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- PDB-4f8k: Molecular analysis of the interaction between the prostacyclin re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f8k
タイトルMolecular analysis of the interaction between the prostacyclin receptor and the first PDZ domain of PDZK1
要素Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3, Prostacyclin receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / PDZ domain / Adaptor protein / Prostacyclin receptor / Chimera protein / fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Prostanoid ligand receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G alpha (s) signalling events / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of monoatomic anion transport / protein localization to plasma membrane / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / G protein-coupled receptor activity ...Prostanoid ligand receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G alpha (s) signalling events / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of monoatomic anion transport / protein localization to plasma membrane / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / response to lipopolysaccharide / in utero embryonic development / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prostacyclin (prostanoid IP) receptor / : / Prostanoid receptor / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily ...Prostacyclin (prostanoid IP) receptor / : / Prostanoid receptor / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Prostacyclin receptor / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kocher, O. / Birrane, G. / Kinsella, B.T. / Mulvaney, E.P.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Molecular Analysis of the Prostacyclin Receptor's Interaction with the PDZ1 Domain of Its Adaptor Protein PDZK1.
著者: Birrane, G. / Mulvaney, E.P. / Pal, R. / Kinsella, B.T. / Kocher, O.
履歴
登録2012年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3, Prostacyclin receptor
B: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3, Prostacyclin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0332
ポリマ－24,0332
非ポリマー00
水2,378132
1
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3, Prostacyclin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0171
ポリマ－12,0171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3, Prostacyclin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0171
ポリマ－12,0171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.271, 68.477, 40.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3, Prostacyclin receptor / NHERF-3 / CFTR-associated protein of 70 kDa / Na(+)/H(+) exchanger regulatory factor 3 / Na/Pi ...NHERF-3 / CFTR-associated protein of 70 kDa / Na(+)/H(+) exchanger regulatory factor 3 / Na/Pi cotransporter C-terminal-associated protein 1 / NaPi-Cap1 / PDZ domain-containing protein 1 / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 3 / Prostaglandin I2 receptor / PGI receptor / PGI2 receptor / Prostanoid IP receptor


分子量: 12016.534 Da / 分子数: 2
断片: PDZ1, UNP residues 7-106, Prostacyclin receptor C-terminus, 409-415
変異: C10S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: Cap70, Nherf3, Pdzk1, Prostacyclin receptor, Ptgir
プラスミド: pGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q9JIL4, UniProt: P43252
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHIMERIC PDZ1-IP PROTEIN CONTAINS RESIDUES 7-106 OF PDZ1 FUSED TO THE SEVEN CARBOXY-TERMINAL AMINO ...CHIMERIC PDZ1-IP PROTEIN CONTAINS RESIDUES 7-106 OF PDZ1 FUSED TO THE SEVEN CARBOXY-TERMINAL AMINO ACIDS OF MOUSE IP (RESIDUES 409-415).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH6.5, 30% (w/v) PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40.1 Å / Num. all: 23390 / Num. obs: 23390 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NGH

3ngh


解像度: 1.7→40.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.118 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21914 1200 5.1 %RANDOM
Rwork0.18429 ---
all0.18611 22171 --
obs0.18611 22171 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.253 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å2-0.1 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1686 0 0 132 1818
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.9892424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89133046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1955243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.41425.51787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.30615346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9811512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 87 -
Rwork0.22 1577 -
obs-23390 98.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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