[日本語] English
- PDB-4f76: Crystal Structure of the active HIV-1 Protease in Complex with th... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f76
タイトルCrystal Structure of the active HIV-1 Protease in Complex with the products of p1-p6 substrate
要素
  • C terminal product of substrate p1-p6
  • N terminal product of substrate p1-p6
  • Protease
キーワードhydrolase/hydrolase product / HIV-1 protease / substrate complex / AIDS / product complex / Aspartyl protease / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L. / Mittal, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the active HIV-1 Protease in Complex with the products of p1-p6 substrate
著者: Mittal, S. / Nalam, M.N.L. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2012年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
C: N terminal product of substrate p1-p6
D: C terminal product of substrate p1-p6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7954
ポリマ-22,7954
非ポリマー00
1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area9190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.906, 58.367, 61.928
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

-
要素

#1: タンパク質 Protease


分子量: 10801.763 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド N terminal product of substrate p1-p6


分子量: 590.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: N-terminal of the synthetic peptide corresponding to p1-p6 cleavage site
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#3: タンパク質・ペプチド C terminal product of substrate p1-p6


分子量: 600.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: C-terminal of the synthetic peptide corresponding to p1-p6 cleavage site
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.05 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-31% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 16269 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.926.60.38415891.0991100
1.92-1.996.60.26916071.0751100
1.99-2.086.50.19315991.0681100
2.08-2.196.50.15915971.0421100
2.19-2.336.50.12416091.0871100
2.33-2.516.50.10316151.0571100
2.51-2.766.50.07816341.0451100
2.76-3.166.40.06516311.027199.9
3.16-3.996.20.05616571.053199.8
3.99-505.80.03217311.066197.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→42.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.1981 / WRfactor Rwork: 0.1691 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8926 / SU B: 4.831 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.1387 / SU Rfree: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1956 810 5 %RANDOM
Rwork0.1671 ---
obs0.1685 16148 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.71 Å2 / Biso mean: 26.2493 Å2 / Biso min: 13.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1541 0 0 90 1631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.9842199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83732675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0095210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.45825.08559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25715276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.507158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211789
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02287
LS精密化 シェル解像度: 1.852→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 62 -
Rwork0.183 1113 -
all-1175 -
obs--99.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.30324.7659-4.33289.6927-3.66354.6005-0.15940.3682-0.1778-0.5420.042-0.10710.02380.01420.11740.1751-0.0305-0.01210.1777-0.03880.073120.77941.1449-1.6293
229.0308-0.05520.88042.6741-0.36730.0811-0.09430.0793-0.606-0.13660.0788-0.060.04130.00230.01550.20180.01080.04420.1197-0.01530.113127.4191-3.56694.6095
319.4213-6.354410.67797.55112.321312.0510.30080.62210.2353-0.30230.0937-0.5987-0.07440.6388-0.39450.17320.01370.09440.15230.05550.341141.6388-0.84429.0961
429.9441-9.45220.00957.09710.94150.36550.0388-0.1229-0.5962-0.1972-0.0356-0.2170.1596-0.0813-0.00310.3348-0.01990.09220.138-0.01870.150532.323-3.21777.6139
54.84280.21752.70383.83840.01177.6175-0.0111-0.31-0.0220.22310.1289-0.08690.1219-0.0588-0.11770.08210.00210.01310.0738-0.00150.079623.59014.79815.083
612.8965-8.82010.076930.613-6.88435.7524-0.1142-0.2483-0.5960.0655-0.0446-0.29580.34820.1650.15880.0782-0.0248-0.00420.0962-0.00130.071332.9439-3.495217.394
75.7465-1.0875-2.89858.27038.2229.8802-0.0288-0.2970.0978-0.16250.193-0.57-0.2120.7321-0.16430.07370.0132-0.04660.24010.11090.233542.2473-0.794521.9903
812.92124.08841.36033.75491.01573.0516-0.0178-0.20050.06350.16170.0373-0.0202-0.09390.0251-0.01950.1291-0.0167-0.00390.0927-0.00630.067125.8665-0.455326.1397
99.64834.5254-4.84423.658-2.32464.77920.1438-0.1987-0.06690.2945-0.1768-0.1634-0.00630.29750.0330.1154-0.0052-0.03150.1119-0.01530.073330.6119-1.300226.5173
