PDB-4f5i: Substrate Specificity Conversion of E. coli Pyridoxal-5'-Phosphat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f5i

タイトル

Substrate Specificity Conversion of E. coli Pyridoxal-5'-Phosphate Dependent Aspartate Aminotransferase to Tyrosine Aminotransferase: Chimera P4.

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Aminotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Addington, T.A. / Fisher, A.J. / Toney, M.D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Janus: prediction and ranking of mutations required for functional interconversion of enzymes.
著者: Addington, T.A. / Mertz, R.W. / Siegel, J.B. / Thompson, J.M. / Fisher, A.J. / Filkov, V. / Fleischman, N.M. / Suen, A.A. / Zhang, C. / Toney, M.D.

履歴

登録	2012年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.2	2013年4月24日	Group: Database references
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f5i.cif.gz	332.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f5i.ent.gz	270.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f5i_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f5i_full_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示
XML形式データ	4f5i_validation.xml.gz	43.7 KB	表示
CIF形式データ	4f5i_validation.cif.gz	61.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f5fC 4f5gC 4f5hC 4f5jC 4f5kC 4f5mC 4f5l C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4f5k-d 5eaa-1 1asf-1 1bqa-d 1ix6-1 2x5f-d 3zzk-1 4rkc-d 6f5v-1 1c9c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

B: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

89.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.959, 103.065, 138.834
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A 分子量: 44855.508 Da / 分子数: 2 変異: I39V, N40D, L56M, N74T, T114S, S139T, S145A, V146I, F220I, F222I, A228G, Y254C, G259S, N295S, V385I 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: AAT, aspC, b0928, JW0911 / プラスミド: pET45b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 8% PEG 4000, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 85 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月14日 / 詳細: Osmic Mirrors
放射	モノクロメーター: Osmic Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 44573 / Num. obs: 44527 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.14 % / B_iso Wilson estimate: 23.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.0557 / R_sym value: 0.0557 / Net I/σ(I): 18.07
反射シェル	解像度: 2.2→2.29 Å / 冗長度: 6.41 % / R_merge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 3.34 / Num. unique all: 4959 / R_sym value: 0.311 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
PROTEUM PLUS	PLUS	データ削減
PROTEUM PLUS	PLUS	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→42.217 Å / SU ML: 0.62 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2116	2149	4.84 %
R_work	0.1728	-	-
obs	0.1747	44444	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.305 Å² / k_sol: 0.321 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7269 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.0667 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.7936 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.62 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.217 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6198	0	8	743	6949

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6401
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	8692
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.909	2340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	960
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1146

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2512	0.3016	132	0.2163	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2512-2.3075	0.2388	163	0.2065	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.3699	0.2327	144	0.2086	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3699-2.4396	0.2692	155	0.1945	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4396-2.5183	0.2221	138	0.1953	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5183-2.6083	0.218	147	0.185	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6083-2.7127	0.2083	148	0.1798	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7127-2.8362	0.2239	148	0.1784	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8362-2.9857	0.2031	118	0.1771	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9857-3.1727	0.2356	165	0.1751	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1727-3.4175	0.2163	133	0.1699	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4175-3.7613	0.1853	141	0.1579	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7613-4.3051	0.1602	143	0.1396	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3051-5.4221	0.1914	144	0.143	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4221-42.2252	0.2082	130	0.1852	3028	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.266	-0.2537	-0.2513	0.2682	-0.0416	1.4138	0.0252	0.1352	0.0277	-0.0368	-0.0032	0.0056	-0.1308	-0.1858	0.0185	0.1422	-0.0041	-0.0249	0.192	0.0212	0.1848	24.6136	97.9879	40.101
2	2.2584	-1.4514	-0.2833	0.9706	-0.0822	1.7787	-0.0432	-0.0327	-0.3949	0.0636	-0.0277	0.2077	0.4259	0.1548	0.0466	0.2685	0.0165	0.0015	0.1482	0.0292	0.2228	41.9186	74.9465	44.9383
3	0.5518	0.032	-0.0779	0.5408	-0.2599	1.9291	0.0085	0.0558	-0.001	-0.0935	-0.0366	-0.1144	0.0806	0.278	0.0092	0.1452	0.0274	0.0327	0.1552	0.009	0.1621	47.6214	90.0279	32.8471
4	0.8578	0.1825	0.0361	0.544	-0.2341	1.123	-0.0342	0.044	-0.0418	-0.0855	-0.001	-0.0094	0.2047	-0.0474	0.0045	0.1577	-0.0177	0.0105	0.1013	-0.0117	0.1354	32.9095	84.6219	38.5186
5	1.5506	-0.0293	-0.0032	1.7178	-0.5221	1.5448	-0.0829	0.2989	0.351	-0.252	0.159	0.0085	0.0696	-0.2032	-0.0649	0.2086	-0.0264	-0.0208	0.2808	0.069	0.2148	28.0206	98.4443	15.1721
6	0.0482	-0.1356	0.3467	0.3249	-0.0453	1.6284	-0.047	0.0399	-0.0324	-0.0038	0.0038	-0.0256	0.109	0.0629	0.0322	0.1525	-0.0151	-0.0037	0.1355	0.0182	0.1742	31.7527	87.4126	59.4725
7	0.3025	-0.2421	-0.2457	2.145	-0.2659	1.5929	-0.0577	0.0638	0.1633	-0.058	0.0843	0.4643	-0.3839	-0.3245	0.0857	0.1997	0.0943	-0.0408	0.2691	0.0176	0.2041	18.5452	113.2826	54.3396
8	0.4476	0.008	0.2732	0.4587	0.0974	1.6984	-0.0564	-0.0723	0.0734	0.053	-0.0096	-0.0666	-0.2568	0.0023	0.029	0.1768	0.0092	-0.036	0.1152	-0.0058	0.1689	35.3418	111.6382	66.1448
9	0.4881	0.0614	-0.09	0.8586	-0.4187	1.3508	-0.0172	0.0244	0.0466	-0.0108	0.0022	-0.0108	-0.1871	-0.0957	0.0261	0.1378	0.0185	-0.013	0.1388	0.002	0.1318	27.2863	105.6913	52.4405
10	1.7722	-0.7455	0.2377	1.0946	-0.2188	1.3899	-0.0241	-0.2384	0.1086	0.0973	0.0204	-0.1008	0.0236	-0.0791	0.0261	0.1233	-0.0071	0.0073	0.1676	-0.0052	0.1622	28.4664	93.119	81.3592

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 7:81)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 82:104)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 105:253)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 254:341)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 342:406)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 7:81)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 82:104)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 105:244)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 245:310)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 311:406)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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