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万見
- PDB-4f6r: Tubulin:Stathmin-like domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f6r
タイトルTubulin:Stathmin-like domain complex
要素
  • Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D2
  • Stathmin-like domain R1
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN (チューブリン) / GTPASE (GTPアーゼ) / MICROTUBULE (微小管) / RB3 / STATHMIN S-TUBULIN / SUBTILISIN (サブチリシン) / TUBULIN (チューブリン)
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior ...axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior / response to L-glutamate / smoothened signaling pathway / regulation of synapse organization / startle response / locomotory exploration behavior / 微小管 / microtubule-based process / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / cellular response to calcium ion / adult locomotory behavior / synapse organization / intracellular protein transport / neuron migration / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / cerebral cortex development / 記憶 / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / 遺伝子発現 / neuron apoptotic process / 微小管 / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Ankyrin repeat-containing domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン ...Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Ankyrin repeat-containing domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Helix Hairpins / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Artificial gene (人工物)
OVIS ARIES (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Gigant, B. / Mignot, I. / Knossow, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Design and characterization of modular scaffolds for tubulin assembly.
著者: Mignot, I. / Pecqueur, L. / Dorleans, A. / Karuppasamy, M. / Ravelli, R.B. / Dreier, B. / Pluckthun, A. / Knossow, M. / Gigant, B.
履歴
登録2012年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: Stathmin-like domain R1
D: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,7889
ポリマ－128,5064
非ポリマー1,2825
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.060, 75.570, 155.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) OVIS ARIES (ヒツジ) / 器官: BRAIN脳 / 参照: UniProt: D0VWZ0
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 50043.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) OVIS ARIES (ヒツジ) / 器官: BRAIN脳 / 参照: UniProt: D0VWY9
#3: タンパク質 Stathmin-like domain R1


分子量: 10117.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artificial gene (人工物) / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質 Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D2


分子量: 18140.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artificial gene (人工物) / プラスミド: PDST067 (PQE30 DERIVATIVE) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1BLUE

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非ポリマー , 6種, 107分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHOR STATES THAT THE BOVINE BRAIN TUBULIN SEQUENCE WAS USED FOR REFINEMENT BECAUSE THE SEQUENCE ...AUTHOR STATES THAT THE BOVINE BRAIN TUBULIN SEQUENCE WAS USED FOR REFINEMENT BECAUSE THE SEQUENCE OF OVINE BRAIN TUBULIN IS NOT AVAILABLE. FOR ALPHA-TUBULIN (CHAIN A) THEY USED THE ALPHA 1B ISOTYPE SEQUENCE (NCBI NP_001108328.1). FOR BETA-TUBULIN (CHAIN B), THERE ARE THREE MAJOR ISOTYPES EXPRESSED IN THE BRAIN. THEY USED MAINLY THE BETA 2B ISOTYPE SEQUENCE (NCBI NP_001003900.1) BUT INTRODUCED POINT MUTATIONS WHEN POSSIBLE TO TAKE INTO ACCOUNT THE ISOTYPE DIVERSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG, MES BUFFER, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→48.55 Å / Num. obs: 32036 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 69.33 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.64→2.78 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.627 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RYC, 2XEE

3ryc

2xee


解像度: 2.64→45.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9427 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9329 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2009 1617 5.06 %RANDOM
Rwork0.1766 ---
obs0.1778 31979 98.61 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.622 Å20 Å22.2866 Å2
2---12.0293 Å20 Å2
3---6.4073 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.317 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→45.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8446 0 78 102 8626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018697HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.211800HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3010SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes235HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1288HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8697HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.19
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1141SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9975SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.73 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2786 151 5.24 %
Rwork0.2141 2732 -
all0.2175 2883 -
obs--98.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9385-0.31520.27481.8435-1.10141.90850.02590.0681-0.1316-0.03470.0061-0.08430.2016-0.0184-0.032-0.2960.0096-0.0018-0.2508-0.046-0.300140.4507-18.195358.3309
20.80540.06910.03571.1215-0.56770.89160.00740.02590.018-0.0775-0.00820.00550.0844-0.07790.0008-0.2403-0.00080.0124-0.1753-0.0137-0.209830.64536.833726.3682
31.50380.088-0.69722.76091.40043.34380.03140.08340.0786-0.0025-0.0906-0.1031-0.2065-0.24290.0593-0.30390.0409-0.0122-0.25130.0342-0.179933.861231.63030.6709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|437 A|501 - A|502 C|12 - C|62 }A1 - 437
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|437 A|501 - A|502 C|12 - C|62 }A501 - 502
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|437 A|501 - A|502 C|12 - C|62 }C12 - 62
4X-RAY DIFFRACTION2{ C|63 - C|90 B|1 - B|441 B|501 - B|501 }C63 - 90
5X-RAY DIFFRACTION2{ C|63 - C|90 B|1 - B|441 B|501 - B|501 }B1 - 441
6X-RAY DIFFRACTION2{ C|63 - C|90 B|1 - B|441 B|501 - B|501 }B501
7X-RAY DIFFRACTION3{ D|11 - D|169 }D11 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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