104.94912.5961-1.8964.2857-4.48710.4910.0505-0.41890.09070.185-0.1906-0.1754-0.21560.37440.14020.0688-0.012-0.02650.1166-0.01320.16440.15336.591818.6478
1111.0164-1.65610.03338.699-7.102726.57590.0220.6545-0.143-0.52030.0387-0.305-0.04030.2647-0.06080.09150.01150.05620.0655-0.03690.102236.3025.65814.4584
123.6871.00853.02466.3657-1.91025.8509-0.1285-0.00650.0849-0.0988-0.0602-0.374-0.02210.28420.18860.05750.00120.00650.0707-0.01520.136237.39488.365513.1679
135.62923.65852.98027.0177-0.20352.9090.0853-0.0139-0.12820.0166-0.0220.09330.27690.026-0.06330.14090.00540.02970.10770.00650.10230.0593-4.763819.1634
142.1795-2.5713-0.92216.49351.63942.4325-0.0234-0.014-0.10350.1378-0.00230.0020.08190.0780.02570.0665-0.00840.00610.0766-0.00020.077928.1863.800513.4439
155.74362.21332.77015.02031.64362.1233-0.10110.1320.1152-0.19730.1124-0.139-0.09510.0523-0.01120.0628-0.00620.01420.06190.00230.081430.463310.6558.9705
1613.3645.13215.38045.3892.47937.0373-0.4285-0.04440.329-0.29460.07440.2639-0.2427-0.25460.35420.1408-0.02-0.00810.09080.00050.062818.547910.47562.843
175.9643.74685.02923.31191.57929.1577-0.27750.05050.512-0.4992-0.02020.323-0.3343-0.17860.29770.32630.0538-0.03150.1490.02060.213920.359514.81087.5533
1823.44090.33073.66421.71520.94915.41-0.1749-0.70730.39190.37250.2010.2284-0.304-0.1722-0.0260.19780.04390.01570.1079-0.01030.16115.967411.383514.4687
1918.9778.8397-1.230112.90980.85283.9631-0.17520.28730.4997-0.47370.04990.83130.0499-0.34170.12530.09040.0258-0.01760.1367-0.01660.13321.10586.440711.1818
2018.4823-6.97290.72215.94541.601510.5079-0.0221-0.73490.36880.40420.00770.37460.0213-0.45560.01440.0984-0.03460.08290.2358-0.07730.1663.71477.900515.6129
216.6305-0.5667-0.34584.90461.79682.557-0.0167-0.1187-0.05870.12510.0539-0.13730.0713-0.0173-0.03720.0778-0.01690.00020.06280.00850.066817.03862.60910.6984
2214.1735-2.9124-11.27574.3131.806415.3368-0.0944-0.0914-0.04770.14520.09680.09360.0448-0.0303-0.00240.0861-0.0303-0.02770.06030.02430.098310.4505-2.61314.0429
2320.405814.85416.397114.640613.550416.8150.6643-0.49690.27210.187-0.58320.94520.2141-0.6237-0.08110.19350.00670.01230.2840.07070.3544-1.3494-2.951919.0254
2411.9755-6.87645.71896.1750.18678.15250.1003-0.3636-0.6308-0.01830.03860.46580.1433-0.457-0.13890.1103-0.0632-0.03650.15620.11950.20922.5657-12.894915.8725
2516.654311.56575.485610.44044.71724.6844-0.063-0.05370.06590.14580.05790.0542-0.1965-0.0780.00510.0978-0.0062-0.00350.08930.00710.084918.1622-8.716319.7887
269.44420.05893.19112.9047-1.91272.4310.0597-0.3408-0.1871-0.00010.15930.16680.0659-0.175-0.2190.1053-0.0107-0.00210.10480.00870.11179.579-10.439519.3945
278.9106-3.56253.8711.7547-9.501610.79470.3050.1833-0.5725-0.5991-0.10770.1880.29820.075-0.19730.086-0.0525-0.0210.12640.040.13460.6357-5.94518.6304
287.15573.395-3.820412.8529-6.239212.40930.0728-0.03570.28410.0025-0.19010.1209-0.3412-0.02870.11740.1176-0.0246-0.03790.07630.01130.11024.96937.63764.6562
292.8464-2.83534.86898.7653-7.17129.49850.0218-0.0387-0.1379-0.0580.17280.37670.0453-0.2613-0.19470.0978-0.0215-0.00040.1452-0.00580.14263.5708-1.48995.1825
302.76950.6336-3.07455.2014-0.28376.31570.0139-0.4981-0.1060.4295-0.0434-0.0601-0.46380.36840.02950.1596-0.0192-0.00050.18180.04520.12199.116-3.46220.1758
315.1587-1.3267-4.60336.13424.39278.13590.0508-0.30480.06390.25310.07530.14330.17540.1836-0.12610.0952-0.0167-0.00020.07850.02930.075612.82640.842512.2165
323.99530.01822.71855.9271-1.46962.2222-0.17660.10020.0745-0.21950.20290.2282-0.0440.0009-0.02630.1536-0.051-0.03680.19140.03560.101810.79710.9522.4077
3321.42544.60572.25765.3444-0.32365.0801-0.35040.2483-0.0218-0.43940.269-0.2136-0.03810.27270.08140.1382-0.02660.00450.0991-0.00310.047422.91417.38570.7609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3A13 - 18
4X-RAY DIFFRACTION4A19 - 24
5X-RAY DIFFRACTION5A25 - 30
6X-RAY DIFFRACTION6A31 - 35
7X-RAY DIFFRACTION7A36 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8A43 - 52
9X-RAY DIFFRACTION9A53 - 58
10X-RAY DIFFRACTION10A59 - 63
11X-RAY DIFFRACTION11A64 - 69
12X-RAY DIFFRACTION12A70 - 75
13X-RAY DIFFRACTION13A76 - 82
14X-RAY DIFFRACTION14A83 - 88
15X-RAY DIFFRACTION15A89 - 94
16X-RAY DIFFRACTION16A95 - 99
17X-RAY DIFFRACTION17B1 - 6
18X-RAY DIFFRACTION18B7 - 11
19X-RAY DIFFRACTION19B12 - 17
20X-RAY DIFFRACTION20B18 - 22
21X-RAY DIFFRACTION21B23 - 28
22X-RAY DIFFRACTION22B29 - 34
23X-RAY DIFFRACTION23B35 - 39
24X-RAY DIFFRACTION24B40 - 45
25X-RAY DIFFRACTION25B46 - 52
26X-RAY DIFFRACTION26B53 - 58
27X-RAY DIFFRACTION27B59 - 63
28X-RAY DIFFRACTION28B64 - 69
29X-RAY DIFFRACTION29B70 - 75
30X-RAY DIFFRACTION30B76 - 81
31X-RAY DIFFRACTION31B82 - 87
32X-RAY DIFFRACTION32B88 - 94
33X-RAY DIFFRACTION33B95 - 99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る