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- PDB-4f5h: Intercoversion of Substrate Specificity: E. coli Aspatate Aminotr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f5h
タイトルIntercoversion of Substrate Specificity: E. coli Aspatate Aminotransferase to Tyrosine Aminotransferase: Chimera P3.
要素Aspartate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Aminotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Addington, T.A. / Fisher, A.J. / Toney, M.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2013
タイトル: Janus: prediction and ranking of mutations required for functional interconversion of enzymes.
著者: Addington, T.A. / Mertz, R.W. / Siegel, J.B. / Thompson, J.M. / Fisher, A.J. / Filkov, V. / Fleischman, N.M. / Suen, A.A. / Zhang, C. / Toney, M.D.
履歴
登録2012年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22013年4月24日Group: Database references
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate aminotransferase
B: Aspartate aminotransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6912
ポリマ-89,6912
非ポリマー00
17,439968
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area30490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.129, 109.785, 141.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A


分子量: 44845.383 Da / 分子数: 2
変異: I39V, N40D, L56M, N74T, I78L, I81L, T114S, S145A, V146I, I197A, F220I, A228G, N295S, M331L
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 遺伝子: AAT, aspC, b0928, JW0911 / プラスミド: pET45b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 968 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 8% PEG 4000, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 119994 / Num. obs: 118914 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 18.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 8625 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→19.955 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1869 5936 5 %
Rwork0.1611 --
obs0.1624 118766 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.318 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2325 Å20 Å20 Å2
2--0.0861 Å20 Å2
3---0.1464 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6177 0 0 968 7145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066440
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0838755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.832357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051160
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61820.27482070.24173682X-RAY DIFFRACTION98
1.6182-1.63720.28641930.23783667X-RAY DIFFRACTION98
1.6372-1.65720.25032080.21323710X-RAY DIFFRACTION98
1.6572-1.67810.24561750.20783696X-RAY DIFFRACTION98
1.6781-1.70020.22652000.19963713X-RAY DIFFRACTION98
1.7002-1.72350.23532200.19663700X-RAY DIFFRACTION99
1.7235-1.74810.21541910.18543695X-RAY DIFFRACTION98
1.7481-1.77420.19782000.17013726X-RAY DIFFRACTION99
1.7742-1.80190.1961910.16643685X-RAY DIFFRACTION99
1.8019-1.83140.20351880.16323748X-RAY DIFFRACTION99
1.8314-1.8630.21442010.1613702X-RAY DIFFRACTION99
1.863-1.89680.20122000.15333733X-RAY DIFFRACTION99
1.8968-1.93330.18291770.16023778X-RAY DIFFRACTION99
1.9333-1.97270.18652080.15313726X-RAY DIFFRACTION99
1.9727-2.01550.18322240.15323725X-RAY DIFFRACTION99
2.0155-2.06240.17612300.15663709X-RAY DIFFRACTION99
2.0624-2.11390.18991910.15673764X-RAY DIFFRACTION99
2.1139-2.1710.18541720.15563777X-RAY DIFFRACTION99
2.171-2.23480.16861970.15013802X-RAY DIFFRACTION99
2.2348-2.30680.1812100.15073757X-RAY DIFFRACTION99
2.3068-2.38910.18792310.15253769X-RAY DIFFRACTION100
2.3891-2.48460.17671980.15753765X-RAY DIFFRACTION100
2.4846-2.59750.18281770.16073838X-RAY DIFFRACTION100
2.5975-2.73410.18122110.15953799X-RAY DIFFRACTION100
2.7341-2.90490.1911970.16193850X-RAY DIFFRACTION100
2.9049-3.12840.18591900.16363813X-RAY DIFFRACTION100
3.1284-3.44180.16581970.15693861X-RAY DIFFRACTION99
3.4418-3.93650.17841850.14423741X-RAY DIFFRACTION97
3.9365-4.94710.15351860.14143938X-RAY DIFFRACTION100
4.9471-19.95650.21810.18053961X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59420.39131.31960.16130.69821.9471-0.1016-0.05410.3252-0.2221-0.10860.1926-0.8258-0.23640.07780.35510.0177-0.090.28950.00620.283423.2615117.754336.9955
20.9629-0.0411-0.12530.4932-0.15830.88710.02010.0121-0.0823-0.0293-0.02820.05490.1438-0.01040.01520.1032-0.011-0.01830.07910.01070.116231.703190.270948.8867
31.03240.2244-0.0060.87740.27352.9705-0.01860.24510.1726-0.13320.0365-0.0576-0.27510.380.0540.1528-0.03760.00730.1990.05390.139447.6296104.449533.0008
41.49430.1244-0.04530.8676-0.28741.74780.00560.1232-0.1079-0.1696-0.0349-0.08810.17790.22590.01920.1540.03250.01230.15580.00870.121644.028991.369332.8773
50.97590.15530.31090.6764-0.30141.18040.0306-0.0305-0.0489-0.056-0.0648-0.06150.08470.08180.01330.08960.0026-0.00810.08680.01440.109538.134692.538949.7693
61.40750.2742-0.00891.9556-0.67072.01310.12050.3764-0.0757-0.35170.05170.13560.5944-0.06150.08710.1852-0.009-0.08890.142-0.04610.134123.397689.204927.326
71.0969-0.17220.34710.9937-0.00521.2984-0.06660.51810.3574-0.30580.00430.1386-0.1747-0.01850.02210.25880.0056-0.06490.29230.10530.23425.6556106.31119.1536
8-0.0046-0.0016-0.37-0.1473-1.08151.2643-0.120.018-0.1871-0.046-0.0654-0.16560.08190.47830.15030.2357-0.07620.08310.2786-0.03610.209645.739488.925167.7672
91.0934-0.00241.04060.841-0.49952.45030.1527-0.0888-0.04220.02780.00230.1490.2971-0.3028-0.0770.1023-0.02930.0130.14380.0180.14217.212693.25565.4595
100.74060.08920.3130.69680.12881.746-0.04420.01250.1455-0.01170.0230.0874-0.3826-0.07790.00390.15360.0129-0.00010.07310.02060.137727.4941113.952258.4278
110.9080.0389-0.84260.54210.48444.10570.0734-0.11760.02930.10840.0492-0.1119-0.15420.34320.00470.1716-0.0512-0.01050.1626-0.02290.151841.6201112.446874.7681
121.15160.13460.11041.6955-0.18432.0126-0.0351-0.13860.3260.038-0.02680.0757-0.58520.0675-0.00890.2792-0.032-0.00280.1266-0.04950.187834.6378121.141776.6417
130.97250.2807-0.14390.4592-0.14851.44690.0029-0.04720.20920.02750.01070.0838-0.3295-0.08330.00150.13780.0227-0.00170.06920.00030.13325.6889113.092462.3147
141.8902-0.66731.75190.6976-0.31173.925-0.0524-0.1982-0.08450.09940.09720.1439-0.125-0.4674-0.01340.1332-0.01110.06560.1520.00250.165217.9073100.305981.0065
150.7657-0.79670.20841.5758-0.38680.973-0.0668-0.098-0.00130.18770.043-0.079-0.01620.03820.02690.1527-0.01410.01640.1329-0.00570.126234.965395.45988.196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 10:42)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 43:127)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 128:188)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 189:244)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 245:310)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 311:341)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 342:406)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 7:42)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 43:69)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 70:140)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 141:168)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 169:214)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESSEQ 215:310)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESSEQ 311:341)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESSEQ 342:406)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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