PDB-4f5t: Crystal Structure of Equine Serum Albumin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f5t

タイトル

Crystal Structure of Equine Serum Albumin

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Equine serum albumin

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Bujacz, A. / Bujacz, G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structures of bovine, equine and leporine serum albumin.
著者: Bujacz, A.

履歴

登録	2012年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f5t.cif.gz	251.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f5t.ent.gz	206.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f5t_validation.pdf.gz	475.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f5t_full_validation.pdf.gz	491.8 KB	表示
XML形式データ	4f5t_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	4f5t_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f5sSC 4f5uC 4f5vC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5orf-4 4luf-d 3jry-1 2bxb-2 3lu6-1 5ghk-d 4jk4-2 6m5e-1 3jry-2 6ocl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (10) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (9) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (10)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (9)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)

登録構造単位

A: Serum albumin

ヘテロ分子

67.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.573, 96.573, 143.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Serum albumin 分子量: 65854.203 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-607 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P35747
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 0.1M acetate buffer pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月31日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator Si-111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→50 Å / Num. obs: 31502 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 48.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.31→2.39 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique all: 2269 / % possible all: 68.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4F5S

4f5s

解像度: 2.32→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 13.587 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25852	1033	3.2 %	RANDOM
R_work	0.19712	-	-	-
all	0.19914	31502	-	-
obs	0.19913	31495	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.844 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.76 Å²	0.88 Å²	0 Å²
2-	-	1.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4609	0	92	270	4971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.093	1.993	6516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.72	5	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.441	24.773	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.736	15	869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.304	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.803	1.5	2957
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.475	2	4749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.661	3	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.12	4.5	1763

LS精密化シェル

解像度: 2.32→2.379 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.571	76	-
R_work	0.533	2189	-
obs	-	-	94.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.972	0.0861	0.1522	2.6373	0.0317	1.3397	0.1075	0.278	0.2551	-0.265	0.1062	0.2761	-0.2225	-0.3629	-0.2137	0.2837	-0.0733	0.0041	0.2771	0.1289	0.3382	42.9581	42.776	71.5319
2	14.777	0.5157	-2.6533	4.2147	-1.1178	5.3252	-0.0696	1.8612	-0.787	-1.2105	0.134	-0.3569	0.0527	-0.0624	-0.0644	0.6415	-0.1094	0.0333	0.4538	0.0097	0.3339	50.8605	29.4984	57.459
3	8.2719	2.1856	-0.1094	5.0424	-0.9561	1.1076	-0.0723	1.14	-0.7689	-0.9085	0.1767	-1.1108	0.1034	0.316	-0.1044	0.4846	-0.1671	0.1305	0.4221	-0.1052	0.3925	55.2971	21.438	63.5114
4	1.6242	0.4153	2.0907	6.8407	-0.9604	3.2804	0.0389	-0.2479	0.2014	0.1157	-0.0645	0.2194	0.0138	-0.207	0.0256	0.1561	-0.0462	0.0103	0.1802	-0.0624	0.192	42.4356	19.7235	85.14
5	2.8401	-1.185	0.1755	8.7626	-2.5724	3.5363	-0.0236	-0.0518	0.1444	0.0829	-0.1623	-0.8401	0.13	0.8011	0.1859	0.1611	-0.0939	-0.0284	0.3263	0.0192	0.2122	57.2428	20.896	84.2071
6	9.4686	2.9836	-0.7516	2.0355	-2.0577	3.6528	0.2967	-0.9378	-0.2423	0.5719	-0.3516	-0.0239	-0.5166	0.2418	0.0549	0.4534	-0.0124	-0.0081	0.1574	0.0224	0.1423	39.1545	4.8174	98.0806
7	7.6544	1.658	-6.8003	2.4585	-2.5807	12.4379	0.0115	0.1206	-0.2403	0.1519	0.1603	0.3136	-0.2456	-0.6156	-0.1718	0.1503	-0.0028	-0.0355	0.0906	0.0026	0.154	31.846	2.4034	90.5526
8	3.1015	-0.3709	-5.8485	0.825	-0.9276	16.8183	-0.4363	0.0513	-0.6878	0.0602	-0.3034	0.1	0.7121	0.0751	0.7398	0.271	-0.0045	0.0377	0.1738	0.0646	0.2853	37.4903	-5.2249	78.1057
9	11.9792	-1.3164	1.3095	5.2218	-0.8545	6.2925	-0.1958	-0.1969	-0.4913	0.2171	0.1955	0.0142	0.3262	-0.2999	0.0003	0.2516	0.0099	0.0371	0.0617	-0.0196	0.0412	34.3154	2.0565	57.6246
10	2.8831	-0.8842	0.5708	2.5165	0.17	4.3744	0.0708	0.1832	0.2176	-0.2291	-0.1341	-0.3769	0.0241	0.3405	0.0634	0.2246	-0.051	0.0436	0.0639	0.0067	0.1515	39.656	8.6238	65.7904
11	8.9874	-3.3302	1.5593	3.749	-2.3183	7.2061	-0.0074	0.1958	-0.1384	-0.4672	-0.0887	0.9245	0.8475	-0.9568	0.0961	0.2464	-0.0914	-0.0964	0.1848	-0.132	0.3988	24.592	6.9113	68.7892
12	8.0351	2.5282	-3.6215	3.1102	-0.6805	6.5997	-0.0419	0.5165	0.3063	-0.5131	0.0385	0.0653	-0.4246	-0.3491	0.0034	0.4167	0.1039	0.0502	0.068	0.0198	0.148	33.3628	6.3671	44.7058
13	2.5507	1.8506	-1.6048	2.797	-1.9283	3.5107	-0.0732	0.279	-0.0126	-0.4524	0.142	-0.1028	0.1284	-0.0955	-0.0688	0.4038	0.0379	0.0258	0.1521	-0.0249	0.1735	35.894	-1.4446	38.0768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	251 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	296 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	337 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	367 - 398
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	399 - 417
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	418 - 468
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	469 - 497
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	498 - 537
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	538 - 583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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