]アニオン


分子量: 184.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H15NO4P
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: ammonium sulphate, Guanidine HCl, pH 4.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.7 % / Av σ(I) over netI: 11.09 / 数: 36476 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Χ2: 1.18 / D res high: 2.35 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 6381 / % possible obs: 95.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.375098.210.0441.3636.7
5.066.3799.210.0681.5087.3
4.425.0699.110.0691.7497.2
4.024.4210010.0721.4527.3
3.734.0280.710.0961.6555.6
3.513.7354.110.1455.0054.9
3.333.5198.110.1051.2015.8
3.193.3398.810.1211.1976.2
3.073.1999.110.151.0176.2
2.963.0798.810.1790.8925.8
2.872.9699.110.190.8445.7
2.792.8710010.2090.7975.6
2.712.7998.810.2550.8255.3
2.652.7199.310.3020.7545.2
2.592.6598.210.3480.6575.1
2.532.5998.810.350.6935.1
2.482.5398.810.380.7284.8
2.432.489910.430.7154.8
2.392.4398.410.4490.7324.5
2.352.3997.910.4060.7534.3
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 6381 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Χ2: 1.185 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.35-2.394.30.4063220.753197.9
2.39-2.434.50.4493020.732198.4
2.43-2.484.80.433100.715199
2.48-2.534.80.383360.728198.8
2.53-2.595.10.353170.693198.8
2.59-2.655.10.3483280.657198.2
2.65-2.715.20.3023050.754199.3
2.71-2.795.30.2553290.825198.8
2.79-2.875.60.2093310.7971100
2.87-2.965.70.193190.844199.1
2.96-3.075.80.1793310.892198.8
3.07-3.196.20.153251.017199.1
3.19-3.336.20.1213311.197198.8
3.33-3.515.80.1053111.201198.1
3.51-3.734.90.1451915.005154.1
3.73-4.025.60.0962631.655180.7
4.02-4.427.30.0723471.4521100
4.42-5.067.20.0693451.749199.1
5.06-6.377.30.0683511.508199.2
6.37-506.70.0443871.363198.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
PHENIX1.7.2_869精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.501→27.461 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU ML: 0.8 / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 27.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 237 4.65 %
Rwork0.2449 --
obs0.2467 5093 91.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.594 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 103.16 Å2 / Biso mean: 36.1262 Å2 / Biso min: 7.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.1297 Å20 Å2-0 Å2
2--23.9131 Å2-0 Å2
3----14.7834 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→27.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1064 0 28 95 1187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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