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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f8d | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of an R46A mutant of the Restriction-Modification Controller Protein C.Esp1396I (Monoclinic Form) | ||||||
![]() | Regulatory protein | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Restriction-modification / Helix-Turn-Helix / Transcriptional Regulator / DNA | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martin, R.N.A. / McGeehan, J.E. / Kneale, G.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Mutagenic Analysis of the RM Controller Protein C.Esp1396I. 著者: Martin, R.N. / McGeehan, J.E. / Kneale, G. #1: ![]() タイトル: Structural analysis of the genetic switch that regulates the expression of restriction-modification genes. 著者: McGeehan, J.E. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Ball, N. / Ravelli, R.B. / Kneale, G.G. #2: ![]() タイトル: Structure of the restriction-modification controller protein C.Esp1396I. 著者: Ball, N. / Streeter, S.D. / Kneale, G.G. / McGeehan, J.E. #3: ![]() タイトル: Recognition of dual symmetry by the controller protein C.Esp1396I based on the structure of the transcriptional activation complex. 著者: McGeehan, J.E. / Ball, N.J. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Kneale, G.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9435.059 Da / 分子数: 2 / 変異: R46A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 200mM Sodium Sulphate, 20% PEG 3350, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979494 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→24.7 Å / Num. all: 90345 / Num. obs: 27204 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.014 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.31 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.55 Å2 / Biso mean: 18.566 Å2 / Biso min: 6.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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