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- PDB-4f4q: Crystal structure of M. smegmatis DprE1 in complex with FAD and c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f4q
タイトルCrystal structure of M. smegmatis DprE1 in complex with FAD and covalently bound BTZ043
要素DprE1
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FAD domain / oxidase (酸化酵素) / BTZ043 covalently bound to Cys394
機能・相同性
機能・相同性情報


decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / ペリプラズム / response to antibiotic / 生体膜
類似検索 - 分子機能
D-arabinono-1,4-lactone oxidase, C-terminal domain / D-アラビノノ-1,4-ラクトンオキシダーゼ / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0SK / フラビンアデニンジヌクレオチド / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.619 Å
データ登録者Neres, J. / Pojer, F. / Molteni, E. / Chiarelli, L. / Riccardi, G. / Mattevi, A. / Cole, S.T. / Binda, C.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Benzothiazinone-Mediated Killing of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Neres, J. / Pojer, F. / Molteni, E. / Chiarelli, L.R. / Dhar, N. / Boy-Rottger, S. / Buroni, S. / Fullam, E. / Degiacomi, G. / Lucarelli, A.P. / Read, R.J. / Zanoni, G. / Edmondson, D.E. / De ...著者: Neres, J. / Pojer, F. / Molteni, E. / Chiarelli, L.R. / Dhar, N. / Boy-Rottger, S. / Buroni, S. / Fullam, E. / Degiacomi, G. / Lucarelli, A.P. / Read, R.J. / Zanoni, G. / Edmondson, D.E. / De Rossi, E. / Pasca, M.R. / McKinney, J.D. / Dyson, P.J. / Riccardi, G. / Mattevi, A. / Cole, S.T. / Binda, C.
履歴
登録2012年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references
改定 1.22012年9月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DprE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4864
ポリマ－51,1911
非ポリマー1,2953
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.924, 64.309, 202.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DprE1


分子量: 51190.887 Da / 分子数: 1 / 断片: DprE1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_6382 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R607
#2: 化合物 ChemComp-0SK / 8-(hydroxyamino)-2-[(2S)-2-methyl-1,4-dioxa-8-azaspiro[4.5]dec-8-yl]-6-(trifluoromethyl)-4H-1,3-benzothiazin-4-one


分子量: 417.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18F3N3O4S
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 11% PEG 300, 90 mM MES pH 5.9, 5% tetrabutylammonium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PILATUS 2M-F detector / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月13日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.619→50 Å / Num. all: 16323 / Num. obs: 16323 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.619→2.78 Å / 冗長度: 4.33 % / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 4463 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AUT

4aut


解像度: 2.619→46.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 9.476 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.685 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24042 817 5 %RANDOM
Rwork0.19862 ---
obs0.20073 15505 98.87 %-
all-15505 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.526 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.619→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3179 0 87 82 3348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.023377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1081.9794605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0755415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.23422.603146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.38115519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.221529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212572
LS精密化 シェル解像度: 2.619→2.687 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 42 -
Rwork0.281 866 -
obs--83.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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