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- PDB-4f6p: Crystal structure of the yeast metacaspase Yca1 C276A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f6p
タイトルCrystal structure of the yeast metacaspase Yca1 C276A mutant
要素Metacaspase-1
キーワードHYDROLASE / Rossmann fold / metacaspase
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / proteolysis / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,1-diphenylethanol / Metacaspase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.619 Å
データ登録者Wong, A.H. / Yan, C.Y. / Shi, Y.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the metacaspase Yca1
著者: Wong, A.H. / Yan, C.Y. / Shi, Y.G.
履歴
登録2012年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metacaspase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7772
ポリマ－38,5791
非ポリマー1981
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.400, 114.400, 61.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-634-

HOH

21A-761-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Metacaspase-1


分子量: 38579.031 Da / 分子数: 1 / 変異: C276A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: MCA1, YCA1, YOR197W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q08601, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-DFH / 1,1-diphenylethanol / 1,1-ジフェニルエタノ-ル


分子量: 198.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.8M potassium phosphate monobasic, 0.8M sodium phosphate monobasic, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.619→50 Å / Num. all: 38405 / Num. obs: 37675 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.62→1.68 Å / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F6O

4f6o


解像度: 1.619→32.009 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 18.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1853 1870 4.96 %RANDOM
Rwork0.1786 ---
all0.179 38405 --
obs0.179 37674 98.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.481 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.791 Å20 Å20 Å2
2---2.791 Å2-0 Å2
3---5.582 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.619→32.009 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2043 0 15 225 2283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0612895
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.278793
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005380
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6191-1.66290.34031310.2726268896
1.6629-1.71180.28061550.23622778100
1.7118-1.7670.21811550.21232788100
1.767-1.83020.19281360.19212809100
1.8302-1.90350.19051460.20152782100
1.9035-1.99010.21531440.19432826100
1.9901-2.0950.19851550.17722794100
2.095-2.22620.211230.1773278899
2.2262-2.3980.19251380.1787278099
2.398-2.63930.18671410.1743278699
2.6393-3.02090.18631490.1845269797
3.0209-3.80510.1641440.1631268496
3.8051-32.01520.16021530.1634260494
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.7024 Å / Origin y: -11.6846 Å / Origin z: -24.5222 Å
111213212223313233
T0.1057 Å2-0.0077 Å2-0.0087 Å2-0.1055 Å20.0041 Å2--0.093 Å2
L1.0464 °2-0.5278 °2-0.3921 °2-2.0726 °20.4441 °2--0.8301 °2
S0.0198 Å °0.0039 Å °0.1143 Å °-0.0173 Å °0.0079 Å °-0.0032 Å °-0.0723 Å °-0.0358 Å °-0.0165 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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