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- PDB-4f86: Structure analysis of Geranyl diphosphate methyltransferase in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f86
タイトルStructure analysis of Geranyl diphosphate methyltransferase in complex with GPP and sinefungin
要素Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta / Rossmann Fold / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase / C-methyltransferase activity / terpene metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine binding / methylation / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Mycolic acid cyclopropane synthetase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GERANYL DIPHOSPHATE / SINEFUNGIN / Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lasaliensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ariyawutthiphan, O. / Ose, T. / Minami, A. / Gao, Y.G. / Yao, M. / Oikawa, H. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure analysis of geranyl pyrophosphate methyltransferase and the proposed reaction mechanism of SAM-dependent C-methylation
著者: Ariyawutthiphan, O. / Ose, T. / Minami, A. / Sinde, S. / Tsuda, M. / Gao, Y.-G. / Yao, M. / Oikawa, H. / Tanaka, I.
履歴
登録2012年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
B: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
C: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
D: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
E: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
F: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
G: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
H: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
I: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
J: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
K: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
L: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)429,74448
ポリマ－421,10512
非ポリマー8,63936
水00
1
A: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
B: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
C: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
D: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
E: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
F: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,87224
ポリマ－210,5526
非ポリマー4,31918
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
H: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
I: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
J: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
K: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
L: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,87224
ポリマ－210,5526
非ポリマー4,31918
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.937, 87.731, 160.222
Angle α, β, γ (deg.)100.01, 96.65, 90.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase / SAM dependent methyltransferase / GPP methyltransferase


分子量: 35092.070 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lasaliensis (バクテリア)
遺伝子: gdpmt / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D3KYU3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#3: 化合物
ChemComp-GPP / GERANYL DIPHOSPHATE / ゲラニル二りん酸


分子量: 314.209 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O7P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 1.3M lithium sulfate, 1mM sperminero, 30mM magnesium chloride, 50mM sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月21日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 82669 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 4153 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3bus

3bus


解像度: 3→46.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 2735189 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 4058 5 %RANDOM
Rwork0.279 ---
obs-80529 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: -6.8095 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 98.47 Å2 / Biso mean: 50.5488 Å2 / Biso min: 9.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.41 Å2-6.32 Å23.42 Å2
2--39.12 Å2-10.51 Å2
3----22.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.85 Å0.89 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25514 0 564 0 26078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 402 5 %
Rwork0.435 7599 -
all-8001 -
obs--95.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6sin_drg.paramsin_drg.top
X-RAY DIFFRACTION7GPP.paramGPP.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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