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- PDB-4f4y: Y-family DNA polymerase chimera Dbh-Dpo4-Dbh -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f4y
タイトルY-family DNA polymerase chimera Dbh-Dpo4-Dbh
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / Y-family polymerase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.338 Å
データ登録者Pata, J.D. / Wilson, R.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Y-family polymerase conformation is a major determinant of fidelity and translesion specificity.
著者: Wilson, R.C. / Jackson, M.A. / Pata, J.D.
履歴
登録2012年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
B: DNA polymerase IV
C: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*C)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,59812
ポリマ－103,5046
非ポリマー1,0956
水4,540252
1
A: DNA polymerase IV
P: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2996
ポリマ－51,7523
非ポリマー5473
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase IV
C: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2996
ポリマ－51,7523
非ポリマー5473
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area20380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.076, 103.390, 112.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 41094.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性), (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
遺伝子: dbh, Dpo4 (S. solfataricus) and Dbh (S. acidocaldarius), Saci_0554, dpo4, SSO24 48
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q4JB80, UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CPDT

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*C)-3')


分子量: 4900.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*C)-3')


分子量: 5756.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized

-
非ポリマー , 3種, 258分子

#4: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 10% PEG-3350, 100 mM Ca(OAc)2, 100 mM HEPES, 2.5% Glycerol, 250mM sucrose, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.338→30 Å / Num. all: 49979 / Num. obs: 47630 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2002 / % possible all: 80.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASERin PHENIX位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.338→29.25 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 30.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 1890 3.97 %
Rwork0.2219 --
obs0.2234 47570 94.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.651 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.1291 Å2-0 Å25.8228 Å2
2---8.0482 Å20 Å2
3---17.1773 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.338→29.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5460 1378 52 252 7142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.119912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0752868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041017
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3382-2.40140.36121100.29982597X-RAY DIFFRACTION70
2.4014-2.4720.38131400.32293299X-RAY DIFFRACTION89
2.472-2.55170.37521370.29713430X-RAY DIFFRACTION92
2.5517-2.64290.32341520.30113520X-RAY DIFFRACTION94
2.6429-2.74860.34761480.293470X-RAY DIFFRACTION94
2.7486-2.87360.37961480.28783558X-RAY DIFFRACTION96
2.8736-3.0250.33641480.24643609X-RAY DIFFRACTION97
3.025-3.21430.25351510.22123665X-RAY DIFFRACTION99
3.2143-3.46210.25611560.21363661X-RAY DIFFRACTION98
3.4621-3.80980.25031470.21153702X-RAY DIFFRACTION98
3.8098-4.35960.20951570.17943682X-RAY DIFFRACTION99
4.3596-5.48670.21561500.18193719X-RAY DIFFRACTION99
5.4867-29.25190.18291460.20053768X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0779-1.2214-0.36351.44750.42540.3858-0.1145-0.02120.28320.1395-0.0192-0.1511-0.22810.0252-0.01150.32550.23070.09390.1634-0.03070.6955-9.513127.258251.4019
21.2112.1571-0.07743.8401-0.13720.0053-0.33860.16030.0278-0.40470.0520.0789-0.06240.02460.26520.4049-0.10730.04040.50680.02380.44712.263525.4074109.424
31.783-0.0288-0.49141.54310.5472.6027-0.0513-0.2837-0.09470.2131-0.12750.05280.13440.130.17160.2373-0.0156-0.04140.25770.05730.1938.87285.844659.0978
41.16630.21550.46033.1044-0.9741.7643-0.07830.0120.64760.00330.0061-0.5076-0.54570.32970.0880.8803-0.24980.04640.4885-0.15570.87526.814131.841367.5836
55.4270.515-2.26711.11130.93383.66640.02320.07310.2462-0.0192-0.0390.0021-0.14240.0770.03460.19510.0168-0.04170.16880.03030.1998-12.57717.242438.3027
61.3133-0.0651-0.16251.2171-0.14592.2618-0.10310.1669-0.011-0.2489-0.0665-0.00420.1993-0.08350.16580.3129-0.0251-0.03030.3871-0.04010.1946-17.1372.4402106.5134
71.1165-0.93910.09533.44040.92631.1287-0.1410.00160.661-0.16270.00590.367-0.5947-0.17520.12890.80120.1269-0.03350.53760.06160.8842-15.575127.686395.3046
83.8306-0.637-1.97881.84770.41913.4022-0.05080.28920.1138-0.1118-0.03430.0233-0.13530.01720.07560.1937-0.0362-0.06350.3580.01810.17554.161416.07125.8771
90.9533-0.4540.85750.2149-0.40710.7703-0.0627-0.13690.28340.0580.0749-0.0565-0.28770.26250.00260.3717-0.05230.08450.3795-0.01910.468-6.249916.336266.3877
101.20010.5505-0.47091.42981.35512.2869-0.25450.24330.4809-0.22960.12290.1567-0.6344-0.34660.13470.45450.1009-0.00490.57720.03760.4757-1.96712.08698.0688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN P AND RESID 1:16 ) OR ( CHAIN T AND RESID 2:19 )P1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN P AND RESID 1:16 ) OR ( CHAIN T AND RESID 2:19 )T2 - 19
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 1:16 )C1 - 16
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 1:169 )A1 - 169
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 170:231 )A170 - 231
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 247:343 )A247 - 343
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 1:169 )B1 - 169
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 170:231 )B170 - 231
9X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 247:343 )B247 - 343
10X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 232:246 )A232 - 246
11X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 232:246 )B232 - 246

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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